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奶牛乳腺炎差异表达基因筛选及miR-146a在乳腺上皮细胞炎症反应中的功能研究

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奶牛乳腺炎差异表达基因筛选及miR-146a在乳腺上皮细胞炎症反应中的功能研究
论文目录
 
摘要第1-8页
abstract第8-15页
第一章 文献综述第15-28页
  1.1 奶牛乳腺炎概述第15-16页
    1.1.1 奶牛乳腺炎的危害第15页
    1.1.2 奶牛乳腺炎的致病因素及治疗现状第15-16页
  1.2 乳腺组织与天然免疫第16页
  1.3 奶牛乳腺炎mRNA表达谱研究进展第16-21页
    1.3.1 基因表达谱研究方法第16-17页
    1.3.2 乳腺炎奶牛乳腺组织mRNA表达谱分析第17-18页
    1.3.3 乳腺炎奶牛血液mRNA表达谱分析第18-19页
    1.3.4 乳腺上皮细胞炎症反应中的mRNA表达谱分析第19-20页
    1.3.5 不同病原菌引起乳腺上皮细胞炎症反应和免疫应答的差异第20-21页
    1.3.6 存在的问题及本研究的必要性第21页
  1.4 乳腺炎症相关编码基因的研究进展第21-25页
    1.4.1 乳腺炎密切相关的SNP及QTL研究进展第21-22页
    1.4.2 TLR4信号通路与固有免疫第22-23页
    1.4.3 牛TLRs研究进展第23-24页
    1.4.4 炎症因子在乳腺炎中的作用第24-25页
    1.4.5 存在的问题第25页
  1.5 miRNA与动物免疫第25页
    1.5.1 miRNA发现第25页
    1.5.2 miRNA在免疫学中的作用第25页
  1.6 奶牛乳腺炎相关miRNA的研究进展第25-27页
    1.6.1 奶牛乳腺炎miRNA表达谱研究进展第26页
    1.6.2 特定miRNA在乳腺炎中的作用机制研究进展第26-27页
    1.6.3 存在问题、miRNA深度测序及功能研究的必要性第27页
  1.7 本研究的思路、目的与意义第27-28页
第二章 奶牛乳腺炎的活体诱导第28-36页
  2.1 实验材料第28页
    2.1.1 实验动物第28页
    2.1.2 菌种第28页
    2.1.3 试剂及仪器设备第28页
  2.2 实验方法第28-29页
    2.2.1 实验动物准备第28页
    2.2.2 病原菌培养第28-29页
    2.2.3 乳腺炎诱导及样品采集第29页
    2.2.4 乳腺炎模型鉴定第29页
    2.2.5 乳腺组织免疫相关蛋白质的表达检测第29页
  2.3 结果和分析第29-33页
    2.3.1 乳腺炎临床检查第29-30页
    2.3.2 乳腺组织病理鉴定第30页
    2.3.3 奶牛乳腺组织TLR4/NF-κB信号通路关键分子的表达量检测第30-33页
  2.4 讨论第33-35页
  2.5 小结第35-36页
第三章 乳腺炎奶牛乳腺组织和血液的转录组测序分析第36-65页
  3.1 实验材料第36页
    3.1.1 实验样品第36页
    3.1.2 试剂及仪器设备第36页
  3.2 实验方法第36-40页
    3.2.1 RNA提取及完整性检测第36页
    3.2.2 转录组文库构建第36-37页
    3.2.3 转录组文库质量控制与测序第37页
    3.2.4 转录组测序数据分析第37-39页
    3.2.5 转录组测序结果的qPCR验证第39-40页
  3.3 结果和分析第40-60页
    3.3.1 转录组测序数据及其质量控制第40-41页
    3.3.2 转录组文库质量评估第41页
    3.3.3 可变剪切分析第41-43页
    3.3.4 SNP/InDel分析第43-44页
    3.3.5 新基因发掘及功能注释第44-46页
    3.3.6 基因表达量分析第46-48页
    3.3.7 乳腺组织差异表达mRNA分析第48-55页
    3.3.8 血液差异表达mRNA分析第55-60页
    3.3.9 乳腺组织和血液差异表达mRNA分析结果的qPCR验证第60页
  3.4 讨论第60-63页
    3.4.1 转录组测序结果及差异表达mRNA筛选的可靠性分析第60-61页
    3.4.2 乳腺组织差异表达mRNA的作用第61-62页
    3.4.3 血液差异表达mRNA的作用第62-63页
  3.5 小结第63-65页
    3.5.1 乳腺组织转录组测序第63-64页
    3.5.2 血液转录组测序第64-65页
第四章 乳腺炎奶牛血液和乳腺组织的miRNA测序分析第65-98页
  4.1 实验材料第65页
    4.1.1 实验样品第65页
    4.1.2 试剂与仪器设备第65页
  4.2 实验方法第65-70页
    4.2.1 RNA提取及完整性检测第65页
    4.2.2 小RNA文库构建及高通量测序第65-66页
    4.2.3 小RNA测序数据分析第66-70页
    4.2.4 miRNA组和转录组的联合分析第70页
  4.3 结果和分析第70-91页
    4.3.1 miRNA测序数据及质量控制第70-71页
    4.3.2 sRNA分类注释第71页
    4.3.3 miRNA的鉴定第71-74页
    4.3.4 miRNA表达量总体分布第74-75页
    4.3.5 血液miRNA的差异表达分析第75-81页
    4.3.6 乳腺组织miRNA的差异表达分析第81-85页
    4.3.7 乳腺组织miRNA和转录组的联合分析第85-91页
  4.4 讨论第91-96页
    4.4.1 血液miRNA的差异表达分析第91-93页
    4.4.2 乳腺组织miRNA的差异表达分析第93-94页
    4.4.3 乳腺组织miRNA-mRNA联合分析第94-96页
  4.5 小结第96-98页
    4.5.1 血液miRNA测序及DIE-miRNA筛选第96页
    4.5.2 乳腺组织miRNA测序第96-97页
    4.5.3 乳腺组织miRNA-mRNA联合分析第97-98页
第五章 差异表达bta-miR-146a在奶牛乳腺上皮细胞炎症反应中的分子机制第98-116页
  5.1 实验材料第98页
    5.1.1 细胞来源第98页
    5.1.2 试剂及仪器设备第98页
  5.2 实验方法第98-102页
    5.2.1 bta-miR-146a的表达量检测第98页
    5.2.2 bta-miR-146a的靶基因预测第98页
    5.2.3 靶基因3′-UTR双荧光素酶报告基因载体构建第98-99页
    5.2.4 bta-miR-146a靶基因鉴定第99-100页
    5.2.5 bta-miR-146a在bMEC炎症反应中的作用机制第100-102页
    5.2.6 bta-miR-146a对细胞凋亡的影响第102页
  5.3 结果和分析第102-112页
    5.3.1 bta-miR-146a的表达量检测结果第102页
    5.3.2 bta-miR-146a的靶基因预测结果第102页
    5.3.3 bta-miR-146a的靶基因鉴定结果第102-105页
    5.3.4 bMEC内bta-miR-146a超表达和沉默的效果检测第105-107页
    5.3.5 bta-miR-146a对靶基因TLR4、TRAF6及NF-κB的mRNA表达水平的影响第107-108页
    5.3.6 bta-miR-146a对靶基因TLR4、TRAF6及NF-κB的蛋白质表达水平的影响.第108-109页
    5.3.7 bta-miR-146a对bMEC炎症因子分泌的影响第109-111页
    5.3.8 bta-miR-146a对bMEC凋亡的影响第111-112页
  5.4 讨论第112-115页
    5.4.1 bta-miR-146a靶向调节TLR4、TRAF6和NF-κB基因的表达第112页
    5.4.2 关于bta-miR-146a、TLR4和TRAF6基因表达水平的探讨第112-113页
    5.4.3 bta-miR-146a调节bMEC炎症反应第113-114页
    5.4.4 bta-miR-146a促进bMEC凋亡第114-115页
  5.5 小结第115-116页
结论第116-118页
创新点第118页
下一步工作第118-119页
参考文献第119-136页
附录第136-145页
附录1 主要实验试剂第136-138页
附录2 主要仪器设备第138页
附录3 主要实验步骤第138-145页
缩略词第145-146页
致谢第146-147页
作者简介第147页

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