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柴达木黄牛的群体基因组学研究

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柴达木黄牛的群体基因组学研究
论文目录
 
中文摘要第1-4页
Abstract第4-8页
第一章 研究背景第8-27页
  1.1 全基因组重测序概述第8-18页
    1.1.1 全基因组重测序的定义第8-9页
    1.1.2 全基因组重测序和基因组测序的异同第9页
    1.1.3 全基因组重测序的测序技术发展第9-10页
    1.1.4 全基因组重测序的研究策略第10-15页
    1.1.5 全基因组重测序在动物研究方面的应用第15-18页
  1.2 黄牛概述第18-26页
    1.2.1 柴达木黄牛第19-20页
    1.2.2 其他品系黄牛第20-24页
    1.2.3 黄牛重测序研究进展第24-26页
  1.3 研究意义与科学问题第26-27页
第二章 材料与方法第27-33页
  2.1 样品采集,DNA提取与全基因组重测序第27页
  2.2 全基因组遗传变异检测第27-29页
    2.2.1 测序质量评估与检测第27-28页
    2.2.2 全基因组序列比对第28-29页
    2.2.3 SNP的鉴定第29页
  2.3 群体基因组学分析第29-33页
    2.3.1 系统发育分析第29-30页
    2.3.2 主成分分析第30页
    2.3.3 群体结构分析第30页
    2.3.4 亲缘关系鉴定分析第30页
    2.3.5 杂合度(H)第30-31页
    2.3.6 遗传多态性指数第31页
    2.3.7 连锁不平衡分析第31页
    2.3.8 连续纯合子区域分析第31-32页
    2.3.9 黄牛不同品系的群体分化指数第32页
    2.3.10 黄牛不同品系的序列差异分析第32-33页
第三章 研究结果第33-52页
  3.1 样品采集与测序结果第33-38页
  3.2 全基因组遗传变异第38-41页
  3.3 基因组学分析第41-52页
    3.3.1 系统发育关系的鉴定第41页
    3.3.2 主成分分析第41-43页
    3.3.3 群体结构分析第43-44页
    3.3.4 亲缘关系鉴定分析第44-45页
    3.3.5 群体杂合度和遗传多态性分析第45页
    3.3.6 群体的连锁不平衡分析第45-46页
    3.3.7 连续纯合子区域分析第46-48页
    3.3.8 分化程度第48-49页
    3.3.9 柴达木黄牛在高海拔适应过程中的受选择信号第49-52页
第四章 讨论与展望第52-56页
  4.1 柴达木黄牛全基因组遗传变异图谱第52-53页
  4.2 群体基因组学分析第53页
  4.3 柴达木黄牛高海拔适应过程中的自然选择第53-54页
  4.4 展望第54-56页
参考文献第56-63页
在学期间的研究成果第63-64页
致谢第64页

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