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陆地棉遗传图谱加密与T1区域纤维品质QTL精细定位及候选基因鉴定
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陆地棉遗传图谱加密与T1区域纤维品质QTL精细定位及候选基因鉴定
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-15页
第一章 文献综述第15-31页
　　· 棉纤维发育与纤维品质形成第15-19页
　　　　· 纤维起始期第16-17页
　　　　· 纤维伸长期第17页
　　　　· 过渡期第17-18页
　　　　· 纤维次生壁合成期第18-19页
　　　　· 纤维脱水与成熟第19页
　　· 棉花遗传图谱构建和QTL定位第19-26页
　　　　· DNA标记的类型第19-20页
　　　　· 遗传图谱构建和QTL定位群体第20-21页
　　　　· 四倍体棉花遗传图谱与QTL定位第21-24页
　　　　· 关联分析QTL定位第24-25页
　　　　· 棉花精细定位第25-26页
　　· 棉花茸毛与纤维品质第26页
　　· 棉花基因组研究进展第26-28页
　　· 棉花纤维发育表达谱研究进展第28-30页
　　· 棉花分子育种存在的问题及应对策略第30-31页
第二章 陆地棉遗传图谱加密第31-52页
　　· 引言第31-32页
　　· 技术路线第32-33页
　　· 实验材料与方法第33-37页
　　　　· 实验材料第33页
　　　　· 棉花基因组提取第33-34页
　　　　· SSR引物来源第34页
　　　　· SSR反应体系与PCR扩增第34-35页
　　　　· PCR产物的电泳及主要相关试剂第35-36页
　　　　· 遗传连锁图谱构建第36页
　　　　· 标记位点命名第36-37页
　　· 结果与分析第37-49页
　　　　· 引物多态性筛选第37-38页
　　　　· 重组近交系群体标记基因型检测第38-39页
　　　　· 遗传图谱构建第39-49页
　　· 讨论第49-50页
　　　　· 陆地棉种内遗传差异第49页
　　　　· SSR标记检测技术与作图效率第49页
　　　　· 标记在染色体上分布不均匀第49-50页
　　　　· 陆地棉种内遗传图谱第50页
　　· 结论第50-52页
　　　　· 陆地棉种内遗传背景狭窄第50页
　　　　· 提高标记分辨率可提高作图效率第50页
　　　　· 陆地棉种内高密度遗传连锁图第50-52页
第三章 T_1区域纤维品质性状QTL精细定位第52-76页
　　· 引言第52-54页
　　· 技术路线第54-55页
　　· 材料与方法第55-58页
　　　　· 亲本材料第55页
　　　　· 群体构建第55页
　　　　· 性状调查第55-57页
　　　　· DNA提取第57页
　　　　· SSR引物的开发第57页
　　　　· 遗传图谱构建与QTL定位第57-58页
　　· 结果与分析第58-72页
　　　　· 茸毛性状的遗传分析第58页
　　　　· 亲本及F_2群体的纤维品质性状表型分析第58-63页
　　　　· T_1区域纤维品质性状QTL初步定位第63-68页
　　　　· 纤维品质QTL的精细定位第68-69页
　　　　· 替换作图定位纤维品质QTL第69-70页
　　　　· 纤维品质QTL在棉花参考基因组的物理定位第70-72页
　　· 讨论第72-74页
　　　　· T_1区域存在纤维品质性状主效QTL第72-73页
　　　　· T_1与纤维品质性状QTL的关系第73页
　　　　· T_1区域存在重组抑制第73页
　　　　· 次级分离群体是精细定位QTL的理想材料第73-74页
　　　　· 稳定主效QTL是图位克隆和分子标记辅助育种的基础第74页
　　· 结论第74-76页
　　　　· T_1区域存在纤维品质性状主效QTL第74页
　　　　· T_1位点与纤维品质性状主效QTL为基因连锁关系第74页
　　　　· T_1区域存在重组抑制第74-76页
第四章 纤维品质QTL候选基因鉴定第76-93页
　　· 引言第76-77页
　　· 技术路线第77-78页
　　· 材料与方法第78-81页
　　　　· 实验材料第78页
　　　　· RNA提取第78页
　　　　· 总RNA样品检测第78页
　　　　· 文库构建第78-79页
　　　　· 库检与上机测序第79页
　　　　· 生物信息分析流程第79-80页
　　　　· cDNA合成第80-81页
　　· 结果与分析第81-89页
　　　　· 渝棉1号和RIL118的纤维发育观察第81-82页
　　　　· 测序RNA样品的提取与检测第82-83页
　　　　· 测序数据质量情况汇总第83页
　　　　· Read在参考基因组中的定位第83-85页
　　　　· 基因表达水平分析第85-86页
　　　　· 差异基因表达分析第86-87页
　　　　· QTL定位区间差异基因筛选第87-88页
　　　　· qRT-PCR对QTL定位区间差异基因验证第88-89页
　　· 讨论第89-91页
　　　　· 纤维发育早期影响纤维品质第89页
　　　　· 纤维品质QTL候选基因第89-91页
　　　　· 精细定位与RNA-seq相结合是QTL候选基因鉴定的新途径第91页
　　· 结论第91-93页
　　　　· 早期纤维发育影响棉花最终品质第91页
　　　　· 三个可能为T_1区域纤维品质QTL候选基因第91页
　　　　· 精细定位与RNA-seq相结合是鉴定QTL候选基因的重要途径第91-93页
参考文献第93-113页
附录第113-119页
已发表与待发表论文一览表第119-120页
致谢第120页

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