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分子模拟在生命有机磷化学中的应用

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分子模拟在生命有机磷化学中的应用
论文目录
 
摘 要第1-5 页
ABSTRACT第5-7 页
目 录第7-10 页
第一章 引 言第10-22 页
  · 研究背景和意义第10 页
  · 分子模拟及其研究进展第10-18 页
    · 分子模拟软件的基本功能第13-14 页
    · 分子模拟一般步骤第14 页
    · 分子模拟基本技术第14-18 页
  · 几种典型的分子间相互作用力第18-22 页
第二章 分子模拟方法-构象分析与分子对接第22-37 页
  · 构象分析第22-32 页
    · 分子力学方法第26-30 页
      · 基本原理第26-28 页
      · 系统搜索方法(systematic search)第28-29 页
      · 随机构象搜索方法(random search)第29-30 页
    · 分子动力学方法第30-32 页
      · 基本原理第30 页
      · 模拟淬火方法(Quenched Annealing)第30 页
      · 模拟退火方法(Simulated Annealing)第30-31 页
      · Monte Carlo 方法第31-32 页
  · 分子对接(Dock)第32-37 页
    · 分子对接法的基本原理第33-34 页
    · 几种常用的分子对接程序第34-37 页
第三章 丝组二肽及其类似物切割DNA机理的分子模拟第37-71 页
  · 丝组二肽及其类似物对生物大分子切割作用第37-40 页
  · 丝组二肽及相关二肽切割DNA的分子模拟第40-62 页
    · 软件和硬件第40-42 页
    · 丝组二肽及相关二肽分子构象分析第42-49 页
    · 丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第49-59 页
      · 丝组二肽分子与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第50-52 页
      · Cys-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第52-53 页
      · Thr-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第53-54 页
      · Asp-His与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第54-55 页
      · 组丝二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第55-56 页
      · Ser-Arg与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第56-58 页
      · Ser-Lys与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第58-59 页
    · 丝组二肽及相关二肽与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接小节第59-62 页
  · 丝组二肽与丝氨酸蛋白酶活性中心结构比对第62-64 页
  · 缓冲溶液对丝组二肽切割活性的抑制作用模拟第64-68 页
    · 计算方法第64-66 页
    · 丝组二肽构象分析第66 页
    · 柠檬酸和Tris的构象分析第66-67 页
    · Ser-His---缓冲试剂复合物构象分析第67-68 页
  · 本章小结:第68-71 页
第四章 丝氨酸组酰胺切割DNA分子模拟第71-83 页
  · 软件和硬件第72 页
  · L/D 丝氨酸组酰胺构象分析第72-73 页
  · L/D 丝氨酸组酰胺与DNA模型物5’-TpTpdC-3’分子对接第73-78 页
  · 人工定点切割试剂设计与展望第78-81 页
  · 本章小结第81-83 页
第五章 4A-R/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学研究第83-91 页
  · 硬件和软件第83-85 页
  · 加兰他敏4aS/R(4a(, 6(, 8aR*)-galanthamine构象分析第85-87 页
  · 环糊精结构数据库搜索以及最低能量构象确定第87 页
  · 4aR/S加兰他敏与环糊精相互作用分子动力学模拟第87-91 页
第六章 五配位磷与蛋白激酶-底物的特异性识别第91-111 页
  · 蛋白激酶-底物的特异性识别的重要性第91-93 页
  · 有关酶和底物相互作用的基本原理第93-96 页
    · 形成酶-底物复合物第94-95 页
    · 诱导契合假说第95 页
    · 酶-底物亲和性与米氏常数(Km)第95-96 页
  · 蛋白激酶转移磷酸基机理第96 页
  · 五配位磷化学第96-98 页
  · 蛋白质晶体结构数据库数据挖掘(Data Mining)第98-101 页
  · 蛋白激酶-底物识别的分子动力学模拟第101-109 页
    · 计算方法第101-104 页
      · 复合物模型构建第103 页
      · 模型复合物分子动力学模拟第103-104 页
    · 结果与讨论第104-109 页
  · 本章小结第109-111 页
结 论第111-112 页
参考文献第112-122 页
致 谢第122-123 页
附录 论文图表索引第123-127 页
个人简历、在学期间的研究成果及发表的论文第127-131 页
  个人简历第127-131页

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