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肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的探究
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肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的探究
论文目录
摘要
第1-11页
Abstract
第11-15页
缩略表
第15-16页
第一章 文献综述
第16-30页
1 肠道健康与微生物关系
第17-21页
1.1 肠道屏障功能
第17-18页
1.2 维持肠道结构和功能稳定
第18-20页
1.3 调节宿主免疫
第20-21页
2 鱼类肠道微生物特点
第21-26页
2.1 鱼类肠道微生物组成
第21-23页
2.2 影响鱼类肠道微生物的因素
第23-24页
2.3 鱼类肠道微生物区段差异
第24-26页
3 鱼类肠道健康与微生物之间关系
第26-28页
3.1 营养功能
第26-27页
3.2 免疫调控功能
第27-28页
3.3 其他功能
第28页
4 研究进展与不足
第28-29页
5 本研究的目的意义
第29-30页
第二章 斑马鱼肠道不同区段粘液蛋白及功能特点的蛋白质组学研究
第30-52页
1 前言
第30-31页
2 试验材料
第31-33页
2.1 试验鱼与养殖条件
第31-32页
2.2 主要试剂
第32-33页
2.3 主要仪器
第33页
3 试验方法
第33-36页
3.1 粘液厚度测定
第33-34页
3.2 粘液的获取
第34页
3.3 粘液蛋白的提取及定量
第34-35页
3.4 粘液蛋白iTRAQ标记
第35页
3.5 粘液蛋白iTRAQ色谱分析
第35-36页
3.6 蛋白鉴定以及差异分析
第36页
3.7 差异蛋白注释以及功能分类
第36页
4 结果与分析
第36-49页
4.1 粘液厚度
第36-38页
4.2 差异蛋白鉴定
第38-40页
4.3 差异蛋白GO以及KEGG富集分析
第40-49页
5 讨论
第49-52页
第三章 斑马鱼不同肠道区段功能特点的转录组学研究
第52-76页
1 前言
第52页
2 试验材料
第52-53页
2.1 试验鱼与养殖条件
第52页
2.2 主要试剂
第52-53页
2.3 主要仪器
第53页
3 试验方法
第53-57页
3.1 斑马鱼肠道样品的获取
第53页
3.2 总RNA提取
第53-54页
3.3 mRNA的富集以及打断
第54-55页
3.4 双链cDNA的合成和纯化
第55页
3.5 末端修复
第55-56页
3.6 3’末端腺苷酸化
第56页
3.7 连接接头(Adapters)
第56页
3.8 DNA片段的富集
第56-57页
3.9 检测建库以及上机测序
第57页
3.10 数据分析
第57页
4 结果与分析
第57-72页
4.1 测序质量评估
第57-60页
4.2 显著差异表达基因筛选
第60页
4.3 显著差异表达基因GO分析
第60-68页
4.4 显著差异表达基因Pathway富集
第68-72页
5 讨论
第72-76页
第四章 斑马鱼不同肠道区段粘附菌群特点 16S测序研究
第76-91页
1 前言
第76-77页
2 试验材料
第77页
2.1 试验鱼与养殖条件
第77页
2.2 常用溶液试剂
第77页
2.3 试剂盒、工具酶和生化试剂
第77页
2.4 仪器
第77页
3 试验方法
第77-81页
3.1 粘液样品的获得
第77页
3.2 DNA的提取
第77-78页
3.3 PCR扩增
第78-79页
3.4 PCR产物纯化回收
第79页
3.5 文库构建
第79页
3.6 粘液菌群高通量测序
第79-80页
3.7 测序数据质控
第80页
3.8 生物信息学分析
第80-81页
4 结果与分析
第81-88页
4.1 测序数据统计
第81页
4.2 OTUs统计分析
第81-83页
4.3 粘附菌群结构分析
第83-86页
4.4 UPGMA聚类以及PCoA分析
第86-88页
5 讨论
第88-91页
第五章 肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的研究
第91-111页
1 前言
第91-92页
2 试验材料
第92-93页
2.1 试验鱼和养殖条件
第92页
2.2 常用溶液
第92-93页
2.3 植酸酶
第93页
2.4 引物合成和核酸测序
第93页
2.5 试剂盒、工具酶和生化试剂
第93页
2.6 主要仪器
第93页
3 试验方法
第93-101页
3.1 饲料制备
第93-94页
3.2 试验鱼管理
第94-95页
3.3 称重和取样
第95页
3.4 磷的利用率测定
第95页
3.5 肠道粘附菌DNA样品提取
第95-96页
3.6 肠道粘附菌鉴定
第96-99页
3.7 肠黏膜形态检测
第99页
3.8 肠道RNA提取
第99页
3.9 肠道细胞因子和应激因子检测
第99-101页
3.10 数据分析
第101页
4 结果与分析
第101-109页
4.1 生长性能以及磷的利用
第101-102页
4.2 肠道粘附菌群变化
第102-106页
4.3 肠黏膜形态
第106-108页
4.4 肠道细胞因子与应激因子mRNA表达量
第108-109页
5 讨论
第109-111页
参考文献
第111-126页
作者简历
第126-128页
致谢
第128-130页
本篇论文共
130
页,
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