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利用转基因猪模型研究PGC1α对肌纤维类型转变的影响及其分子机制

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利用转基因猪模型研究PGC1α对肌纤维类型转变的影响及其分子机制
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-13页
缩略词(ABBREVIATION)第13-14页
第一章 文献综述第14-34页
  1.1 骨骼肌概论第14-15页
    1.1.1 骨骼肌基本结构第14页
    1.1.2 骨骼肌的生长发育第14-15页
  1.2 肌纤维第15-25页
    1.2.1 肌纤维的分类第15-16页
    1.2.2 肌纤维的分布第16页
    1.2.3 不同肌纤维类型的特性第16-18页
    1.2.4 肌纤维类型与肉质的关系第18-20页
    1.2.5 调控肌纤维类型的关键信号通路第20-25页
  1.3 PGC1α 的研究进展第25-30页
    1.3.1 PGC1α 的结构特征和生物学特性第25-26页
    1.3.2 PGC1α 的生物学功能第26-30页
  1.4 转录组测序的研究概况第30-33页
    1.4.1 RNA-seq的基本原理及技术流程第30-31页
    1.4.2 RNA-seq的优势与应用范围第31-32页
    1.4.3 转录组测序在猪转录组学研究中的应用第32-33页
  1.5 研究的目的与意义第33-34页
第二章 材料与方法第34-54页
  2.1 材料第34-38页
    2.1.1 转基因猪材料第34页
    2.1.2 主要仪器和设备第34-36页
    2.1.3 主要试剂及试剂盒第36页
    2.1.4 常用化学试剂及其配制第36-38页
    2.1.5 主要分子生物学软件及数据库第38页
  2.2 转基因猪的制备扩繁和表型检测方法第38-46页
    2.2.1 转基因猪的制备扩繁第38-39页
    2.2.2 转基因猪基因组DNA水平的检测第39-40页
    2.2.3 转基因猪组织样品RNA水平的检测第40-41页
    2.2.4 转基因猪组织中相关基因蛋白水平的检测第41-43页
    2.2.5 转基因猪组织样品的形态学检测第43-46页
    2.2.6 转基因猪的肉质测定第46页
  2.3 转基因猪的RNA-seq第46-53页
    2.3.1 RNA的提取第46页
    2.3.2 RNA的质检方法第46-47页
    2.3.3 cDNA文库的建立第47-50页
    2.3.4 测序结果的分析第50-53页
  2.4 数据统计分析方法第53-54页
第三章 结果与分析第54-86页
  3.1 PGC1α 转基因猪群的扩繁第54-55页
  3.2 不同月龄F1代转基因猪的PCR鉴定第55页
  3.3 转基因猪的性能测定第55-56页
  3.4 转基因猪的组织形态学检测分析第56-65页
    3.4.1 PGC1α 转基因猪的外观形态分析第56-58页
    3.4.2 PGC1α 转基因猪的HE染色第58-61页
    3.4.3 PGC1α 转基因猪的ATP酶染色结果第61-63页
    3.4.4 PGC1α 转基因猪的免疫组化第63-65页
  3.5 PGC1α 在F1代不同月龄转基因猪各个组织中的表达情况第65-66页
  3.6 转基因猪不同肌肉组织中肌纤维类型形成相关基因的转录水平表达分析第66-70页
    3.6.1 3月龄转基因猪腓肠肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析第66-67页
    3.6.2 6月龄转基因猪腓肠肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析第67-68页
    3.6.3 3月龄转基因猪背最长肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析第68-69页
    3.6.4 6月龄转基因猪背最长肌中的肌纤维类型形成相关基因的表达分析第69-70页
  3.7 转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析第70-72页
    3.7.1 3月龄转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析第70-71页
    3.7.2 6月龄转基因猪腓肠肌中相关蛋白表达量的分析第71-72页
  3.8 3月龄PGC1α 转基因猪肌肉转录组测序分析结果第72-86页
    3.8.1 总RNA的质量检测第73页
    3.8.2 测序数据的评估第73-74页
    3.8.3 测序数据与参考序列的比对第74-75页
    3.8.4 基因的表达定量第75-77页
    3.8.5 差异表达基因筛选第77-81页
    3.8.6 可变剪接的分析第81-83页
    3.8.7 新转录本的发现第83-84页
    3.8.8 基因结构的优化第84-86页
第四章 讨论第86-91页
  4.1 PGC1α 基因对肌纤维类型转化的影响第86-87页
  4.2 PGC1α 基因与PPAR信号通路的关系第87页
  4.3 PGC1α 基因与FOXO1基因的关系第87-88页
  4.4 PGC1α 基因与Myostatin基因的关系第88-89页
  4.5 PGC1α 基因与Myog基因的关系第89-90页
  4.6 不同月龄PGC1α 转基因猪的表型与基因表达差异第90-91页
第五章 结论第91-93页
  5.1 主要研究成果第91-92页
  5.2 主要创新点第92页
  5.3 本研究的不足之处第92页
  5.4 下一步工作第92-93页
参考文献第93-108页
附表1 转基因猪Q-PCR引物第108-109页
附表2 总RNA的各项指标第109-110页
附表3 差异表达基因第110-121页
附表4 GO分析中富集的基因第121-128页
附表5 pathway富集基因统计表第128-129页
附图1 3月龄猪腓肠肌总RNA检测图第129-130页
附图2 Clean data碱基分布图第130-131页
附图3 Clean data质量分布图第131-132页
附图4 样品基因覆盖度第132-133页
附图5 差异表达基因聚类图第133-134页
附图6 ECM-receptor interaction信号通路图第134-135页
附图7 PPAR信号通路图第135-136页
附图8 Adipocytokine信号通路图第136-137页
附图9 Insulin信号通路图第137-138页
在读学位期间发表文章第138-139页
致谢第139-141页

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