论文目录 | |
中文摘要 | 第1-8
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英文摘要 | 第8-15
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符号说明 | 第15-17
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第一章 文献综述 | 第17-43
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第1节 DNA 降解现象的前期研究 | 第17-23
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· DNA 降解现象的发现 | 第17-19
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· Dnd 现象是Tris 依赖性的氧化切割反应 | 第19-20
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· 变铅青链霉菌的异常修饰系统具有DNA 位点特异性 | 第20-22
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· DNA 异常修饰属于复制后修饰 | 第22-23
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第2节 DNA异常修饰的研究进展 | 第23-35
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· 变铅青链霉菌中异常修饰基因簇的分离 | 第23-26
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· 序列分析与DNA 异常修饰相关的基因簇 | 第26-27
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· 其他细菌中的Dnd 表型和dnd 基因簇 | 第27-30
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· Dnd 蛋白功能分析 | 第30-33
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· DNA 硫修饰的近期进展 | 第33-35
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第3节 DNA硫修饰的近期进展 | 第35-39
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· dnd 基因簇的分布和来源 | 第35-37
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· dndB 的中断会加剧DNA 体外降解 | 第37-39
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· Dnd 蛋白功能探索 | 第39
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第4节 DNA 硫修饰的研究意义和挑战 | 第39-41
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· 硫修饰——DNA 分子结构新的补充 | 第39-40
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· 硫修饰——其他相关领域发展的推动力 | 第40-41
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· DNA 硫修饰的挑战——DNA 硫修饰的化学本质 | 第41
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第5节 本研究内容和目的 | 第41-43
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· 本研究基础 | 第41
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· 本研究内容和目的 | 第41-43
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第二章 实验材料和方法 | 第43-56
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第1节 实验材料 | 第43-50
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· 菌株 | 第43-44
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· 质粒 | 第44-47
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· 培养基和化学试剂 | 第47-50
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· 标准品合成 | 第50
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第2节 实验方法 | 第50-56
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第三章 硫修饰DNA 分子的定位 | 第56-62
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第1节 含dnd 基因簇的野生及工程大肠杆菌Dnd 表型的鉴定 | 第56-58
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第2节 大肠杆菌B7A 和DH10B(pJTU1238) DNA 酶解产物的HPLC 分离以及含~(35)S 组分的定位 | 第58-62
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第四章 硫修饰脱氧核糖核苷的结构鉴定 | 第62-93
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第1节 高压液相-质谱分析鉴定硫修饰脱氧核糖核苷 | 第62-66
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第2节 高效液相色谱/电喷雾飞行时间质谱联用鉴定硫修饰脱氧核糖核苷 | 第66-68
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第3节 硫修饰脱氧核糖核苷的结构预测 | 第68-72
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第4节 紫外新峰中硫修饰双脱氧核糖核酸与标准品的对比分析 | 第72-80
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· 高压液相色谱对比保留时间 | 第72-75
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· 高压液相色谱-质谱对比紫外特征吸收和质谱信号 | 第75-80
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第5节 高压液相色谱-多级质谱断裂分析 | 第80-82
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第6节 硫修饰5'-d(G_(PS)A)-3' 空间构象的鉴定 | 第82-86
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第7节 DNA 磷硫酰化修饰与Dnd 表型的联系 | 第86-90
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第8节 磷硫酰化DNA 降解过程的推断 | 第90-93
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第五章 变铅青链霉菌中的DNA 硫修饰 | 第93-105
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第1节 放射性~(35)S 喂养变铅青链霉菌 | 第93-94
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第2节 LC-MS 检测变铅青链霉菌中的硫修饰DNA 分子 | 第94-99
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第3节 变铅青链霉菌中可能的硫修饰分子5'-d(G_(PS)G)-3' 的结构鉴定 | 第99-103
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第4节 高精度质谱确定链霉菌中硫修饰双脱氧核糖核酸 | 第103-105
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第六章 其他微生物中DNA 硫修饰结构的鉴定 | 第105-130
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第1节 不同细菌dnd 同源基因簇比较 | 第105-109
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第2节 不同细菌中dnd 同源基因簇氨基酸序列比较 | 第109-114
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第3节 不同细菌中DNA 硫修饰结构的检测 | 第114-130
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· 荧光假单胞菌PfO-1 中的DNA 硫修饰 | 第115-117
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· Hahella chejuensis KCTC 2396 中的DNA 硫修饰 | 第117-119
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· Shewanella pealeana ATCC 700345 中的DNA 硫修饰 | 第119-122
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· Candidatus Pelagibacter ubique HTCC1002 中的DNA 硫修饰 | 第122-125
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· Oceanobacter sp. RED65 中的DNA 硫修饰 | 第125-127
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· Geobacter uraniumreducens Rf4 中的DNA 硫修饰 | 第127-130
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第七章 参与DNA 硫修饰Dnd 蛋白的表达 | 第130-143
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第1节 Dnd 蛋白在变铅青链霉菌中的表达纯化 | 第130-135
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· DndC 蛋白在链霉菌中的超量表达和纯化 | 第130-133
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· DndB 蛋白在链霉菌中的超量表达和纯化 | 第133-135
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· DndD 蛋白在链霉菌中的超量表达和纯化 | 第135
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第2节 Dnd 蛋白在大肠杆菌中的异源表达和纯化 | 第135-140
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· DndB 蛋白的异源表达和纯化 | 第135-137
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· DndC 蛋白的异源表达和纯化 | 第137-138
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· DndE 蛋白的异源表达和纯化 | 第138-140
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第3节 Dnd 蛋白功能后续研究 | 第140-143
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第八章 链霉菌FR-008 线性质粒pHZ227 上的arsRBOCT 型抗砷系统 | 第143-161
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第1节 课题背景介绍 | 第143-146
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第2节 链霉菌FR-008 中抗砷基因簇的定 | 第146-149
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第3节 链霉菌FR-008 中的arsRBOCT 抗砷基因簇 | 第149-150
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第4节 arsRBOCT 抗砷基因功能分析 | 第150-158
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· 链霉菌FR-008 线性质粒pHZ227 上抗砷基因簇的基因置换 | 第150-154
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· arsRBOCT 基因簇的转录 | 第154-155
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· arsRBOCT 抗砷操纵子基因功能分析 | 第155-158
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第5节 arsRBOCT 基因簇的生物信息学比较 | 第158-161
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第九章 本研究工作总结和展望 | 第161-168
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第1节 本研究工作总结 | 第161-164
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第2节 本研究主要创新点 | 第164-165
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第3节 本研究工作进一步展望 | 第165-168
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参考文献 | 第168-173
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致谢 | 第173-175
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攻读学位期间发表学术论文和申请发明专利 | 第175-176
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附录 | 第176-179
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