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稻瘟菌转录组特征分析

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稻瘟菌转录组特征分析
论文目录
 
摘要第1-5页
ABSTRACT第5-9页
第一章 绪论第9-20页
  1.1 引言第9页
  1.2 稻瘟菌基因组研究进展第9-12页
  1.3 转录组分析现状第12-18页
    1.3.1 测序技术第12-13页
    1.3.2 分析方法第13-16页
    1.3.3 RNA-Seq的应用第16-18页
  1.4 稻瘟菌转录组研究进展第18页
  1.5 本研究立项依据和研究意义第18-20页
第二章 研究稻瘟菌基因表达与调控第20-77页
  2.1 转录组的测序和评估第20-25页
    2.1.1 材料和方法第20-21页
    2.1.2 RNA-Seq测序,建库质量评估第21-22页
    2.1.3 RNA-Seq数据在基因组上的分布特征第22-25页
  2.2 从转录组中挖掘新的信息第25-30页
    2.2.1 材料与方法第25-26页
    2.2.2 混合拼接策略第26-29页
    2.2.3 新的注释信息第29-30页
  2.3 基因注释第30-32页
    2.3.1 材料与方法第30-31页
    2.3.2 注释信息第31-32页
  2.4 菌株特异性基因发现与比较第32-35页
    2.4.1 材料与方法第32-33页
    2.4.2 菌株特异性基因鉴定第33页
    2.4.3 分析菌株特异性基因特征第33-35页
  2.5 基因表达分析第35-47页
    2.5.1 材料与方法第35-36页
    2.5.2 不同样品基因表达信息第36-37页
    2.5.3 分生孢子上调基因分析第37-42页
    2.5.4 营养菌丝上调基因分析第42-43页
    2.5.5 显著差异表达基因特征第43-44页
    2.5.6 与孢子形成有关的芯片数据比较第44-45页
    2.5.7 与孢子的蛋白质组比较第45-46页
    2.5.8 菌株之间营养菌丝基因表达差异第46-47页
  2.6 稻瘟菌的可变剪接第47-58页
    2.6.1 材料与方法第47-48页
    2.6.2 鉴定可变剪接第48-50页
    2.6.3 组织之间的调控第50-53页
    2.6.4 可变剪接可以产生不同蛋白第53页
    2.6.5 可变剪接可以产生含不成熟终止密码子的转录本第53-55页
    2.6.6 可变剪接也可以不改变ORF信息第55页
    2.6.7 比较剪接复合体和NMD途径第55-58页
    2.6.8 可变剪接在菌株之间的调控第58页
  2.7 新注释的基因特征第58-69页
    2.7.1 新的蛋白编码基因第58-61页
    2.7.2 长非编码基因第61-69页
  2.8 比较发生在基因内的SNP和indel第69-74页
    2.8.1 材料与方法第69页
    2.8.2 三个菌株之间indel和SNP的比较第69-71页
    2.8.3 检测indel和SNP与蛋白编码基因的关系第71-74页
  2.9 讨论第74-77页
第三章 受Pcgl调控的内含子特征分析第77-93页
  3.1 受Pcgl影响的内含子特征挖掘第77-90页
    3.1.1 内含子剪切保留程度差异第77-78页
    3.1.2 内含子长度分布第78-79页
    3.1.3 检测特征motif第79-80页
    3.1.4 比较计算branch point距离第80-81页
    3.1.5 比较二级结构上的branch point距离第81-82页
    3.1.6 比较U6和U2 snRNA互补第82-86页
    3.1.7 内含子当中A的分布特征第86-88页
    3.1.8 类似BP位点比较第88-89页
    3.1.9 内含子在其它物种中的保守性第89-90页
  3.2 重复试验验证第90-91页
  3.3 讨论第91-93页
第四章 结论第93-95页
参考文献第95-106页
致谢第106-107页
附录第107-122页
作者简历第122页

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