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深海超嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii压力适应性机制研究

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深海超嗜热嗜压古菌Pyrococcus yayanosii压力适应性机制研究
论文目录
 
摘要第1-7页
Abstract第7-13页
1 引言第13-48页
  · 深海微生物压力适应性研究概况第13-26页
    · 嗜压微生物多样性第13-18页
    · 高静水压对细胞组分的影响第18-19页
    · 嗜压微生物压力适应性第19-25页
    · 小结第25-26页
  · Thermococcales 研究概况第26-32页
    · Thermococcales 简介第26-27页
    · Thermococcales 代谢途径第27-28页
    · 硫对 Thermococcales 代谢途径的影响第28-30页
    · Thermococcales 的甲酸代谢第30-31页
    · Thermococcales 微生物的应用第31-32页
  · Thermococcales 遗传操作系统第32-45页
    · Thermococcales 的可移动遗传元件第32-38页
    · Thermococcales 穿梭载体的构建第38-39页
    · Thermococcales 遗传筛选标记第39-42页
    · Thermococcales 转化方法第42页
    · Thermococcales 中的基因敲除第42-44页
    · Thermococcales 基因表达系统第44页
    · 小结第44-45页
  · Pyrococcus yayanosii CH1 介绍第45-46页
  · 本论文研究内容、目的、意义及困难第46-48页
2 兼性嗜压菌株 Pyrococcus yayanosii A1 的分离及鉴定第48-77页
  · 前言第48页
  · 材料与方法第48-57页
    · 菌株第48-49页
    · 培养基与试剂第49-51页
    · 引物(5’ - 3’)第51-53页
    · 主要仪器第53-54页
    · 实验方法第54-57页
  · 结果与分析第57-75页
    · 兼性嗜压菌 A1 的筛选第57-61页
    · A1 生理特性测定第61-65页
    · A1 基因组测序及分析第65-75页
  · 小结与讨论第75-77页
3 Pyrococcus yayanosii 遗传操作系统构建第77-103页
  · 引言第77-78页
  · 材料与方法第78-81页
    · 菌株与质粒第78页
    · 培养基与试剂第78-79页
    · 引物第79-80页
    · 主要仪器第80页
    · 实验方法第80-81页
  · 结果与分析第81-101页
    · HMG-CoA 还原酶超表达原件的构建第81-86页
    · 尿嘧啶营养缺陷型宿主(A2)构建第86-89页
    · PYCH1040 基因敲除第89-94页
    · pLMO03 无标记筛选质粒的构建第94-96页
    · 利用无痕敲除技术对 PYCH1096-PYCH1136 基因簇进行中断第96-99页
    · 以 A1 菌株作为宿主表达高温酶第99-101页
  · 小结与讨论第101-103页
4 Pyrococcus yayanosii CH1 和 A1 不同压力下的转录组分析第103-140页
  · 引言第103页
  · 材料与方法第103-111页
    · 菌株及培养条件第103页
    · 培养基与试剂第103页
    · 主要仪器第103-104页
    · 引物第104页
    · Pyrococcus yayanosii 培养方法第104-105页
    · 总 RNA 的提取第105-106页
    · RNA 的纯化第106页
    · RNA 质量检测第106页
    · RT-PCR 方法第106-107页
    · Real Time PCR 反应第107-108页
    · 转录组实验流程第108-109页
    · 信息分析流程第109-111页
  · 结果与讨论第111-136页
    · RNA 样品质量分析第111-112页
    · 测序质量评估第112-114页
    · A1 在 0.1 MPa 压力条件下的差异表达分析第114-115页
    · QPCR 验证转录组结果第115页
    · A1 在 0.1 MPa/52MPa 条件下的转录差异分析第115-128页
    · A1 在 0.1 MPa/52MPa 条件下差异表达基因对应的代谢途径及其调控分析第128-131页
    · CH1 在 15 MPa 压力条件下的转录差异分析第131-136页
  · 小结与讨论第136-140页
    · Thermococcales 中的氢酶复合体与其环境适应性第136-137页
    · CH1 和 A1 的压力胁迫适应第137-140页
5 甲酸代谢与 A1 菌株的环境适应性研究第140-178页
  · 前言第140页
  · 材料与方法第140-150页
    · 菌株及培养条件第140页
    · 培养基与试剂第140-143页
    · RT-PCR 方法第143页
    · Real Time PCR 反应第143页
    · A1 总蛋白提取第143页
    · 磁珠法从 A1 中提取目的蛋白第143-144页
    · 银染方法第144-145页
    · 胶内蛋白质的酶解第145页
    · 质谱分析及检索第145-146页
    · HPLC 分析甲酸程序第146-147页
    · 双向电泳第147-150页
  · 结果与讨论第150-175页
    · A1 在不同压力条件下的甲酸代谢第150页
    · A1 菌株的 Fmr 基因簇功能分析第150-153页
    · Fmr 基因簇功能研究第153-156页
    · Mbh 及 Mbx 基因簇功能研究第156-158页
    · SHI 基因簇的功能分析第158-165页
    · IMP 合成与甲酸盐代谢的关系第165-167页
    · 假定的压力转录因子(PTF)的分离第167-170页
    · PTF 因子的 LC-MS 鉴定第170-172页
    · A1 在 0.1 MPa 和 52 MPa 条件下的 2-D 分析第172-173页
    · Fmr 基因簇与 A1 的多重胁迫环境适应第173-175页
  · 小结与讨论第175-178页
6 结论与展望第178-180页
  · 结论第178页
  · 展望第178-180页
参考文献第180-193页
附录第193-205页
  附录 1、缩写词表第193-195页
  附录 2、高温高压培养装置第195-196页
  附录 3、pTS535 载体图谱第196-198页
  附录 4、pLMO01 载体图谱第198-201页
  附录 5、pLMO03 载体示意图第201-204页
  附录 6、高温酯酶序列第204-205页
致谢第205-206页
个人简历第206页
攻读博士期间发表的学术论文第206-207页

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