论文目录 | |
摘要 | 第1-8
页 |
Abstract | 第8-11
页 |
第一章 绪论 | 第11-36
页 |
· 生物信息学简述 | 第11-14
页 |
· 生物信息学产生背景 | 第11
页 |
· 生物信息学数据库 | 第11-13
页 |
· GenBank 数据库 | 第12
页 |
· Swiss-Prot 数据库 | 第12
页 |
· PDB 数据库 | 第12-13
页 |
· 生物信息学的研究内容 | 第13-14
页 |
· 生物信息学的研究方法 | 第14
页 |
· 嗜热菌及其耐热机制的研究进展 | 第14-29
页 |
· 嗜热菌简介 | 第14-16
页 |
· 嗜热菌概述 | 第14-15
页 |
· 嗜热菌应用 | 第15-16
页 |
· 嗜热菌耐热性的研究进展 | 第16-29
页 |
· 膜的耐热性研究 | 第16
页 |
· 核酸的耐热性研究 | 第16-17
页 |
· 蛋白质的耐热性研究 | 第17-29
页 |
· 本论文的立题背景及主要研究内容 | 第29-31
页 |
· 立题背景 | 第29-30
页 |
· 主要研究内容 | 第30-31
页 |
参考文献 | 第31-36
页 |
第二章 原核生物蛋白质关系数据库的构建及基本特征分析 | 第36-48
页 |
· 引言 | 第36
页 |
· 材料与方法 | 第36-43
页 |
· 数据源 | 第36
页 |
· 方法 | 第36-43
页 |
· 数据库平台 | 第36-37
页 |
· 编程接口 | 第37-38
页 |
· GenBank 数据的分解 | 第38-39
页 |
· 数据库结构的设计 | 第39-40
页 |
· 数据写入数据库 | 第40-41
页 |
· 蛋白质数据库的构建过程 | 第41-43
页 |
· 结果与讨论 | 第43-46
页 |
· 原核生物蛋白质序列数据集的基本特征 | 第43-44
页 |
· 原核生物蛋白质结构数据集的基本特征 | 第44-46
页 |
· 原核生物蛋白质功能数据集的基本特征 | 第46
页 |
· 本章小结 | 第46-47
页 |
参考文献 | 第47-48
页 |
第三章 嗜热菌耐热性与蛋白质序列关系的研究* | 第48-62
页 |
· 引言 | 第48-49
页 |
· 材料与方法 | 第49-50
页 |
· 数据集 | 第49
页 |
· 方法 | 第49-50
页 |
· 氨基酸残基个数统计 | 第49
页 |
· 氨基酸组成和二肽组成统计 | 第49-50
页 |
· 结果与讨论 | 第50-59
页 |
· 氨基酸残基个数与蛋白质耐热性的关系 | 第50-52
页 |
· 氨基酸组成与蛋白质耐热性的关系 | 第52-55
页 |
· 氨基酸含量归一化 | 第52
页 |
· 20 种氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系 | 第52-54
页 |
· 带电荷氨基酸、不带电荷极性氨基酸和疏水性氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系 | 第54-55
页 |
· 二肽组成与嗜热菌耐热性的关系 | 第55-59
页 |
· 各类蛋白质二肽含量与平均二肽含量的比较 | 第55
页 |
· 特征二肽 | 第55-59
页 |
· 本章小结 | 第59-60
页 |
参考文献 | 第60-62
页 |
第四章 基于氨基酸组成和二肽组成预测蛋白质耐热性的分类方法研究* | 第62-76
页 |
· 引言 | 第62
页 |
· 材料与方法 | 第62-70
页 |
· 数据集 | 第62
页 |
· 方法 | 第62-70
页 |
· 支持向量机理论 | 第62-65
页 |
· 贝叶斯理论 | 第65-67
页 |
· K-最近邻规则理论 | 第67
页 |
· 特征向量提取 | 第67-68
页 |
· 分类系统检验 | 第68-69
页 |
· 训练和预测过程 | 第69-70
页 |
· 结果与讨论 | 第70-74
页 |
· 三种分类算法最优参数的选取及分类效果的比较 | 第70-72
页 |
· 基于氨基酸组成,二肽组成及氨基酸组成+二肽组成预测蛋白质耐热性 | 第72-74
页 |
· 本章小结 | 第74
页 |
参考文献 | 第74-76
页 |
第五章 嗜热菌耐热性与蛋白质结构关系的研究 | 第76-106
页 |
· 引言 | 第76-77
页 |
· 材料与方法 | 第77-80
页 |
· 数据集 | 第77
页 |
· 二级结构特征 | 第77
页 |
· 氢键 | 第77
页 |
· 盐桥 | 第77-78
页 |
· 溶剂接触表面积 | 第78-79
页 |
· 紧密度 | 第79
页 |
· 疏水性 | 第79
页 |
· 空腔数目和体积 | 第79
页 |
· 温度因子 | 第79-80
页 |
· 结果与讨论 | 第80-101
页 |
· 二级结构特征与蛋白质耐热性的关系 | 第80-93
页 |
· 二级结构含量与耐热性的关系 | 第80-81
页 |
· 二级结构长度与耐热性的关系 | 第81-82
页 |
· 二级结构中氨基酸分布及显著性分析 | 第82-93
页 |
· 氢键数目和类型与蛋白质耐热性的关系 | 第93-94
页 |
· 盐桥数目和类型与蛋白质耐热性的关系 | 第94-98
页 |
· 表面积、紧密度和疏水性与蛋白质耐热性的关系 | 第98-99
页 |
· 空腔个数和体积与蛋白质耐热性的关系 | 第99-100
页 |
· 温度因子与蛋白质耐热性的关系 | 第100-101
页 |
· 本章小结 | 第101-103
页 |
参考文献 | 第103-106
页 |
第六章 基于功能的嗜热菌蛋白质耐热性的系统发育研究 | 第106-117
页 |
· 引言 | 第106
页 |
· 材料与方法 | 第106-108
页 |
· 数据集 | 第106
页 |
· 方法 | 第106-108
页 |
· 序列多重比对 | 第106-107
页 |
· 系统发育分析 | 第107-108
页 |
· 结果与讨论 | 第108-114
页 |
· 以氨基酰-tRNA 合成酶研究进化的可行性判断 | 第108-109
页 |
· 古细菌氨基酰-tRNA 合成酶的系统发育分析 | 第109-114
页 |
· 本章小结 | 第114-115
页 |
参考文献 | 第115-117
页 |
第七章 基于同源建模法提高蛋白质耐热性的初步研究 | 第117-126
页 |
· 引言 | 第117
页 |
· 材料与方法 | 第117-119
页 |
· 脂肪酶 | 第117
页 |
· 2 同源建模法提高蛋白质耐热性的过程 | 第117-119
页 |
· 结果与讨论 | 第119-125
页 |
· 常温脂肪酶1CVL 特性分析 | 第119-121
页 |
· 氨基酸组成和二肽组成 | 第119-120
页 |
· 三维结构特性 | 第120-121
页 |
· 常温脂肪酶1CVL 耐热性提高过程 | 第121-122
页 |
· 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比较 | 第122-125
页 |
· 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比对 | 第122-123
页 |
· 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子的三维结构比较 | 第123-125
页 |
· 本章小结 | 第125
页 |
参考文献 | 第125-126
页 |
主要结论 | 第126-129
页 |
论文创新点 | 第129-130
页 |
致谢 | 第130-131
页 |
攻读博士学位期间取得的学术成果 | 第131-132
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附录 | 第132
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