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基于RNA-seq的棉花陆海渐渗系黄萎病抗性及纤维品质研究

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基于RNA-seq的棉花陆海渐渗系黄萎病抗性及纤维品质研究
论文目录
 
摘要第1-9页
ABSTRACT第9-12页
缩略语表第12-13页
第一章 前言第13-30页
  1.1 棉花的起源与驯化第13-14页
  1.2 植物染色体片段代换系的研究进展第14-17页
    1.2.1 染色体片段代换系的构建和特点第14-15页
    1.2.2 染色体片段代换系的应用第15-17页
  1.3 棉花黄萎病抗性相关的研究进展第17-25页
    1.3.1 棉花黄萎病的研究现状第17-19页
    1.3.2 棉花黄萎病致病机理第19-21页
    1.3.3 棉花抗黄萎病分子机制第21-22页
    1.3.4 棉花黄萎病相关转录组研究第22-25页
  1.4 棉花纤维发育过程及相关转录组研究第25-28页
    1.4.1 棉花纤维发育过程第25-26页
    1.4.2 棉花纤维发育的转录组研究第26-28页
  1.5 本研究的目的和意义第28-30页
第二章 陆海渐渗系黄萎病抗性研究第30-84页
  2.1 材料与方法第30-34页
    2.1.1 实验材料第30-31页
    2.1.2 棉花黄萎病菌株第31-32页
    2.1.3 实验试剂第32-33页
    2.1.4 实验仪器第33-34页
  2.2 实验方法第34-48页
    2.2.1 棉花黄萎病抗性鉴定第34-36页
    2.2.2 陆海渐渗系遗传背景鉴定第36-38页
    2.2.3 棉花纤维品质性状检测第38页
    2.2.4 棉花黄萎病相关生理生化指标检测第38-43页
    2.2.5 棉花黄萎病转录组测序和分析第43-48页
  2.3 结果与分析第48-76页
    2.3.1 棉花黄萎病抗性鉴定第48-53页
    2.3.2 陆海渐渗系遗传背景鉴定第53-57页
    2.3.3 棉花纤维品质检测第57-58页
    2.3.4 棉花生理生化指标检测结果第58-60页
    2.3.5 棉花黄萎病转录组测序分析第60-76页
  2.4 讨论第76-84页
    2.4.1 实验条件和表型评价第76-77页
    2.4.2 与V991侵染相关的生理生化抗性机制第77-79页
    2.4.3 与V991侵染相关的基因表达变化第79-80页
    2.4.4 与V991侵染相关的苯丙烷代谢通路第80-81页
    2.4.5 与V991侵染相关的氧化还原过程第81-82页
    2.4.6 与V991侵染相关的植物抗性基因第82-84页
第三章 棉花陆海渐渗系的纤维转录组分析第84-110页
  3.1 材料与方法第84-85页
    3.1.1 实验材料和取样第84-85页
    3.1.2 主要试剂耗材第85页
  3.2 实验方法第85-88页
    3.2.1 RNA的提取与检测第85页
    3.2.2 cDNA文库构建与测序第85-86页
    3.2.3 数据质量控制与参考基因组比对第86页
    3.2.4 差异表达基因分析第86-87页
    3.2.5 渐渗基因的预测第87页
    3.2.6 qRT-PCR验证转录组测序数据第87-88页
  3.3 结果与分析第88-105页
    3.3.1 渐渗系的表型特征和渐渗背景第88-90页
    3.3.2 RNA-seq和序列比对第90-93页
    3.3.3 差异表达基因分析第93-98页
    3.3.4 基因时序表达模式分析第98-101页
    3.3.5 差异表达基因的qRT-PCR验证第101-102页
    3.3.6 渐渗基因分析第102-105页
  3.4 讨论第105-110页
第四章 全文总结与讨论第110-113页
  4.1 棉花黄萎病抗性相关研究第110-112页
  4.2 棉花纤维品质相关研究第112-113页
参考文献第113-130页
附录:作者简介及在读期间发表的文章第130-131页
致谢第131-132页

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