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猪肝脏组织中lincRNA的分子进化和甲基化模式研究

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猪肝脏组织中lincRNA的分子进化和甲基化模式研究
论文目录
 
摘要第1-9页
Abstract第9-12页
缩略词表第12-13页
第一章 前言第13-23页
1 研究问题的由来第13-14页
2 文献综述第14-22页
  2.1 lncRNA的研究进展第14-19页
    2.1.1 lncRNA概述第14-15页
    2.1.2 lncRNA进化第15-16页
    2.1.3 lncRNA生物学功能第16-18页
    2.1.4 lncRNA功能研究的挑战第18-19页
  2.2 H19的研究进展第19-22页
    2.2.1 H19概述第19-20页
    2.2.2 H19调控哺乳动物生长发育第20页
    2.2.3 H19调控骨骼肌细胞分化及肌肉发育第20页
    2.2.4 H19参与肿瘤发生第20-21页
    2.2.5 甲基化对H19的作用第21页
    2.2.6 miR-675 对H19的作用第21-22页
3 研究的目的与意义第22-23页
第二章 全基因组lincRNA的分子进化和表观遗传学研究第23-68页
1 引言第23-24页
2 材料与方法第24-37页
  2.1 技术路线第24页
  2.2 材料第24-28页
    2.2.1 数据第24-27页
    2.2.2 主要试剂第27页
    2.2.3 仪器第27页
    2.2.4 主要试剂的配制第27-28页
  2.3 方法第28-37页
    2.3.1 RNA-seq测序及数据分析第28-31页
    2.3.2 BS-seq测序及数据分析第31-34页
    2.3.3 重测序数据分析第34-37页
    2.3.4 lincRNA靶基因预测及通路分析第37页
3 结果第37-65页
  3.1 肝脏组织RNA-seq数据分析第37-49页
    3.1.1 RNA凝胶电泳检测结果第37-38页
    3.1.2 肝脏组织lincRNA的鉴定第38-39页
    3.1.3 lincRNA与蛋白编码基因的位置关系分析第39-41页
    3.1.4 lincRNA靶基因预测及Gene ontology分析第41-42页
    3.1.5 lincRNA的表达模式分析第42-45页
    3.1.6 差异表达lincRNA分析第45-48页
    3.1.7 差异表达lincRNA两侧靶基因的Gene Ontology分析第48-49页
  3.2 lincRNA的甲基化模式分析第49-56页
    3.2.1 DNA凝胶电泳检测第49-50页
    3.2.2 甲基化C位点的分布特征分析第50页
    3.2.3 lincRNA的总体甲基化模式第50-52页
    3.2.4 TSS和TTS附近lincRNA的甲基化模式第52-54页
    3.2.5 差异甲基化lincRNA分析第54-56页
  3.3 lincRNA的启动子甲基化和表达的整合分析第56-58页
  3.4 lincRNA的表达和其潜在靶基因的表达整合分析第58-60页
  3.5 lincRNA的驯化模式分析第60-65页
    3.5.1 lincRNA基因的受选择分析第60-62页
    3.5.2 筛选猪驯化过程中肝脏代谢相关的候选基因第62-65页
4 讨论第65-68页
第三章 长链非编码基因H19的分子进化和甲基化研究第68-93页
1 引言第68-69页
2 材料与方法第69-79页
  2.1 技术路线第69页
  2.2 材料第69-74页
    2.2.1 样本信息第69-70页
    2.2.2 数据第70-74页
    2.2.3 主要试剂第74页
  2.3 方法第74-79页
    2.3.1 DNA提取、检测第74页
    2.3.2 PCR反应第74-75页
    2.3.3 H19在不同哺乳动物之间的进化分析第75-76页
    2.3.4 H19的选择信号分析第76-77页
    2.3.5 H19的核酸多样性分析第77页
    2.3.6 家野猪之间H19的甲基化分析第77-78页
    2.3.7 家野猪之间H19的表达差异分析第78-79页
3 结果第79-91页
  3.1 大尺度物种间H19的进化分析第79-80页
  3.2 筛选H19的受选择信号第80-82页
  3.3 H19的核酸多样性分析第82-86页
  3.4 H19的甲基化分析第86-91页
4 讨论第91-93页
第四章 全文小结第93-95页
1 本研究的主要结论第93-94页
2 本研究的创新点与特色第94页
3 本研究的不足之处与进一步的工作建议第94-95页
参考文献第95-105页
附录A第105-127页
攻读学位期间撰写论文题录第127-128页
致谢第128-130页

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