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杂化量子力学/分子力学方法中的长程静电及短程Pauli排斥作用研究
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杂化量子力学/分子力学方法中的长程静电及短程Pauli排斥作用研究
论文目录
摘要
第1-7页
ABSTRACT
第7-13页
第1章 杂化量子力学/分子力学的动力学方法简介
第13-52页
· 引言
第13-14页
· 基于量子力学的计算化学方法
第14-28页
· 现代量子化学计算中的基本近似
第15-18页
· Hartree-Fock方程
第18-20页
· 基态密度泛函理论
第20-28页
· 基于分子力场的分子动力学方法
第28-39页
· 分子力场
第28-34页
· 分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟
第34-39页
· 杂化量子力学/分子力学的分子动力学方法(QM/MM MD)
第39-52页
· 反应自由能和化学反应平衡常数
第39-40页
· 溶液反应
第40页
· 量子力学/分子力学(QM/MM)势能面
第40-42页
· QM/MM边界
第42页
· QM/MM的长程静电相互作用
第42页
· 反应路径
第42-43页
· 反应坐标和反应路径优化
第43-44页
· 基于ab initio QM/MM方法的反应路径势(RPP)
第44-46页
· 经典的假想过程的自由能模拟
第46-47页
· QM/MM自由能(FE)
第47-48页
· QM/MM最小自由能路径(MFEP)
第48-51页
· 目前存在的问题
第51-52页
第2章 QM/MM方法中的长程静电相互作用
第52-84页
· 引言
第52-53页
· 溶液体系中静电作用距离的测试
第53-56页
· 中心单胞的QM部分的能量泛函和静电势
第56-58页
· 程序流程
第58-60页
· MM部分及其周期性镜像的静电势
第60-72页
· 经典点电荷系统总能量的Ewald求和
第60-70页
· Ewald算法计算静电势
第70-72页
· QM部分的周期性镜像的静电势
第72-75页
· QM子体系和它的镜像之间的退耦合
第73-74页
· 点电荷势近似的QM静电势
第74-75页
· 粒子-网格算法
第75页
· 力的计算
第75-79页
· MM原子上的静电力
第76-77页
· QM原子上的力
第77-79页
· 测试结果
第79-82页
· 能量测试
第79页
· MM上的力的测试
第79-81页
· QM原子上的力
第81-82页
· 对于非中性体系的处理
第82-84页
第3章 QM/MM方法中的Pauli排斥作用
第84-97页
· 引言
第84-85页
· Pauli相互作用缺失对计算产生的影响
第85-92页
· 计算方案和流程
第85-87页
· Paili排斥的缺失对能量计算的影响
第87-88页
· Paili排斥的缺失对偶极计算的影响
第88-89页
· 钠离子体系计算中的典型误差
第89-90页
· Paili排斥的缺失对电子密度的影响
第90-92页
· Pauli排斥势
第92-97页
· 半经验的Pauli排斥势的形式及其拟合过程
第92-93页
· 拟合中加入色散相互作用
第93-94页
· 测试结果
第94-97页
第4章 总结与展望
第97-102页
· 长程静电相互作用对生物化学反应的影响
第97-98页
· 在密度分块相互作用方法中加入Pauli排斥作用
第98-102页
附录
第102-106页
参考文献
第106-116页
致谢
第116-117页
在读期间发表的学术论文与取得的研宄成果
第117页
本篇论文共
117
页,
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。
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