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嗜热菌耐热性与蛋白质序列、结构和功能关系的生物信息学研究

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嗜热菌耐热性与蛋白质序列、结构和功能关系的生物信息学研究
论文目录
 
摘要第1-8 页
Abstract第8-11 页
第一章 绪论第11-36 页
  · 生物信息学简述第11-14 页
    · 生物信息学产生背景第11 页
    · 生物信息学数据库第11-13 页
      · GenBank 数据库第12 页
      · Swiss-Prot 数据库第12 页
      · PDB 数据库第12-13 页
    · 生物信息学的研究内容第13-14 页
    · 生物信息学的研究方法第14 页
  · 嗜热菌及其耐热机制的研究进展第14-29 页
    · 嗜热菌简介第14-16 页
      · 嗜热菌概述第14-15 页
      · 嗜热菌应用第15-16 页
    · 嗜热菌耐热性的研究进展第16-29 页
      · 膜的耐热性研究第16 页
      · 核酸的耐热性研究第16-17 页
      · 蛋白质的耐热性研究第17-29 页
  · 本论文的立题背景及主要研究内容第29-31 页
    · 立题背景第29-30 页
    · 主要研究内容第30-31 页
  参考文献第31-36 页
第二章 原核生物蛋白质关系数据库的构建及基本特征分析第36-48 页
  · 引言第36 页
  · 材料与方法第36-43 页
    · 数据源第36 页
    · 方法第36-43 页
      · 数据库平台第36-37 页
      · 编程接口第37-38 页
      · GenBank 数据的分解第38-39 页
      · 数据库结构的设计第39-40 页
      · 数据写入数据库第40-41 页
      · 蛋白质数据库的构建过程第41-43 页
  · 结果与讨论第43-46 页
    · 原核生物蛋白质序列数据集的基本特征第43-44 页
    · 原核生物蛋白质结构数据集的基本特征第44-46 页
    · 原核生物蛋白质功能数据集的基本特征第46 页
  · 本章小结第46-47 页
  参考文献第47-48 页
第三章 嗜热菌耐热性与蛋白质序列关系的研究*第48-62 页
  · 引言第48-49 页
  · 材料与方法第49-50 页
    · 数据集第49 页
    · 方法第49-50 页
      · 氨基酸残基个数统计第49 页
      · 氨基酸组成和二肽组成统计第49-50 页
  · 结果与讨论第50-59 页
    · 氨基酸残基个数与蛋白质耐热性的关系第50-52 页
    · 氨基酸组成与蛋白质耐热性的关系第52-55 页
      · 氨基酸含量归一化第52 页
      · 20 种氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系第52-54 页
      · 带电荷氨基酸、不带电荷极性氨基酸和疏水性氨基酸含量与嗜热菌耐热性的关系第54-55 页
    · 二肽组成与嗜热菌耐热性的关系第55-59 页
      · 各类蛋白质二肽含量与平均二肽含量的比较第55 页
      · 特征二肽第55-59 页
  · 本章小结第59-60 页
  参考文献第60-62 页
第四章 基于氨基酸组成和二肽组成预测蛋白质耐热性的分类方法研究*第62-76 页
  · 引言第62 页
  · 材料与方法第62-70 页
    · 数据集第62 页
    · 方法第62-70 页
      · 支持向量机理论第62-65 页
      · 贝叶斯理论第65-67 页
      · K-最近邻规则理论第67 页
      · 特征向量提取第67-68 页
      · 分类系统检验第68-69 页
      · 训练和预测过程第69-70 页
  · 结果与讨论第70-74 页
    · 三种分类算法最优参数的选取及分类效果的比较第70-72 页
    · 基于氨基酸组成,二肽组成及氨基酸组成+二肽组成预测蛋白质耐热性第72-74 页
  · 本章小结第74 页
  参考文献第74-76 页
第五章 嗜热菌耐热性与蛋白质结构关系的研究第76-106 页
  · 引言第76-77 页
  · 材料与方法第77-80 页
    · 数据集第77 页
    · 二级结构特征第77 页
    · 氢键第77 页
    · 盐桥第77-78 页
    · 溶剂接触表面积第78-79 页
    · 紧密度第79 页
    · 疏水性第79 页
    · 空腔数目和体积第79 页
    · 温度因子第79-80 页
  · 结果与讨论第80-101 页
    · 二级结构特征与蛋白质耐热性的关系第80-93 页
      · 二级结构含量与耐热性的关系第80-81 页
      · 二级结构长度与耐热性的关系第81-82 页
      · 二级结构中氨基酸分布及显著性分析第82-93 页
    · 氢键数目和类型与蛋白质耐热性的关系第93-94 页
    · 盐桥数目和类型与蛋白质耐热性的关系第94-98 页
    · 表面积、紧密度和疏水性与蛋白质耐热性的关系第98-99 页
    · 空腔个数和体积与蛋白质耐热性的关系第99-100 页
    · 温度因子与蛋白质耐热性的关系第100-101 页
  · 本章小结第101-103 页
  参考文献第103-106 页
第六章 基于功能的嗜热菌蛋白质耐热性的系统发育研究第106-117 页
  · 引言第106 页
  · 材料与方法第106-108 页
    · 数据集第106 页
    · 方法第106-108 页
      · 序列多重比对第106-107 页
      · 系统发育分析第107-108 页
  · 结果与讨论第108-114 页
    · 以氨基酰-tRNA 合成酶研究进化的可行性判断第108-109 页
    · 古细菌氨基酰-tRNA 合成酶的系统发育分析第109-114 页
  · 本章小结第114-115 页
  参考文献第115-117 页
第七章 基于同源建模法提高蛋白质耐热性的初步研究第117-126 页
  · 引言第117 页
  · 材料与方法第117-119 页
    · 脂肪酶第117 页
    · 2 同源建模法提高蛋白质耐热性的过程第117-119 页
  · 结果与讨论第119-125 页
    · 常温脂肪酶1CVL 特性分析第119-121 页
      · 氨基酸组成和二肽组成第119-120 页
      · 三维结构特性第120-121 页
    · 常温脂肪酶1CVL 耐热性提高过程第121-122 页
    · 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比较第122-125 页
      · 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子比对第122-123 页
      · 常温脂肪酶1CVL 与改造后的酶分子的三维结构比较第123-125 页
  · 本章小结第125 页
  参考文献第125-126 页
主要结论第126-129 页
论文创新点第129-130 页
致谢第130-131 页
攻读博士学位期间取得的学术成果第131-132 页
附录第132 页

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