论文目录 | |
摘要 | 第1-6页 |
Abstract | 第6-12页 |
第1章 前言和文献综述 | 第12-18页 |
1.1 极端微生物 | 第12-13页 |
1.2 世界范围内热液系统的分布 | 第13页 |
1.3 中国境内所分布的热泉 | 第13-15页 |
1.4 嗜热生物工程中的应用 | 第15-16页 |
1.5 多样性分析 | 第16-17页 |
1.6 改良R2A培养基的利用(无碳水化合物) | 第17页 |
1.7 本研究的目的和目标 | 第17-18页 |
第2章 通过纯培养的方式研究腾冲热泉中的细菌多样性 | 第18-30页 |
2.1 前言 | 第18页 |
2.2 从腾冲热泉中所收集样品的资料 | 第18页 |
2.3 材料与方法 | 第18-21页 |
2.3.1 分离培养基 | 第18-19页 |
2.3.2 嗜热菌株的纯化和保存 | 第19页 |
2.3.3 分离菌株的基因组DNA提取 | 第19-20页 |
2.3.4 16S r RNA基因PCR扩增和测序 | 第20页 |
2.3.5 16S r RNA基因的聚类分析 (分子系统进化分析) | 第20-21页 |
2.4 结果与分析 | 第21-29页 |
2.4.1 中国腾冲热泉中的可培养细菌的多样性研究 | 第21页 |
2.4.2 细菌菌株在门水平上的具体分布 | 第21-22页 |
2.4.3 在属水平上的细菌菌株的分布 | 第22页 |
2.4.4 培养温度对细菌多样性的影响 | 第22-23页 |
2.4.5 不同分离培养基中细菌多样性的比较 | 第23-24页 |
2.4.6 序列相似性及 16S rRNA基因扩增产物分析 | 第24-28页 |
2.4.7 用于分离的高度多样性样品 | 第28-29页 |
2.5 结论 | 第29-30页 |
第3章 新的候选细菌的鉴定 | 第30-56页 |
3.1 前言 | 第30页 |
3.2 材料与方法 | 第30-33页 |
3.2.1 表型鉴定 | 第30页 |
3.2.2 形态鉴定 | 第30页 |
3.2.3 生理学鉴定 | 第30-31页 |
3.2.4 生物化学特征的鉴定 | 第31-32页 |
3.2.5 基因组特征 | 第32页 |
3.2.6 系统发育分析 | 第32-33页 |
3.3 新物种鉴定结果 | 第33-56页 |
3.3.1 Meiothermus luteus sp.nov的鉴定 | 第33-38页 |
3.3.2 Caldovatus sediminis sp. nov 的物种鉴定 | 第38-43页 |
3.3.3 Tepidimonas sediminis sp. nov. 和 Tepidimonas alkaliphilus sp. nov 的物种鉴定 | 第43-48页 |
3.3.4 Elioraea thermophilum sp.nov 的物种鉴定 | 第48-52页 |
3.3.5 Thermus ochraceum sp. nov.的物种鉴定 | 第52-56页 |
第4章 Tepidomonas菌株的比较基因组学研究 | 第56-86页 |
4.1 前言 | 第56-58页 |
4.1.1 Tepidimonas属细菌的特征 | 第56-57页 |
4.1.2 本群体的重要性 | 第57-58页 |
4.2 材料与方法 | 第58-63页 |
4.2.1 Tepidomonas属细菌与其相关的细菌菌株的基因组分析及基因组学研究 | 第58-59页 |
4.2.2 系统发育分析评价 | 第59页 |
4.2.3 基因组测序和重组装 | 第59页 |
4.2.4 直系同源基因簇分析 | 第59-60页 |
4.2.5 系统进化分析 | 第60-61页 |
4.2.6 平均核苷酸一致性 (ANI) | 第61-62页 |
4.2.7 作为代替DDH法的基因组-基因组遗传距离计算器(GGDC) | 第62页 |
4.2.8 基于基因组序列构建假定的代谢途径 | 第62页 |
4.2.9 抗重金属及抗药基因的鉴定 | 第62页 |
4.2.10 与生理和生化特征相关假设基因的鉴定 | 第62-63页 |
4.2.11 CRISPR分析 | 第63页 |
4.2.12 基因组岛 | 第63页 |
4.3 结果 | 第63-86页 |
4.3.1 新测序菌株的种系发生和全基因组统计 | 第63-65页 |
4.3.2 核心和泛基因组分析 | 第65-66页 |
4.3.3 遗传多样性和物种分类 | 第66-69页 |
4.3.4 Tepidimonas属细菌与Comamonadaceae科内其他物种的系统发育关系 | 第69-71页 |
4.3.5 六个基因组的比较 | 第71-78页 |
4.3.6 具重金属抗性的基因 | 第78-79页 |
4.3.7 直系同源基因及其适应性 | 第79-82页 |
4.3.8 成簇的、规律的间隔短回文重复(CRISPRs) | 第82-83页 |
4.3.9 Tepidimonas属细菌的基因组岛 | 第83-85页 |
4.3.10 结论 | 第85-86页 |
第5章 绿弯门的可培养细菌的比较基因组学研究 | 第86-108页 |
5.1 前言 | 第86-87页 |
5.1.1 绿弯菌门成员的栖息地 | 第86页 |
5.1.2 绿弯菌门中的TK17 | 第86-87页 |
5.2 材料与方法 | 第87-88页 |
5.2.1 YIM 72310T的分离 | 第87页 |
5.2.2 形态特征 | 第87页 |
5.2.3 系统发育进化分析 | 第87-88页 |
5.2.4 基因组测序和组装 | 第88页 |
5.2.5 比较基因组学分析 | 第88页 |
5.3 结果 | 第88-108页 |
5.3.1 分类和特征 | 第88-90页 |
5.3.2 菌株YIM 72310T的基因组概况 | 第90-91页 |
5.3.3 菌株YIM 72310T和G233T的比较 | 第91-95页 |
5.3.4 基因水平转移的证据 | 第95-96页 |
5.3.5 两个菌株的蛋白质比较 | 第96-98页 |
5.3.6 YIM 72310T菌株与其他Chloroflexi细菌门其他成员的蛋白比较 | 第98-100页 |
5.3.7 碳代谢 | 第100-102页 |
5.3.8 氮代谢和氨基酸生物合成 | 第102-103页 |
5.3.9 硫同化和硫酸盐还原 | 第103-104页 |
5.3.10 环境适应性 | 第104-105页 |
5.3.11 细胞壁形成 | 第105页 |
5.3.12 趋化性和鞭毛形成相关的基因 | 第105页 |
5.3.13 单氧酶 | 第105-106页 |
5.3.14 乙酰辅酶A(乙酰CoA):辅酶A转移酶 | 第106页 |
5.3.15 芳香烃的降解 | 第106页 |
5.3.16 胆碱降解和C1氧化 | 第106-107页 |
5.3.17 结论 | 第107-108页 |
第6章 总结与展望 | 第108-109页 |
参考文献 | 第109-134页 |
博士期间成果 | 第134-137页 |
致谢 | 第137页 |