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鼠伤寒沙门氏菌LPS诱导的雏鸡急性法氏囊萎缩的机制研究

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鼠伤寒沙门氏菌LPS诱导的雏鸡急性法氏囊萎缩的机制研究
论文目录
 
摘要第11-13页
SUMMARY第13-17页
LIST OF ABBREVIATIONS第17-21页
CHAPTER 1 Introduction第21-38页
  1.1 Significance of Bursa of Fabricius in avian immunology第21-22页
  1.2 Anatomical features of bursa of Fabricius第22页
  1.3 Histological features of bursa of Fabricius第22-24页
  1.4 Bursa of Fabricius is the target organ of multiple pathogens第24页
  1.5 Salmonella infection and avian lymphoid organs第24-25页
  1.6 Pathogenic infections and toll like receptor signaling第25-26页
  1.7 Toll like receptor signaling and Chicken immune system第26-27页
  1.8 Salmonella LPS and TLR4 activation第27-28页
  1.9 Expression of Immune related cells and host immunity第28-32页
    1.9.1 Role of mast cells in tissue development and host immunity第28-31页
    1.9.2 Role of eosinophils in tissue development and host immunity第31-32页
    1.9.3 Role of heterophils in tissue damages during Salmonella LPS stimulation第32页
  1.10 Alterations in transcriptional factor NF-κB signaling during LPS stimulation第32-33页
  1.11 Cell apoptosis and mechanism of apoptosis during LPS stimulation第33-35页
  1.12 Importance and application of RNA-seq technology in transcriptional alterations第35-36页
  1.13 Importance of transcriptome analysis in complex disease molecular mechanism第36页
  1.14 Application of bioinformatics tools in transcriptome analysis第36-37页
  1.15 Conclusion and hypothesis第37-38页
CHAPTER 2 Materials and Methods第38-63页
  2.1 Animal welfare and ethics statement第38页
  2.2 Experimental design and induction of Lipopolysaccharide stimulation第38-39页
  2.3 Collection of tissue samples第39页
  2.4 Tissue fixation, processing and sectioning for histo-morphological第39-40页
    2.4.1 Preparation of tissue fixation solution第39页
    2.4.2 Hydration of tissues第39页
    2.4.3 Chemical used in tissue processing and embedding第39-40页
    2.4.4 Poly-L-Lysine coating on glass slides第40页
    2.4.5 Serial tissue sectioning第40页
  2.5 Tissue fixation and processing for Scanning Electron Microscope (SEM)第40页
  2.6 Hematoxylin and Eosin (H&E) staining第40-41页
    2.6.1 Principle第40-41页
    2.6.2 Protocol第41页
  2.7 Special staining-I (Toluidine blue staining)第41-42页
    2.7.1 Principle第41页
    2.7.2 Preparation of solutions for Toluidine Blue stain第41-42页
    2.7.3 Protocol第42页
  2.8 Special staining-II (Lendrum's chromotrope 2R method)第42-43页
    2.8.1 Principle第42页
    2.8.2 Preparation of Chromotrope 2R stain第42页
    2.8.3 Protocol第42-43页
  2.9 Immunohistochemical (IHC) staining technique第43-45页
    2.9.1 Principle第43页
    2.9.2 Preparation of solution for IHC第43-44页
    2.9.3 Protocol第44-45页
  2.10 In situ cell apoptosis detection technique for ssDNA expression第45-46页
  2.11 TUNEL-Apoptosis assay第46-47页
    2.11.1 Principle第46页
    2.11.2 Protocol第46-47页
  2.12 Semi-quantitative analysis of expression of cellular proteins第47页
  2.13 Statistical analysis第47页
  2.14 Extraction of protein第47-48页
    2.14.1 Tissue grinding in steel bead beater using Trizol reagent第47-48页
    2.14.2 Protein isolation by tri-reagent第48页
    2.14.3 Protein precipitation第48页
    2.14.4 Protein wash第48页
    2.14.5 Protein solubilization第48页
  2.15 Determination of protein concentration by BCA protein assay第48-50页
    2.15.1 BCA Protein Assay Kit第49页
    2.15.2 The BCA-Protein Reaction Scheme第49页
    2.15.3 BCA Kit components第49页
    2.15.4 BCA working fluid第49页
    2.15.5 Protocol (96 well plates measuring technique)第49页
    2.15.6 Preparation of Standard Curve第49-50页
  2.16 SDS-PAGE and Western blotting experiments第50-53页
    2.16.1 Solutions第50-51页
    2.16.2 Preparations of SDS-Polyacrylamide gels第51-52页
    2.16.3 Mounting of acrilamide gel in the electrophoresis apparatus第52页
    2.16.4 Western blot analysis第52页
    2.16.5 Protocol第52-53页
  2.17 Extraction of RNA第53-54页
    2.17.1 Tissue grinding in steel bead beater using Trizol reagent第53页
    2.17.2 Phase separation第53页
    2.17.3 RNA Precipitation第53-54页
    2.17.4 RNA wash第54页
    2.17.5 RNA Solubilization第54页
    2.17.6 RNA quantization and visualization第54页
  2.18 Experimental Pipeline for RNA-seq Analysis第54-56页
    2.18.1 Preparation of c DNA library and RNA sequencing第54-55页
    2.18.2 Protocol第55-56页
  2.19 Bioinformatics Analysis of RNA-seq data第56-59页
    2.19.1 Data Filtering第56-57页
    2.19.2 Reads Mapping第57页
    2.19.3 Gene Quantification第57-58页
    2.19.4 Screening of DEGs using NOISeq第58-59页
  2.20 Gene Ontology Annotation第59-60页
  2.21 KEGG Pathway Enrichment Analysis第60页
  2.22 Validation of RNA-seq results by real time quantitative PCR (RT-qPCR)第60-62页
    2.22.1 RT-qPCR第60页
    2.22.2 Elimination of genomic DNA (gDNA)第60-61页
    2.22.3 Kit components第61页
    2.22.4 Protocol第61-62页
    2.22.5 Real-Time PCR- reverse-transcription reaction第62页
  2.23 Availability of supporting data第62-63页
CHAPTER 3 Results第63-107页
  3.1 Bursal atrophy after LPS stimulation第63-64页
  3.2 Micro-morphological alterations in chicken Bursa under LPS stress第64-65页
  3.3 Ultra-structural alteration in chicken bursa of Fabricius under LPS stress第65-66页
  3.4 Effect of LPS stimulation on immune related cells in chicken bursa第66-69页
    3.4.1 Effect on Mast Cells第66-68页
    3.4.2 Effect on Eosinophils第68-69页
  3.5 RNA-Seq data output (Raw and Clean Reads)第69页
  3.6 Quantification of Gene Expression第69-71页
  3.7 Correlation Analysis of Samples第71-72页
  3.8 Alignment Statistics of reads align to reference chicken genome第72-73页
  3.9 Screening of Differentially Expressed Genes (DEGs)第73-75页
  3.10 Clustering Analysis of DEGs第75-76页
  3.11 Statistics of DEGs第76-77页
  3.12 Validation of significant DEGs in chicken bursa of Fabricius by RT-qPCR第77-78页
  3.13 Gene Ontology (GO) annotation of DEGs第78-82页
    3.13.1 GO functional analysis at early time points第78-80页
    3.13.2 GO functional analysis at mid time points第80-81页
    3.13.3 GO functional analysis at late time points第81-82页
  3.14 KEGG Analysis of DEGs第82-94页
    3.14.1 KEGG enrichment analysis at early time points第84-86页
    3.14.2 Description of DEGs in regulation of actin cytoskeleton pathway第86-88页
    3.14.3 KEGG enrichment analysis at mid time points第88-89页
    3.14.4 Description of DEGs in phagosome pathway (saline vs LPS) at 36 h第89-90页
    3.14.5 KEGG enrichment analysis at late time points第90-92页
    3.14.6 Description of DEGs in HTLV-1 infection pathway (saline vs LPS) at 72 h第92-94页
  3.15 Selection of candidate genes and identification of important transcriptional factors第94-95页
  3.16 Functional pathway analysis第95页
  3.17 LPS-TLR/JNK-MAPK signaling pathway may mediate acute bursal atrophy第95-96页
  3.18 Effect of LPS stimulation on TLR4 expression (IHC)第96-97页
  3.19 Effect of LPS stimulation on TLR4 protein (Western Blot Analysis)第97-98页
  3.20 Effect of LPS stimulation on NFκB expression第98-99页
  3.21 Determination of TUNEL-apoptosis under LPS stress第99-101页
  3.22 Effect of LPS stimulation on PCNA expression第101-102页
  3.23 Effect of LPS stimulation on ssDNA expression (Apoptosis)第102-103页
  3.24 Reactome Pathway Interaction Analysis第103-104页
  3.25 String analysis第104-107页
CHAPTER 4 Discussion第107-115页
CHAPTER 5 Conclusion and future prospects第115-116页
  5.1 Conclusion第115页
  5.2 Future prospects第115-116页
CHAPTER 6 References第116-130页
CHAPTER 7 List of Figures第130-132页
CHAPTER 8 List of Tables第132-133页
CHAPTER 9 Scientific Contributions第133-135页
APPENDIX I Acknowledgements第135-137页

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