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基于单核苷酸多态性的食品中大肠埃希氏菌溯源技术

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基于单核苷酸多态性的食品中大肠埃希氏菌溯源技术
论文目录
 
缩略词表第1-8页
中文摘要第8-10页
Abstract第10-13页
第一章 前言第13-29页
  1 引言第13-14页
  2 大肠埃希氏菌第14-20页
    · 大肠埃希氏菌概况第14-15页
    · 大肠埃希氏菌生物学特性第15-16页
    · 流行病学特点第16-20页
      · 大肠埃希氏菌 O157︰H7第16-18页
      · 大肠埃希氏菌 O104︰H4第18-20页
  3 国内外细菌溯源技术研究进展第20-26页
    · 细菌溯源第20页
    · 细菌溯源技术第20-26页
      · 分子溯源技术及分类第21-26页
        · 脉冲场凝胶电泳第21-22页
        · 限制性片段长度多态性第22页
        · 肠杆菌基因间重复一致序列的聚合酶链式反应第22-23页
        · 扩增片段长度多态性第23页
        · 单核苷酸多态性第23-25页
        · 细菌的核糖体基因分型第25页
        · 多位点序列分析第25-26页
  4 细菌溯源技术小结第26-27页
  5 课题研究思路第27-29页
第二章 大肠埃希氏菌持家基因单核苷酸多态性位点的选择第29-37页
  1 前言第29页
  2 大肠埃希氏菌持家基因第29页
  3 MLST 技术资源第29-30页
  4 持家基因多态性位点的测算第30-35页
    · 数据下载第31-34页
      · 结合数据文件 st7-7.meg 数据下载第31-32页
      · Allele Sequences 数据下载第32页
      · 结合数据文件的修正第32-33页
      · Allele Sequences 数据文件的修正第33-34页
      · Allele Sequences 数据文件修正结果检测第34页
      · 人工定义的数据第34页
    · Minimum SNPs 测算第34-35页
  5 持家基因多态性位点的选择第35-36页
  小结第36-37页
第三章 食品中大肠埃希氏菌菌株的收集与鉴定、纯化第37-41页
  · 实验材料第37页
    · 培养基及试剂第37页
    · 仪器和耗材第37页
  2 方法第37-40页
    · 大肠埃希氏菌的分离培养第37-40页
      · 主要溶液的配制第37-38页
      · 操作步骤第38页
      · 菌落鉴定第38-40页
    · 分离得到的大肠埃希氏菌第40页
  小结第40-41页
第四章 所选大肠埃希氏菌持家基因 SNP 位点的识别及分析第41-80页
  1 实验材料第41页
    · 主要试剂第41页
    · 仪器和耗材第41页
  2 方法第41-79页
    · 大肠埃希氏菌基因 DNA 提取第41-43页
      · 大肠埃希氏菌菌液制备第41页
      · 大肠埃希氏菌 DNA 提取第41-42页
      · 大肠埃希氏菌 DNA 纯度检测第42-43页
    · 大肠埃希氏菌持家基因扩增第43-56页
      · PCR 引物第43页
      · PCR 反应体系第43-44页
      · PCR 反应条件第44页
      · PCR 扩增结果第44-56页
        · clpX 基因扩增结果第44-47页
        · fadD 基因扩增结果第47-50页
        · mdh 基因扩增结果第50-53页
        · uidA 基因扩增结果第53-56页
    · 大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序第56页
    · 大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果分析第56-70页
      · 大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果第56页
      · 大肠埃希氏菌持家基因扩增产物测序结果 SNP 分析第56-70页
    · 基于持家基因 SNP Profiels 的大肠埃希氏菌菌株地理来源分析第70-77页
      · 基于 12 个 SNP 位点信息对分离株进行聚类分析第70页
      · 根据 12 个位点的 SNP 谱聚类分析第70-75页
      · 地理特异性 SNP Profiels 及 SNP Group第75-77页
    · 盲样测试第77-79页
      · 盲样样品的准备第77页
      · 盲样样品的 SNP 位点信息第77-78页
      · 基于盲样 SNP 位点信息的来源分析第78-79页
  小结第79-80页
第五章 大肠埃希氏菌分离株的 eBURST 分析第80-95页
  1 大肠埃希氏菌分离株的 ST 型第80页
  2 eBURST 分析第80-86页
    · 数据的输入第80-81页
    · 数据分析第81-82页
    · 聚类图分析第82-83页
    · eBURST 分析与 SNP 分析的比较第83-86页
  小结第86-95页
结果第95-96页
参考文献第96-102页
菌种附录第102-108页
综述第108-116页
  参考文献第113-116页
个人简历第116-117页
致谢第117页

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