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基于糖组学的核心蛋白聚糖的糖胺聚糖结构序列研究

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基于糖组学的核心蛋白聚糖的糖胺聚糖结构序列研究
论文目录
 
摘要第1-7页
ABSTRACT第7-18页
第1章 绪论第18-37页
  1.1 研究背景及意义第18-19页
  1.2 研究现状第19-29页
    1.2.1 蛋白聚糖第19-23页
    1.2.2 糖胺聚糖第23-26页
    1.2.3 核心蛋白聚糖第26-29页
  1.3 研究路线第29-37页
    1.3.1 糖组学分析工具第29-31页
    1.3.2 基于凝胶电泳的糖链鉴定方法第31页
    1.3.3 核磁共振方法鉴定糖序列第31-32页
    1.3.4 X-射线晶体学鉴定糖序列第32页
    1.3.5 质谱方法鉴定糖结构第32-35页
    1.3.6 计算机模拟鉴定糖序列第35页
    1.3.7 核心蛋白聚糖糖胺聚糖研究路线第35-37页
第2章 核心蛋白聚糖糖胺聚糖结构初级鉴定及抗凝血活性研究第37-54页
  2.1 概述第37页
  2.2 实验材料和方法第37-43页
    2.2.1 实验材料第37-38页
    2.2.2 核心蛋白聚糖提取第38-39页
    2.2.3 糖胺聚糖制备纯化第39页
    2.2.4 Micro-Carbazole assay测定糖含量第39页
    2.2.5 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析第39-40页
    2.2.6 凝胶渗透色谱分析第40-41页
    2.2.7 核磁共振鉴定第41页
    2.2.8 二糖样品制备及衍生化第41页
    2.2.9 液质联用测定二糖组成第41-42页
    2.2.10 体外抗凝血活性分析第42-43页
  2.3 实验结果与分析第43-53页
    2.3.1 核心蛋白聚糖提取第43页
    2.3.2 糖胺聚糖链制备第43-44页
    2.3.3 Micro-carbazole assay分析第44页
    2.3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析糖胺聚糖第44-46页
    2.3.5 HPLC-GPC分析糖胺聚糖分子量第46-48页
    2.3.6 核磁共振(NMR)鉴定第48页
    2.3.7 二糖分析结果第48-52页
    2.3.8 抗凝血活性分析第52-53页
  2.4 本章小结第53-54页
第3章 结合Top-down和Bottom-up的方法鉴定糖胺聚糖结构域和链接区域第54-68页
  3.1 概述第54-55页
  3.2 实验材料和方法第55-57页
    3.2.1 实验材料第55页
    3.2.2 硫酸软骨素/硫酸皮肤素结构域制备第55页
    3.2.3 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析第55页
    3.2.4 体积排阻色谱分析第55页
    3.2.5 核磁共振分析第55页
    3.2.6 Top-down方法分析CS/DS结构域第55-56页
    3.2.7 生物信息学解谱第56页
    3.2.8 核心蛋白聚糖链接区域制备第56-57页
    3.2.9 Bottom-up分析链接区域第57页
    3.2.10 LC-MS/MS确定链接区域硫酸化位点第57页
    3.2.11 二糖样品制备及衍生化第57页
    3.2.12 液质联用分析二糖组成第57页
  3.3 实验结果与分析第57-66页
    3.3.1 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析第57-58页
    3.3.2 体积排阻色谱分析第58-59页
    3.3.3 核磁共振分析第59-60页
    3.3.4 Top-down结果分析第60-62页
    3.3.5 Bottom-up分析链接区域第62-63页
    3.3.6 Orbitrap-FT-MS/MS分析链接区域第63-65页
    3.3.7 结构域二糖组成结果分析第65-66页
  3.4 本章小结第66-68页
第4章 糖胺聚糖链长及硫酸化程度鉴定第68-88页
  4.1 概述第68-69页
  4.2 实验材料和方法第69-71页
    4.2.1 实验材料第69页
    4.2.2 体积排阻色谱(SEC)分离糖胺聚糖第69页
    4.2.3 高效液相色谱-凝胶渗透色谱(HPLC-GPC)鉴定分离效果第69页
    4.2.4 强阴离子交换色谱(SAX)分离糖胺聚糖第69页
    4.2.5 体积排阻-液相色谱(SEC-HPLC)分离糖胺聚糖第69-70页
    4.2.6 聚丙烯酰胺凝胶电泳(PAGE)分析第70页
    4.2.7 制备型电泳分离第70页
    4.2.8 糖胺聚糖含量测定第70页
    4.2.9 强阴离子交换色谱除去缓冲盐第70-71页
    4.2.10 液质联用测定二糖单元组成第71页
    4.2.11 傅里叶变换质谱(FTMS)分析第71页
    4.2.12 数据处理第71页
  4.3 实验结果与讨论第71-87页
    4.3.1 凝胶排阻色谱结果分析第71-72页
    4.3.2 GPC鉴定分离结果第72-73页
    4.3.3 强阴离子交换色谱分离分析第73-74页
    4.3.4 聚丙烯酰胺凝胶电泳分析第74-75页
    4.3.5 半制备SEC-HPLC分离第75-76页
    4.3.6 制备型电泳分离结果分析第76-79页
    4.3.7 不同链长糖胺聚糖二糖组成分析第79页
    4.3.8 糖胺聚糖理论数据库建立第79-82页
    4.3.9 Orbitrap FTMS鉴定糖胺聚糖链长和硫酸化程度第82-87页
  4.4 本章小结第87-88页
第5章 傅里叶变换离子回旋共振质谱鉴定糖胺聚糖全序列第88-112页
  5.1 概述第88页
  5.2 实验材料和方法第88-90页
    5.2.1 实验材料第88-89页
    5.2.2 纳升级电喷雾-傅里叶变换离子回旋质谱分析第89页
    5.2.3 FT-ICR MS/MS分析第89-90页
    5.2.4 MS/MS数据分析第90页
  5.3 结果与讨论第90-111页
    5.3.1 FT-ICR MS分析第90-97页
    5.3.2 FT-ICR MS/MS分析第97-108页
    5.3.3 糖链存在数目分析第108-110页
    5.3.4 Decorin GAG结构修饰分析第110-111页
  5.4 本章小结第111-112页
第6章 结论创新与展望第112-116页
  6.1 全文总结第112-113页
  6.2 创新点第113-114页
  6.3 展望第114-116页
参考文献第116-125页
附图第125-160页
附录一 英文缩略语表第160-163页
附录二 攻读博士学位期间发表论文第163-165页
致谢第165-166页

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