论文目录 | |
| 摘要 | 第1-6页 |
| Abstract | 第6-12页 |
| 第一章 文献综述 | 第12-20页 |
| 1.1 生命及极端微生物的限制因子 | 第12-13页 |
| 1.2 高温中的生命及嗜高温微生物 | 第13-14页 |
| 1.3 世界范围内热液系统的分布及其中微生物群落的研 | 第14-16页 |
| 1.4 中国云南和西藏地区的地热系统 | 第16-17页 |
| 1.5 极端微生物的生物技术应用 | 第17-18页 |
| 1.6 本研究的目的及文章的组织结构 | 第18-20页 |
| 第二章 利用免培养技术对细菌群落进行研究 | 第20-50页 |
| 2.1 二代测序技术 | 第20-22页 |
| 2.2 材料与方法 | 第22-23页 |
| 2.3 实验步骤 | 第23-24页 |
| 2.4 PCR扩增 | 第24-25页 |
| 2.5 用生物信息学工具分析高通量测序结果和Mi Seq数据 | 第25-26页 |
| 2.6 OTUs聚类和物种多样性 | 第26-27页 |
| 2.7 纯净数据和重叠群 | 第27-28页 |
| 2.8 结果与分析 | 第28-31页 |
| 2.9 各样品的主要分类组别（操作分类单元） | 第31-38页 |
| 2.10 OTUs的维恩图 | 第38-39页 |
| 2.11 α 多样性分析 | 第39-42页 |
| 2.11.1 Chao 1 评估指数 | 第40页 |
| 2.11.2 Shannon多样性指数 | 第40-41页 |
| 2.11.3 系统进化树全树分析 | 第41页 |
| 2.11.4 稀释曲线 | 第41页 |
| 2.11.5 等级丰度 | 第41页 |
| 2.11.6 辛普森指数 | 第41-42页 |
| 2.12 β 多样性分析 | 第42-45页 |
| 2.13 采样地的理化性质特征 | 第45-46页 |
| 2.14 关于样品中微生物种群组成的非培养效应分析 | 第46-48页 |
| 2.15 结论 | 第48-50页 |
| 第三章 通过实验室纯培养方式研究细菌多样性 | 第50-68页 |
| 3.1 样地描述 | 第50-51页 |
| 3.2 材料与方法 | 第51-52页 |
| 3.3 菌株基因组DNA的提取 | 第52-53页 |
| 3.4 16S rRNA基因PCR扩增和测序 | 第53-54页 |
| 3.5 16S rRNA基因的聚类分析 (分子系统进化分析) | 第54页 |
| 3.6 结果与分析 | 第54-59页 |
| 3.6.1 中国西藏曲才地热区热泉中可培养细菌的多样性 | 第54-55页 |
| 3.6.2 所有样品中的菌株统计 | 第55-56页 |
| 3.6.3 在门水平上细菌菌株的分布 | 第56-57页 |
| 3.6.4 在纲水平上细菌菌株的分布 | 第57页 |
| 3.6.5 在目水平上细菌分离菌株的分布 | 第57-58页 |
| 3.6.6 在科水平上细菌菌株的分布比例 | 第58页 |
| 3.6.7 在属水平上分离得到菌株的分布比例 | 第58-59页 |
| 3.7 培养温度对细菌多样性的影响 | 第59-60页 |
| 3.8 不同培养基条件下细菌多样性的比较 | 第60-61页 |
| 3.9 序列相似性分析机16S rRNA基因扩增产物 | 第61-63页 |
| 3.10 所有分离自中国西藏曲才地热区热泉中所有属的系统进化树 | 第63-64页 |
| 3.11 高丰度样品用于Thermus菌株的分离 | 第64-65页 |
| 3.12 在本研究中分离到的Thermus菌株的系统进化分析 | 第65-67页 |
| 3.13 结论 | 第67-68页 |
| 第四章 新候选细菌的鉴定和表述 | 第68-108页 |
| 4.1 前言 | 第68-69页 |
| 4.2 材料与方法 | 第69-73页 |
| 4.2.1 表观鉴定 | 第69页 |
| 4.2.2 形态学鉴定 | 第69-70页 |
| 4.2.3 生理学鉴定 | 第70页 |
| 4.2.4 生物化学特征的鉴定 | 第70-72页 |
| 4.2.5 基因组特征 | 第72页 |
| 4.2.6 聚类分析 | 第72-73页 |
| 4.3 结果 | 第73-108页 |
| 4.3.1 Tibeticola sediminis gen. nov., sp. nov描述 | 第73-77页 |
| 4.3.2 Thermus caldifontis sp. nov描述 | 第77-83页 |
| 4.3.3 Aquabacterium fontiphilus sp. nov描述 | 第83-88页 |
| 4.3.4 Rhodobacter thermarum sp. nov描述 | 第88-93页 |
| 4.3.5 Tabrizicola qucaiensis sp. nov描述 | 第93-97页 |
| 4.3.6 Thermus sediminus sp. nov描述 | 第97-99页 |
| 4.3.7 Anoxybacillus sediminis sp. nov描述 | 第99-104页 |
| 4.3.8 Polyangium sediminus sp. nov描述 | 第104-108页 |
| 第五章 源自西藏和腾冲温泉中Thermus属菌株的比较基因组学研究 | 第108-160页 |
| 5.1 前言 | 第108-110页 |
| 5.2 材料与方法 | 第110-114页 |
| 5.2.1 基因组测序及De novo组装 | 第110-111页 |
| 5.2.2 De novo组装 | 第111页 |
| 5.2.3 注释 | 第111-112页 |
| 5.2.4 源自西藏和腾冲温泉的17中嗜热细菌菌株的 | 第112-113页 |
| 5.2.5 正MC (Ortho MCL) | 第113-114页 |
| 5.2.6 同源蛋白家族分析(正MCL) | 第114页 |
| 5.3 比较分析 | 第114-118页 |
| 5.3.1 系统发育评价 | 第114页 |
| 5.3.2 系统基因组学干扰法 | 第114-116页 |
| 5.3.3 平均核苷酸的鉴别(ANI) | 第116-117页 |
| 5.3.4 用于替代DDH的基因组-基因组遗传距离计算器 | 第117页 |
| 5.3.5 蛋白质组的比较 | 第117页 |
| 5.3.6 基因组岛屿 | 第117-118页 |
| 5.4 结果 | 第118-136页 |
| 5.4.1 系统发育评价 | 第118页 |
| 5.4.2 NJ系统进化树 | 第118页 |
| 5.4.3 超矩阵树 | 第118页 |
| 5.4.4 基因含量树 | 第118-122页 |
| 5.4.5 通过维恩图展示同源基因簇的Ortho MCL结果 | 第122-128页 |
| 5.4.6 基因组岛栖热菌菌株 | 第128-130页 |
| 5.4.7 YIM 73026T细菌菌株与参考菌株的ANI得分 | 第130-136页 |
| 5.5 反硝化作用 | 第136-160页 |
| 5.5.1 高温条件下的反硝化作用 | 第136-138页 |
| 5.5.2 Thermus属细菌中的不完全反硝化用 | 第138-139页 |
| 5.5.3 方法学 | 第139-143页 |
| 5.5.4 在Thermus中金属蛋白酶可能在热适应性和病毒 | 第143-144页 |
| 5.5.5 CRISPR/Cas细菌和古细菌的免疫系统 | 第144-150页 |
| 5.5.6 中国腾冲和西藏温泉中Thermus细菌菌株的DNA转运化 | 第150-154页 |
| 5.5.7 Thermus属细菌菌株的基因组中的次生代谢产物合成途径 | 第154-160页 |
| 第六章 结论与展望 | 第160-163页 |
| 参考文献 | 第163-194页 |
| 博士期间成果 | 第194-196页 |
| 致谢 | 第196页 |
