教育论文网

栉孔扇贝(Chlamys farreri)高密度图谱构建和基因组框架图绘制

硕士博士毕业论文站内搜索    
分类:教育论文网→农业科学论文→水产、渔业论文水产养殖技术论文各种海产动植物养殖论文贝类养殖论文
栉孔扇贝(Chlamys farreri)高密度图谱构建和基因组框架图绘制
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-14页
第一章 文献综述第14-48页
  · 引言第14页
  · 双壳类基因组学研究第14-45页
    · SNP 标记的高通量开发概述第14-30页
      · 高通量 SNP 标记分型技术第17-23页
        · 降低代表性测序第19页
        · RAD 测序第19-20页
        · 改进的 RAD 技术第20-22页
        · 低覆盖度测序分型第22-23页
      · 高通量 SNP 标记分型算法第23-27页
        · 临界值算法第24-25页
        · 后验概率算法第25页
        · 最大似然算法第25-26页
        · 改进的最大似然算法第26页
        · 显性标记分型的阈值法第26-27页
      · 高通量 SNP 标记的应用第27-30页
        · SNP 应用于遗传图谱构建第27-28页
        · SNP 应用于全基因组关联分析第28-29页
        · SNP 应用于数量性状定位研究第29-30页
        · SNP 应用于群体遗传学与进化研究第30页
    · 高精度遗传图谱构建概述第30-36页
      · 高精度遗传图谱应用第32-35页
        · 高精度遗传图提高 QTL 检测功效第32-33页
        · 高精度遗传图辅助基因组拼接第33-34页
        · 高精度遗传图进行比较基因组分析第34-35页
      · 双壳类遗传图谱构建进展第35-36页
    · 全基因组测序概述第36-45页
      · 全基因组从头测序与组装第40-45页
        · 基因组测序策略第40-41页
        · 基因组拼接算法第41-42页
        · 贪婪算法(Greedy algorithm)第42页
        · 重叠-排列-生成一致(Overlap/Layout/Consensus)算法第42页
        · de Bruijn 算法第42-45页
      · 基因组组装结果评价第45页
  · 栉孔扇贝研究现状第45-47页
  · 本研究目的和意义第47-48页
第二章 栉孔扇贝高通量 SNP 标记开发与基因分型技术建立第48-69页
  第一节 2b-RAD 应用于栉孔扇贝高通量 SNP 筛查第48-58页
    0 引言第48页
    1 材料和方法第48-54页
      · 实验材料选择第48-49页
      · 基因组 DNA 的提取第49-50页
      · 2b-RAD 应用于栉孔扇贝基因组 SNP 筛查第50-54页
        · II B 型限制性内切酶的选择第50页
        · 选择性碱基的确定第50页
        · Barcode 的设计验证第50-54页
    · 结果与讨论第54-58页
      · II B 型限制性内切酶的选择第54页
      · 选择性碱基的确定第54-55页
      · Barcode 的设计与验证第55-58页
  第二节 基于 2b-RAD 技术的非模式生物 SNP 分型算法的建立第58-69页
    ·引言第58页
    ·材料和方法第58-61页
      · 模拟分析第58-59页
      · 实际测序数据进行评价的数据来源第59页
      · RADtyping 分型算法和分型策略第59-61页
    · 结果与讨论第61-69页
      · RADtyping 的分析架构和平台构建第61-63页
      · 模拟数据的 RADtyping 分型评价第63-66页
      · 实际测序数据的 RADtyping 分型评价第66-69页
第三章 栉孔扇贝 SNP 遗传连锁图谱的构建第69-88页
  · 引言第69-70页
  第一节 扇贝作图群体构建与 SNP 标记开发第70-76页
    · 材料和方法第70-72页
      · 栉孔扇贝参考基因组序列获得第70-71页
      · 作图群体构建第71页
      · 作图子代的亲子鉴定第71-72页
      · 2b-RAD 测序文库的构建及测序第72页
    · 实验结果第72-74页
      · 栉孔扇贝参考基因组序列获得第72-73页
      · 连锁作图的 2b-RAD 测序策略的确定第73-74页
    · 讨论第74-76页
      · 双壳贝类参照基因组第74页
      · 连锁作图的 2b-RAD 测序方案第74-76页
  第二节 作图家系 RADtyping 基因分型与遗传图谱构建第76-88页
    · 材料与方法第76-78页
      · RADtyping 对测序数据预处理和 SNP 分型第76-77页
      · Sanger 测序验证分型准确性第77页
      · SNP 遗传连锁图谱的构建第77-78页
    · 实验结果第78-86页
      · 栉孔扇贝作图家系的 2b-RAD 测序第78-79页
      · Sanger 测序验证分型准确性第79-80页
      · 高精度遗传图谱构建第80-86页
    · 讨论第86-88页
第四章 基于连锁与关联联合分析的重要经济性状的 QTL 定位第88-101页
  · 引言第88-89页
  第一节 基于连锁分析的重要经济性状的 QTL 定位第89-99页
    1.材料与方法第89页
    2.结果与讨论第89-99页
  第二节 基于连锁与关联联合分析的经济性状 QTL 定位第99-101页
    1.材料与方法第99页
    · 结果与讨论第99-101页
第五章 栉孔扇贝全基因组框架图谱的绘制第101-121页
  · 引言第101-102页
  第一节 栉孔扇贝基因组 survey 测序第102-108页
    · 材料和方法第102-106页
      · 测序材料的获得第102页
      · DNA 提取第102页
      · 180bp 短插入片段文库的构建和测序第102-104页
      · 测序数据的分析处理第104-106页
    · 结果与讨论第106-108页
  第二节 栉孔扇贝基因组框架图构建和基因组特征分析第108-116页
    · 材料与方法第108-110页
      · 180bp, 300bp,500bp 短插入片段文库的构建和测序第108页
      · 2kb, 5kb,10kb,20kb,30kb 长插入片段文库的构建和测序第108页
      · 基因组拼接第108-109页
      · 基因组框架图拼接评价第109页
      · 重复序列分析第109-110页
      · 基因组初步基因预测第110页
    · 结果与分析第110-113页
      · 测序数据统计第110-111页
      · 组装基因组框架图谱第111页
      · 基因组草图覆盖度评价第111-112页
      · 基因组框架图谱重复序列分析第112页
      · 基因组框架图谱的初步注释第112-113页
    · 讨论第113-116页
  第三节 遗传图谱、物理图谱和基因组框架图谱整合第116-121页
    ·引言第116-117页
    · 材料和方法第117页
    · 结果和讨论第117-121页
参考文献第121-134页
附录第134-135页
致谢第135-137页
个人简历第137-138页
发表的学术论文第138-140页

本篇论文共140页,点击这进入下载页面
 
更多论文
栉孔扇贝(Chlamys farreri)高密度
利用密度感应抑制技术控制水产养殖
三疣梭子蟹(Portunus tritubercul
半滑舌鳎生殖细胞标记基因的克隆、
半滑舌鳎和牙鲆的转录组测序及初步
中国对虾(Fenneropenaeus chinens
多氯联苯对褐牙鲆(Paralichthys o
玉筋鱼和赤魟的分子系统地理学研究
淡水养殖凡纳滨对虾(Litopenaeus
大菱鲆幼鱼对不同蛋白源营养感知与
中国海区寡毛类和环毛类纤毛虫的DN
刺参陆基养殖系统的能值分析和生命
三疣梭子蟹(Portunus tritubercul
营养与养殖大黄鱼品质之间关系的初
饲料脂肪水平和脂肪酸组成对大菱鲆
大菱鲆幼鱼几种功能性氨基酸营养代
长牡蛎净化技术及赤潮甲藻对其性成
大豆浓缩蛋白调控瓦氏黄颡鱼幼鱼摄
中国对虾感染白斑症病毒(WSSV)后
三疣梭子蟹(Portunus tritubercul
酪氨酸磷酸化蛋白和胞质动力蛋白在
长牡蛎、葡萄牙牡蛎与近江牡蛎的种
鲜活菱形筒柱藻(硅藻)对刺参饵料
异齿亚纲贝类DNA条形码与系统发生学
鱼类饲料中蝇蛆培养物替代鱼粉的研
长牡蛎快速生长品系选育及重要功能
刺参(Apostichopus japonicus)发
生物絮团在对虾零水交换养殖系统中
牙鲆(Paralichthys olivaceus)干
水库网箱养殖密度对虹鳟福利状况的
冬瓜子质量标准及药效学研究
囊礁膜硫酸多糖及其寡糖的结构研究
升麻的化学成分及生物活性研究
三种海洋生物化学成分及生物活性研
三株海洋放线菌次生代谢产物研究
1,2,3,4,6五[-O-(3,4,5-三羟基苯甲
五株海绵来源的真菌次级代谢产物及
三株红树林来源真菌次级代谢产物多
黄河三角洲盐碱地真菌多样性及活性
虫草多糖的仿生合成及结构与活性研
海洋真菌Cochliobolus lunatus中十
三株不同海洋生境来源真菌次级代谢
海洋细菌Shewanella sp.Kz7的寡褐藻
岩藻糖基化海参硫酸软骨素改善胰岛
肺癌细胞株中miRNA的筛选及miR-544
基于脱细胞猪角膜基质的组织工程全
喜树碱衍生物通过透明质酸纳米微乳
组织工程人角膜内皮的体外重建及其
可吸收甲壳素手术缝线的生物学功能
可降解小口径人工血管的生物相容性
时、频、波数域下剪切湍流数据分析
烟叶通用近红外定量模型稳健性研究
烟叶近红外光谱特征提取与相似性度
海湾扇贝软体组织中汞与硒的形态分
杜氏盐藻(Dunaliella salina)对U
PH混合菌对多环芳烃的吸附、摄取及
呋喃丹和百菌清对斑马鱼酪氨酸转氨
深海超嗜热嗜压古菌Pyrococcus yay
海月水母响应环境低氧的分子机制研
解淀粉芽孢杆菌anti-CA菌株抗污损生
典型海域浮游植物对磷的响应及营养
海洋专性解烃菌Cycloclasticus spp
威海双岛人工鱼礁区大型底栖动物与
Cu和Cd对皱纹盘鲍幼鲍的毒性及饲料
多环芳烃和渔用抗生素在凡纳滨对虾
久效磷对金鱼(Carassius auratus)
龙须菜(Gracilariopsis lemaneifo
东方小藤壶(Chthamalus challenge
久效磷农药对虹鳟鱼性腺细胞系性激
副热带海区浮游植物对海洋环流与气
盐度和重金属对序批式生物反应器性
渤海海峡南部海域地貌特征及控制因
海岸侵蚀风险评价模型构建及其应用
渤海东部潮流地貌及控制因素
海洋石油平台溢油在线监控预警集成
现代黄河三角洲固结沉降及其对三角
冬春季东海黑潮锋和湾流锋对海表面
中高纬海洋对中国东北部气候变化影
冬季北大西洋涛动(NAO)的变异及其
南半球中高纬度环流变异及其对南大
全球变暖背景下热带太平洋的响应及
北半球冬季风暴轴与热带外海洋的相
利用特征波长探讨大气和海洋中太阳
北太平洋副热带模态水和副热带逆流
1990年代末北印度洋及西北太平洋春
印—太暖池区降水异常对东亚冬季大
热带太平洋大气经圈和纬圈环流的年
胶州湾海—气CO2通量及
冬季大风过程下渤黄海水位低频波动
基于变系数KdV-type理论模型的南海
黄、东海沉积物中多氯联苯的分布及
山东省入海污染物分配容量计算——
海域空间层叠利用的用海兼容性研究
东海陆架盆地南部中生代地层分布及
中国近海海水中挥发性卤代烃的分布
冲绳海槽构造地质特征及形成演化研
东海典型泥质区高分辨沉积记录及其
东、黄海沉积物中羟基和甲氧基多溴
印度洋构造—岩浆过程:剩余地幔布
近200年来东海内陆架沉积层序高频波
南黄海盆地中部第四纪地震层序与地
南海北部陆坡区海底滑坡特征及触发
EPR和SWIR玄武岩岩石地球化学特征对
多孔介质中天然气水合物动态聚散过
西北太平洋海山富钴结壳资源评价和
山东半岛东部海滩侵蚀现状与保护研
现代黄河口沉积动力过程与地形演化
黄东海沉积物中磷的形态及其影响因
黄河颗粒态及渤、黄海现代沉积有机
港口工程影响下莱州湾南岸海洋沉积
中国东部陆架海中二甲亚砜的浓度分
冷喷涂铜复合涂层制备技术及其防腐
中国东部海域细颗粒沉积物中重金属
埕岛油田海底主登陆管道检测与安全
南黄海中部泥质区全新世以来古环境
生态养殖活动下营养盐动力学研究—
基于非市场价值评估的海洋资源生态
长江口海域关键环境因子的长期变化
激光腔衰荡光谱用于水中溶存气体探
赤道中印度洋经向海流与热量输运经
南海北部陆坡东西段新构造的异同及
深海阴极保护过程研究及其在温跃层
正渗透膜的制备与应用
山东半岛蓝色经济区海洋资源可持续
东中国海遥感叶绿素数据重构方法及
中尺度涡
南海北部近惯性振荡研究
环境约束下海洋经济全要素生产率研
坦帕湾海洋环境动力诊断和海水滞留
 
栉孔扇贝论文 SNP论文 2b-RAD论文 遗传图谱论文 QTL论文 基因组测序论文
版权申明:目录由用户wlj3040552**提供,www.51papers.com仅收录目录,作者需要删除这篇论文目录请点击这里
| 设为首页||加入收藏||站内搜索引擎||站点地图||在线购卡|
版权所有 教育论文网 Copyright(C) All Rights Reserved