论文目录 | |
摘要 | 第1-9
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ABSTRACT | 第9-19
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第一章 文献综述 | 第19-46
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· 生物体内DNA的修饰类型检测方法和相关生理意义 | 第19-33
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· 天然状态下生物体内DNA修饰的类型 | 第19-22
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· DNA甲基化修饰的检测方法与策略 | 第22-26
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· DNA修饰的生理意义 | 第26-33
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· 与染色体的复制相关 | 第27-28
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· DamMT调控基因表达范例之一 | 第28-31
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· DNA的甲基化修饰-限制系统 | 第31-32
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· 由DNA甲基化所调控的其它生理过程 | 第32-33
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· DNA甲基化修饰所涉及分子事件的模型 | 第33
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· 与已知DNA修饰类型不同的DNA磷硫酰化修饰 | 第33-43
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· 脉冲场凝胶电泳与DNA新型磷硫酰化修饰的发现 | 第33-38
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· DNA磷硫酰化修饰的化学性质 | 第38-41
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· 磷硫酰化修饰DNA的分子生物学研究 | 第41-42
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· dnd基因的分子遗传学研究 | 第42-43
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· Dnd现象的生物学意义的探索 | 第43
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· 本研究工作的目的与意义 | 第43-46
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· 建立鉴定DNA磷硫酰化修饰表型的简单、稳定、快速方法 | 第44
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· DNA磷硫酰化修饰突变株的表型鉴定分析 | 第44-45
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· 定位磷硫酰化修饰的DNA的位点和共有顺序 | 第45
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· dnd基因簇的转录分析 | 第45
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· DNA磷硫酰化修饰的生物化学工作基础准备 | 第45
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· DNA磷硫酰化修饰的生理意义初探 | 第45-46
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第二章 实验材料和方法 | 第46-69
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· 实验材料 | 第46-54
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· 菌株 | 第46-47
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· 质粒 | 第47-51
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· 培养基和化学试剂[69,70] | 第51-54
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· 实验方法[71-77] | 第54-69
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· 链霉菌培养及菌种保藏 | 第54
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· 链霉菌原生质体的制备及DNA转化 | 第54-55
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· 质粒DNA的提取 | 第55
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· 大肠杆菌质粒DNA的小量提取 | 第55
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· 大肠杆菌和链霉菌质粒DNA的少量快速提取及检测(快检) | 第55
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· 链霉菌质粒的大量提取 | 第55
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· 链霉菌总DNA的少量快速提取 | 第55-56
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· DNA片段的回收(GENE CLEAN试剂盒) | 第56
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· 两亲本杂交介导的质粒DNA的跨属转移(适合于变铅链霉菌及衍生菌株[78-80];本研究) | 第56-57
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· 链霉菌菌丝体包埋Plugs的制备、提取完整DNA 、激活Plug中的DNA和PFGE电泳 | 第57-58
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· 激活的各片段的克隆、断点处核苷酸序列的测序 | 第58-59
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· 系统性定点突变优先修饰位点的保守核苷酸序列构建过程 | 第59-61
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· 用于回补的dndB基因的构建 | 第61-63
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· 聚合酶链式反应扩增目的片段 | 第63
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· 无DNase处理的RNA提取方法 | 第63-64
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· 一步法RT-PCR的反应体系和反应条件 | 第64-65
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· 用Lic载体构建目的基因 | 第65-66
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· 以pET44-b为表达载体对dnd系列基因的克隆构建 | 第66-67
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· 蛋白质的诱导表达 | 第67-68
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· 纯化带有His-Tag标签的Dnd系列融合蛋白 | 第68
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· 生物信息学分析 | 第68-69
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第三章 建立鉴定简单、稳定、快速的DNA磷硫酰化修饰表型方法 | 第69-81
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· 前言 | 第69-70
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· 结果与分析 | 第70-79
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· PAA-TAE与电泳激活缓冲液对质粒pHZ209切割的比较 | 第70-72
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· PAA-TAE使用浓度优化 | 第72-73
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· PAA-TAE处理时间的优化 | 第73-74
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· Salmonella 87菌株磷硫酰化质粒的位点专化性Dnd表型鉴定 | 第74-77
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· Salmonella 87菌株磷硫酰化基因簇Salm-dndBCDE 在DH10B中表达后质粒的Dnd表型鉴定 | 第77
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· PAA-TAE对低熔点琼脂糖包埋的菌丝体基因组DNA的切割 | 第77-79
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· 讨论 | 第79-81
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第四章 DNA磷硫酰化修饰基因的生物信息学分析及相关菌株的表型鉴定 | 第81-100
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· 前言 | 第81-82
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· 结果和分析 | 第82-97
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· dnd各基因生物信息学分析 | 第82-87
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· DndA蛋白的生物信息学分析 | 第82-83
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· DndB蛋白的生物信息学分析 | 第83-85
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· DndC蛋白的生物信息学分析 | 第85
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· DndD蛋白的生物信息学分析 | 第85-86
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· DndE蛋白的生物信息学分析 | 第86-87
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· 磷硫酰化修饰系列菌株Dnd表型鉴定 | 第87-97
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· S. lividans和系列突变株基因组DNA的Dnd表型鉴定 | 第87-89
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· 对HXY6和获得的其系列整合型突变株基因组DNA的Dnd表型鉴定 | 第89-91
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· dnd基因回补突变株的表型鉴定 | 第91-92
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· 对Salmonella enterica和P. fluorescens PfO-1总DNA的Dnd表型鉴定 | 第92-93
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· Streptomyces lividans 66的dnd基因簇在姊妹菌株Streptomyces coelicolor中的表达情况 | 第93-96
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· Dnd现象在生物间的存在情况 | 第96-97
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· 讨论 | 第97-100
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第五章 DNA磷硫酰化修饰位点的特异性选择的研究 | 第100-113
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· 前言 | 第100-101
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· 结果与分析 | 第101-110
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· 野生型1326和dnd系列突变株质粒降解表型呈现有规律的带型 | 第101-103
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· 野生型1326 和其dndB突变株HXY2降解带型差异分析 | 第103-104
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· 激活的各片段的克隆、断点处核苷酸序列的测序及分析 | 第104-107
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· 系统性定点突变优先修饰位点的保守核苷酸序列 | 第107-108
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· 检测突变后的优先修饰位点在野生型1326和dndB突变菌株HXY2中的降解表型 | 第108-109
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· 每个质粒最多修饰一次 | 第109-110
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· 讨论 | 第110-113
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第六章 DNA磷硫酰化修饰的优先性决定因素的初探 | 第113-125
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· 前言 | 第113
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· 结果和分析 | 第113-123
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· 突变质粒pJTU2003在野生菌1326和突变株HXY2中的Dnd表型检测 | 第113-114
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· dndB基因克隆的功能互补 | 第114-116
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· 质粒pHZ209在回补菌株中的降解表现鉴定 | 第116
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· 质粒pJTU2003在dndB系列基因回补菌株中的降解表现鉴定 | 第116-120
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· 质粒pHZ209优先修饰保守区两翼序列的突变对优先修饰的影响 | 第120-122
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· 对质粒pHZ209优先修饰区周围序列的分析 | 第122-123
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· 讨论 | 第123-125
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第七章 RT-PCR法分析dnd磷硫酰化基因簇的转录表达 | 第125-134
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· 前言 | 第125
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· 结果和讨论 | 第125-132
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· dnd磷硫酰化基因簇RT-PCR引物设计 | 第125-127
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· 各个菌株总RNA的提取和质量检测 | 第127
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· 逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)检测dnd系列基因的mRNA转录情况 | 第127-129
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· dndB基因可能对dndA基因的转录有调控功能 | 第129-130
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· 检测1326和HXY2在不同菌龄时的dndA,dndB和dndD的mRNA转录 | 第130-132
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· 检测1326中的质粒pHZ209降解表型和不同转录时期的关系 | 第132
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· 讨论 | 第132-134
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第八章 DndABCDE五个蛋白的可溶性表达 | 第134-146
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· 前言 | 第134-135
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· 结果和分析 | 第135-143
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· 改造表达载体pET-156成为带有Strep-TagII 标签和Lic片段的克隆和表达通用载体 | 第135-136
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· 含N-Strep-TagII 标签的dnd系列基因的诱导表达情况 | 第136-137
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· 改造pIB139成为带有Strep-TagII标签的适合链霉菌中表达的载体 | 第137-138
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· 以pET-446为表达载体对dnd基因进行克隆和表达 | 第138-142
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· 以pET-446为表达载体对dndB蛋白和其不同结构域、dndD以及dndE基因进行克隆构建 | 第138-140
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· DndB蛋白各保守区,DndD以及DndE基因在pET-446上的蛋白诱导表达情况 | 第140-142
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· 纯化带有His-Tag标签的Dnd系列蛋白的结果 | 第142-143
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· 讨论 | 第143-146
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第九章 DNA磷硫酰化的生物学意义初探 | 第146-156
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· 前言 | 第146-147
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· 结果和分析 | 第147-154
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· 野生型和突变株的生物生长量(Biomass)的测定 | 第147-149
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· 野生型和突变株喂养不同的物质的生长状况 | 第149-151
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· 野生型和突变株对抗生素耐受性测试 | 第151-152
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· dndA基因的多效生理表型 | 第152-154
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· 讨论 | 第154-156
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第十章 总结和展望 | 第156-162
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· 本研究工作总结 | 第156-158
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· 本研究工作展望 | 第158-162
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参考文献 | 第162-170
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致谢 | 第170-172
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攻读学位期间发表的学术论文目录 | 第172
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