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杜洛克×二花脸F2资源群体免疫相关性状全基因组关联分析及候选基因功能初步研究

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杜洛克×二花脸F2资源群体免疫相关性状全基因组关联分析及候选基因功能初步研究
论文目录
 
摘要第11-14页
abstract第14-17页
缩略词表第17-19页
1 前言第19-32页
  1.1 研究问题的由来第19-20页
  1.2 文献综述第20-31页
    1.2.1 猪抗病育种候选基因的研究进展第20-24页
      1.2.1.1 大肠杆菌K88受体基因MUC13第20-21页
      1.2.1.2 大肠杆菌F18受体基因FUT1第21-22页
      1.2.1.3 Mx蛋白第22页
      1.2.1.4 主要组织相容性复合体基因家族第22页
      1.2.1.5 Toll样受体第22-23页
      1.2.1.6 干扰素基因第23页
      1.2.1.7 天然抗性相关巨噬蛋白基因 1第23-24页
    1.2.2 常见畜禽免疫性状全基因关联分析研究进展第24-26页
    1.2.3 猪免疫和抗病性相关QTL第26-27页
    1.2.4 猪免疫相关性状GWAS研究进展与不足第27-30页
      1.2.4.1 猪免疫相关性状的分类第27-28页
      1.2.4.2 猪免疫相关性状GWAS研究进展与不足第28-30页
      1.2.4.3 猪抗病育种研究的必要性第30页
    1.2.5 本研究中涉及的重要候选基因的研究进展第30-31页
  1.3 本研究的目的与意义第31-32页
2 材料与方法第32-54页
  2.1 材料第32-37页
    2.1.1 实验动物第32-33页
      2.1.1.1 资源家系第32页
      2.1.1.2 不同猪种资源群体第32-33页
    2.1.2 实验样品第33页
    2.1.3 所用载体第33-34页
    2.1.4 主要试剂与试剂盒第34-35页
      2.1.4.1 核酸提取及琼脂糖凝胶电泳主要试剂第34页
      2.1.4.2 其他主要试剂第34-35页
    2.1.5 常用试剂及配制第35-36页
    2.1.6 主要仪器和设备第36页
    2.1.7 主要用到的软件、网站和数据库第36-37页
  2.2 方法第37-54页
    2.2.1 本研究的技术路线第37-38页
    2.2.2 试验材料的采集第38页
      2.2.2.1 组织样第38页
      2.2.2.2 血液第38页
    2.2.3 免疫相关表型的测定及预处理第38-39页
      2.2.3.1 血液五分类的测定第38页
      2.2.3.2 血液T淋巴细胞亚群的测定第38-39页
      2.2.3.3 血清中细胞因子、免疫球蛋白G、抗体水平的测定第39页
      2.2.3.4 体重、体温性状的测定第39页
      2.2.3.5 表型数据的预处理第39页
    2.2.4 基因组DNA的提取第39-41页
      2.2.4.1 猪基因组DNA的提取第39-41页
      2.2.4.2 猪基因组DNA的浓度测定和质量检测第41页
    2.2.5 猪血液或组织样总RNA的提取及cDNA的合成第41-43页
      2.2.5.1 猪血液或组织样总RNA的提取第41-42页
      2.2.5.2 猪血液或组织样RNA的浓度测定和质量检测第42页
      2.2.5.3 猪总RNA的反转录,即cDNA的合成第42-43页
    2.2.6 猪全基因组 60K SNP芯片的分型第43-45页
    2.2.7 基因分型结果初步质控第45页
    2.2.8 资源家系的血缘鉴定第45-46页
    2.2.9 全基因组关联分析第46-47页
      2.2.9.1 群体分层评估第46页
      2.2.9.2 单标记全基因组关联分析第46-47页
      2.2.9.3 连锁不平衡-连锁平衡(单倍型)分析第47页
    2.2.10 性状表型值的遗传力估计第47页
    2.2.11 置信区间内候选基因的鉴定第47页
    2.2.12 候选基因的定量表达分析第47-50页
      2.2.12.1 定量(组织表达谱)引物的设计第47-49页
      2.2.12.2 实时定量PCR第49-50页
    2.2.13 猪CD4基因的序列克隆、测序分析第50-53页
      2.2.13.1 猪CD4基因全长RT-PCR第50页
      2.2.13.2 猪CD4基因高变区的序列克隆第50页
      2.2.13.3 普通PCR反应第50-51页
      2.2.13.4 琼脂糖凝胶电泳和成像第51页
      2.2.13.5 PCR产物的胶回收和克隆测序第51-52页
      2.2.13.6 测序结果的比对及多态性位点的筛选第52页
      2.2.13.7 猪CD4基因高变区分型实验第52-53页
    2.2.14 CD4基因高变区进化树的构建第53页
    2.2.15 GO分析与通路分析第53-54页
3 结果与分析第54-98页
  3.1 猪基因组DNA与RNA的提取与质量检测第54-56页
  3.2 资源群体免疫相关性状描述性统计结果第56-57页
  3.3 质控后的SNP分布第57-58页
  3.4 资源家系亲缘关系的校正第58-64页
  3.5 全基因组关联分析结果第64-78页
    3.5.1 单标记全基因组关联分析结果第64-73页
    3.5.2 单倍型全基因组关联分析结果第73-78页
  3.6 猪免疫相关性状的遗传力估计第78-79页
  3.7 与CD_3~+CD_4~+/CD_3~+CD_4~-T淋巴细胞亚群相关候选基因实验结果第79-87页
  3.8 CD4高变区在不同种群中的进化分析第87-90页
  3.9 CD4高变区两种主要单倍型在中外、家野猪中的分布第90-95页
  3.10 与CD_8~+/CD_8~-T%20淋巴细胞亚群相关的候选基因定量PCR结果第95页
  3.11 与CD_3~-CD_8~-T%33淋巴细胞亚群相关的候选基因定量PCR结果第95-96页
  3.12 GO分析与KEGG通路分析第96-98页
4 讨论第98-105页
  4.1 关于提取高质量猪基因组DNA的讨论第98-99页
  4.2 关于系谱记录、表型测定、DNA提取和SNP分型系列过程的讨论第99-100页
  4.3 关于全基因组关联分析的讨论第100-103页
    4.3.1 关于不同的统计方法得出的结果的比较第100-101页
    4.3.2 关于全基因组关联分析的结果第101-102页
    4.3.3 与前期GWAS结果的比较第102-103页
  4.4 关于CD4基因两种单倍型在不同种群中分布及实际生产中的应用第103-104页
  4.5 关于可能影响CD_8~+T细胞亚群增殖的讨论第104-105页
5 小结第105-107页
  5.1 主要研究结果与结论第105页
  5.2 本研究的创新点与特色第105-106页
  5.3 本研究的不足之处与值得进一步研究的问题第106-107页
参考文献第107-115页
在读期间其他工作第115-131页
附录第131-136页
攻读学位期间撰写论文题录第136-137页
致谢第137-138页

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