论文目录 | |
摘 要 | 第1-5
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ABSTRACT | 第5-7
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目 录 | 第7-10
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第一章 引 言 | 第10-22
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· 研究背景和意义 | 第10
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· 分子模拟及其研究进展 | 第10-18
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· 分子模拟软件的基本功能 | 第13-14
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· 分子模拟一般步骤 | 第14
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· 分子模拟基本技术 | 第14-18
页 |
· 几种典型的分子间相互作用力 | 第18-22
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第二章 分子模拟方法-构象分析与分子对接 | 第22-37
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· 构象分析 | 第22-32
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· 分子力学方法 | 第26-30
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· 基本原理 | 第26-28
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· 系统搜索方法(systematic search) | 第28-29
页 |
· 随机构象搜索方法(random search) | 第29-30
页 |
· 分子动力学方法 | 第30-32
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· 基本原理 | 第30
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· 模拟淬火方法(Quenched Annealing) | 第30
页 |
· 模拟退火方法(Simulated Annealing) | 第30-31
页 |
· Monte Carlo 方法 | 第31-32
页 |
· 分子对接(Dock) | 第32-37
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· 分子对接法的基本原理 | 第33-34
页 |
· 几种常用的分子对接程序 | 第34-37
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第三章 丝组二肽及其类似物切割DNA机理的分子模拟 | 第37-71
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· 丝组二肽及其类似物对生物大分子切割作用 | 第37-40
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· 丝组二肽及相关二肽切割DNA的分子模拟 | 第40-62
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· 软件和硬件 | 第40-42
页 |
· 丝组二肽及相关二肽分子构象分析 | 第42-49
页 |
· 丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第49-59
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· 丝组二肽分子与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第50-52
页 |
· Cys-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第52-53
页 |
· Thr-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第53-54
页 |
· Asp-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第54-55
页 |
· 组丝二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第55-56
页 |
· Ser-Arg与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第56-58
页 |
· Ser-Lys与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第58-59
页 |
· 丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接小节 | 第59-62
页 |
· 丝组二肽与丝氨酸蛋白酶活性中心结构比对 | 第62-64
页 |
· 缓冲溶液对丝组二肽切割活性的抑制作用模拟 | 第64-68
页 |
· 计算方法 | 第64-66
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· 丝组二肽构象分析 | 第66
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· 柠檬酸和Tris的构象分析 | 第66-67
页 |
· Ser-His---缓冲试剂复合物构象分析 | 第67-68
页 |
· 本章小结: | 第68-71
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第四章 丝氨酸组酰胺切割DNA分子模拟 | 第71-83
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· 软件和硬件 | 第72
页 |
· L/D 丝氨酸组酰胺构象分析 | 第72-73
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· L/D 丝氨酸组酰胺与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接 | 第73-78
页 |
· 人工定点切割试剂设计与展望 | 第78-81
页 |
· 本章小结 | 第81-83
页 |
第五章 4A-R/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学研究 | 第83-91
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· 硬件和软件 | 第83-85
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· 加兰他敏4aS/R(4a(, 6(, 8aR*)-galanthamine构象分析 | 第85-87
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· 环糊精结构数据库搜索以及最低能量构象确定 | 第87
页 |
· 4aR/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学模拟 | 第87-91
页 |
第六章 五配位磷与蛋白激酶-底物的特异性识别 | 第91-111
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· 蛋白激酶-底物的特异性识别的重要性 | 第91-93
页 |
· 有关酶和底物相互作用的基本原理 | 第93-96
页 |
· 形成酶-底物复合物 | 第94-95
页 |
· 诱导契合假说 | 第95
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· 酶-底物亲和性与米氏常数(Km) | 第95-96
页 |
· 蛋白激酶转移磷酸基机理 | 第96
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· 五配位磷化学 | 第96-98
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· 蛋白质晶体结构数据库数据挖掘(Data Mining) | 第98-101
页 |
· 蛋白激酶-底物识别的分子动力学模拟 | 第101-109
页 |
· 计算方法 | 第101-104
页 |
· 复合物模型构建 | 第103
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· 模型复合物分子动力学模拟 | 第103-104
页 |
· 结果与讨论 | 第104-109
页 |
· 本章小结 | 第109-111
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结 论 | 第111-112
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参考文献 | 第112-122
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致 谢 | 第122-123
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附录 论文图表索引 | 第123-127
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个人简历、在学期间的研究成果及发表的论文 | 第127-131
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个人简历 | 第127-131页 |