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栽培苹果起源、演化及驯化机理的基因组学研究

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栽培苹果起源、演化及驯化机理的基因组学研究
论文目录
 
符号说明第5-10页
中文摘要第10-12页
Abstract第12-14页
1 前言第14-35页
  1.1 栽培苹果的起源与驯化第14-18页
    1.1.1 栽培苹果起源的现有观点第14-18页
      1.1.1.1 孢粉学第15-16页
      1.1.1.2 核型分析第16页
      1.1.1.3 分子标记第16-18页
    1.1.2 栽培苹果的驯化机理研究第18页
  1.2 果树基因组测序研究进展第18-32页
    1.2.1 果树全基因组装测序研究进展第19-24页
    1.2.2 主要园艺作物/果树基因组重测序进展第24-30页
      1.2.2.1 群体重测序及群体基因组学的意义第24-26页
      1.2.2.2 重测序的全基因组策略第26页
      1.2.2.3 重测序的简化基因组策略第26页
      1.2.2.4 SNP检测第26-27页
      1.2.2.5 基因组核苷酸多态性第27页
      1.2.2.6 选择性清除分析第27-29页
      1.2.2.7 连锁不平衡与全基因组关联分析第29-30页
      1.2.2.8 栽培作物的驯化第30页
    1.2.3 群体重测序的方法学第30-32页
  1.3 苹果起源进化仍待解决的关键问题与本研究的意义第32-35页
    1.3.1 研究意义第32页
    1.3.2 本研究解决的科学问题第32-33页
    1.3.3 研究内容的创新及可行性第33-35页
2 材料与方法第35-45页
  2.1 样品制备及上机测序第35-39页
  2.2 数据过滤、基因组比对及SNP鉴定第39-40页
  2.3 进化树及群体遗传结构分析第40-41页
  2.4 群体遗传学统计分析第41页
  2.5 连锁不平衡分析第41-42页
  2.6 推导等位位点来源第42页
  2.7 选择性清除区段的鉴定第42-43页
  2.8 表型数据搜集及全基因组关联分析(GWAS)第43-44页
  2.9 RNA-Seq测序及数据分析第44-45页
3.结果与分析第45-83页
  3.1 表型数据及SNP图谱的构建第45-50页
    3.1.1 表型数据第45页
    3.1.2 SNP图谱的构建第45-50页
  3.2 苹果进化图的完善第50-64页
    3.2.1 群体进化树的构建第50-52页
    3.2.2 群体遗传结构第52-60页
    3.2.3 栽培苹果进化路线图第60页
    3.2.4 苹果极弱的瓶颈效应第60-63页
    3.2.5 群体遗传分化第63-64页
  3.3 栽培苹果的差异化选择第64-71页
    3.3.1 选择性清除分析第64-65页
    3.3.2 Fst分析第65-71页
  3.4 苹果果实关键性状的驯化第71-83页
    3.4.1 苹果果实大小的驯化第71-79页
      3.4.1.1 苹果果实大小的QTL及其驯化机制第71-77页
      3.4.1.2 miR172p调控苹果果实大小第77-79页
      3.4.1.3 苹果果实大小的二步进化模型第79页
    3.4.2 苹果果实硬度的驯化第79-81页
    3.4.3 栽培苹果果实风味的驯化第81-83页
4 讨论第83-87页
  4.1 苹果是时间漫长、多种源作物驯化的模型第83页
  4.2 高杂合植物群体遗传学的分析策略第83-84页
  4.3 一张完善的苹果进化图第84-87页
    4.3.1 栽培苹果的进化与驯化的新观点第84-85页
    4.3.2 栽培苹果的极弱瓶颈效应第85-86页
    4.3.3 新疆野苹果的独特性第86-87页
    4.3.4 中国苹果的地位第87页
5 结论第87-89页
  5.1 获得首个苹果种群SNP图谱第87-88页
  5.2 提出完善的栽培苹果进化路线图第88页
  5.3 栽培苹果的差异选择第88页
  5.4 栽培苹果果实关键性状的驯化机制第88-89页
参考文献第89-109页
致谢第109-110页
攻读学位期间发表论文第110页

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