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猪骨骼肌生长发育过程中顺式天然反义转录RNA的表达调控研究

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猪骨骼肌生长发育过程中顺式天然反义转录RNA的表达调控研究
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-13页
缩略语表第13-14页
1 前言第14-25页
  1.1 研究问题的由来第14页
  1.2 文献综述第14-23页
    1.2.1 NATs简述第14-16页
    1.2.2 NATs调控基因表达机制研究进展第16-19页
    1.2.3 cis-NATs是肌肉生长发育的重要调控因子第19-20页
    1.2.4 猪骨骼肌生长发育过程第20页
    1.2.5 猪cis-NATs研究进展第20-21页
    1.2.7 转录因子调控cis-NATs表达研究进展第21-22页
    1.2.6 转录因子MyoD对骨骼肌生长发育调控研究进展简述第22页
    1.2.8 ChIP-seq及链特异RNA-seq简介第22-23页
  1.3 本研究的目的意义第23-25页
    1.3.1 主要目的第23-24页
    1.3.2 本研究的意义第24-25页
2 材料与方法第25-45页
  2.1 技术路线第25-26页
  2.2 实验材料第26-28页
    2.2.1 NCBI数据库数据下载地址及序列号第26-27页
    2.2.2 C2C12细胞系培养第27页
    2.2.3 主要试剂第27页
    2.2.4 实验仪器第27-28页
    2.2.5 主要使用的软件、平台和数据库第28页
  2.3 实验方法第28-36页
    2.3.1 猪骨骼肌组织样品采集及总RNA提取第28-29页
    2.3.2 组织总RNA反转录第29-30页
    2.3.3 组织DNA提取第30-31页
    2.3.4 细胞收集及总RNA提取第31-32页
    2.3.5 细胞总RNA提取及完整性检测第32-33页
    2.3.6 高通量测序第33页
    2.3.7 PCR引物设计第33-35页
    2.3.8 PCR反应条件及数据分析第35-36页
  2.4 高通量数据分析第36-45页
    2.4.1 测序数据质控第36页
    2.4.2 测序数据比对及注释第36页
    2.4.3 全基因组范围内鉴定SA基因第36-37页
    2.4.4 全基因组范围内cis-NATs鉴定第37-41页
    2.4.5 转录本表达量计算第41页
    2.4.6 cis-NATs及其正义基因间相关表达分析第41页
    2.4.7 cis-NATs及其正义基因剪接体间表达相关分析第41-42页
    2.4.8 差异表达分析第42页
    2.4.9 功能注释分析第42页
    2.4.10 通路及测序数据可视化分析第42-43页
    2.4.11 ChIP-seq数据结合峰分析及motif分析第43-44页
    2.4.12 ChIP-seq数据结合峰注释第44页
    2.4.13 ChIP-seq RNA-seq数据联合分析第44-45页
3 结果第45-89页
  3.1 细胞总RNA质控结果第45-47页
    3.1.1 RNA完整性检测结果第45-47页
    3.1.2 RNA浓度检测结果第47页
  3.2 测序数据预处理第47-54页
    3.2.1 测序数据质控第47-49页
    3.2.2 测序数据比对结果第49-52页
    3.2.3 比对结果注释第52-54页
  3.3 猪全基因组范围内cis-NATs分析结果第54-57页
    3.3.1 鉴定出3561个SA基因第54-55页
    3.3.2 鉴定出3306个cis-NATs转录区域第55-57页
  3.4 多手段验证猪cis-NATs第57-59页
  3.5 猪cis-NATs表达模式分析及验证第59-73页
    3.5.1 cis-NATs主要在胚胎期表达第59-62页
    3.5.2 cis-NATs主要与其正义转录基因共表达第62-65页
    3.5.3 cis-NATs影响其正义转录基因的可变剪切第65-70页
    3.5.4 qPCR验证共表达关系第70页
    3.5.5 超过1200个cis-NATs在肌肉发育过程中差异表达第70-72页
    3.5.6 qPCR验证差异表达分析结果第72-73页
  3.6 猪cis-NATs功能预测第73-82页
    3.6.1 KEGG通路富集分析结果第73-75页
    3.6.2 GeneOntology功能注释结果第75页
    3.6.3 能量代谢通路可视化分析第75-82页
  3.7 C2C12细胞系测序结果分析第82-85页
    3.7.1 C2C12 RNA-seq数据分析第82-83页
    3.7.2 MyoD ChIP-seq结合峰鉴定结果第83-84页
    3.7.3 MyoD结合峰注释结果第84-85页
    3.7.4 MyoD结合motif分析结果第85页
  3.8 MyoD对cis-NATs表达调控初步分析第85-86页
    3.8.1 C2C12 RNA-seq及ChIP-seq数据联合分析结果第85-86页
  3.9 骨骼肌生长发育过程中MYOD对cis-NATs表达调控初步分析第86-89页
4 讨论第89-94页
  4.1 cis-NATs在骨骼肌生长发育中的作用第89-91页
    4.1.1 cis-NATs广泛存在于猪骨骼肌生长发育过程中第89页
    4.1.2 cis-NATs表达模式第89-90页
    4.1.3 共表达正义反义转录基因对主要富集在能量代谢相关通路中第90-91页
    4.1.4 共表达正义反义转录基因对与肌纤维类型第91页
  4.2 骨骼肌细胞中Myo D在全基因组范围内广泛结合第91-92页
  4.3 MYOD对反义转录基因的调控第92-94页
    4.3.1 C2C12细胞系中cis-NATs潜在受到Myo D调控第92-93页
    4.3.2 猪骨骼肌生长发育过程中cis-NATs与MYOD第93-94页
5 小结第94-96页
  5.1 本研究的主要结论第94页
  5.2 本研究的创新点与特色第94-95页
  5.3 本研究不足之处与下一步工作建议第95-96页
在读期间的其他研究或实践工作第96-97页
参考文献第97-106页
附录第106-139页
附录A 补充数据第106-124页
  附录A.1 NCBI参考基因组数据验证cis-NATs鉴定结果第106-113页
  附录A.2 GeneOntology统计结果第113-120页
  附录A.3 能量代谢相关通路可视化分析结果第120-124页
附录B 相关程序核心代码第124-139页
  附录B.1 Reads注释perl语言脚本核心代码第124-135页
  附录B.2 ChIP-seq注释perl语言核心代码第135-139页
致谢第139-141页
个人简历第141-143页

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