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肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的探究

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肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的探究
论文目录
 
摘要第1-11页
Abstract第11-15页
缩略表第15-16页
第一章 文献综述第16-30页
1 肠道健康与微生物关系第17-21页
  1.1 肠道屏障功能第17-18页
  1.2 维持肠道结构和功能稳定第18-20页
  1.3 调节宿主免疫第20-21页
2 鱼类肠道微生物特点第21-26页
  2.1 鱼类肠道微生物组成第21-23页
  2.2 影响鱼类肠道微生物的因素第23-24页
  2.3 鱼类肠道微生物区段差异第24-26页
3 鱼类肠道健康与微生物之间关系第26-28页
  3.1 营养功能第26-27页
  3.2 免疫调控功能第27-28页
  3.3 其他功能第28页
4 研究进展与不足第28-29页
5 本研究的目的意义第29-30页
第二章 斑马鱼肠道不同区段粘液蛋白及功能特点的蛋白质组学研究第30-52页
1 前言第30-31页
2 试验材料第31-33页
  2.1 试验鱼与养殖条件第31-32页
  2.2 主要试剂第32-33页
  2.3 主要仪器第33页
3 试验方法第33-36页
  3.1 粘液厚度测定第33-34页
  3.2 粘液的获取第34页
  3.3 粘液蛋白的提取及定量第34-35页
  3.4 粘液蛋白iTRAQ标记第35页
  3.5 粘液蛋白iTRAQ色谱分析第35-36页
  3.6 蛋白鉴定以及差异分析第36页
  3.7 差异蛋白注释以及功能分类第36页
4 结果与分析第36-49页
  4.1 粘液厚度第36-38页
  4.2 差异蛋白鉴定第38-40页
  4.3 差异蛋白GO以及KEGG富集分析第40-49页
5 讨论第49-52页
第三章 斑马鱼不同肠道区段功能特点的转录组学研究第52-76页
1 前言第52页
2 试验材料第52-53页
  2.1 试验鱼与养殖条件第52页
  2.2 主要试剂第52-53页
  2.3 主要仪器第53页
3 试验方法第53-57页
  3.1 斑马鱼肠道样品的获取第53页
  3.2 总RNA提取第53-54页
  3.3 mRNA的富集以及打断第54-55页
  3.4 双链cDNA的合成和纯化第55页
  3.5 末端修复第55-56页
  3.6 3’末端腺苷酸化第56页
  3.7 连接接头(Adapters)第56页
  3.8 DNA片段的富集第56-57页
  3.9 检测建库以及上机测序第57页
  3.10 数据分析第57页
4 结果与分析第57-72页
  4.1 测序质量评估第57-60页
  4.2 显著差异表达基因筛选第60页
  4.3 显著差异表达基因GO分析第60-68页
  4.4 显著差异表达基因Pathway富集第68-72页
5 讨论第72-76页
第四章 斑马鱼不同肠道区段粘附菌群特点 16S测序研究第76-91页
1 前言第76-77页
2 试验材料第77页
  2.1 试验鱼与养殖条件第77页
  2.2 常用溶液试剂第77页
  2.3 试剂盒、工具酶和生化试剂第77页
  2.4 仪器第77页
3 试验方法第77-81页
  3.1 粘液样品的获得第77页
  3.2 DNA的提取第77-78页
  3.3 PCR扩增第78-79页
  3.4 PCR产物纯化回收第79页
  3.5 文库构建第79页
  3.6 粘液菌群高通量测序第79-80页
  3.7 测序数据质控第80页
  3.8 生物信息学分析第80-81页
4 结果与分析第81-88页
  4.1 测序数据统计第81页
  4.2 OTUs统计分析第81-83页
  4.3 粘附菌群结构分析第83-86页
  4.4 UPGMA聚类以及PCoA分析第86-88页
5 讨论第88-91页
第五章 肠道粘附菌群稳态作为鱼类健康评估指标的研究第91-111页
1 前言第91-92页
2 试验材料第92-93页
  2.1 试验鱼和养殖条件第92页
  2.2 常用溶液第92-93页
  2.3 植酸酶第93页
  2.4 引物合成和核酸测序第93页
  2.5 试剂盒、工具酶和生化试剂第93页
  2.6 主要仪器第93页
3 试验方法第93-101页
  3.1 饲料制备第93-94页
  3.2 试验鱼管理第94-95页
  3.3 称重和取样第95页
  3.4 磷的利用率测定第95页
  3.5 肠道粘附菌DNA样品提取第95-96页
  3.6 肠道粘附菌鉴定第96-99页
  3.7 肠黏膜形态检测第99页
  3.8 肠道RNA提取第99页
  3.9 肠道细胞因子和应激因子检测第99-101页
  3.10 数据分析第101页
4 结果与分析第101-109页
  4.1 生长性能以及磷的利用第101-102页
  4.2 肠道粘附菌群变化第102-106页
  4.3 肠黏膜形态第106-108页
  4.4 肠道细胞因子与应激因子mRNA表达量第108-109页
5 讨论第109-111页
参考文献第111-126页
作者简历第126-128页
致谢第128-130页

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