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杂化量子力学/分子力学方法中的长程静电及短程Pauli排斥作用研究

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杂化量子力学/分子力学方法中的长程静电及短程Pauli排斥作用研究
论文目录
 
摘要第1-7页
ABSTRACT第7-13页
第1章 杂化量子力学/分子力学的动力学方法简介第13-52页
  · 引言第13-14页
  · 基于量子力学的计算化学方法第14-28页
    · 现代量子化学计算中的基本近似第15-18页
    · Hartree-Fock方程第18-20页
    · 基态密度泛函理论第20-28页
  · 基于分子力场的分子动力学方法第28-39页
    · 分子力场第28-34页
    · 分子动力学(molecular dynamics,MD)模拟第34-39页
  · 杂化量子力学/分子力学的分子动力学方法(QM/MM MD)第39-52页
    · 反应自由能和化学反应平衡常数第39-40页
    · 溶液反应第40页
    · 量子力学/分子力学(QM/MM)势能面第40-42页
    · QM/MM边界第42页
    · QM/MM的长程静电相互作用第42页
    · 反应路径第42-43页
    · 反应坐标和反应路径优化第43-44页
    · 基于ab initio QM/MM方法的反应路径势(RPP)第44-46页
    · 经典的假想过程的自由能模拟第46-47页
    · QM/MM自由能(FE)第47-48页
    · QM/MM最小自由能路径(MFEP)第48-51页
    · 目前存在的问题第51-52页
第2章 QM/MM方法中的长程静电相互作用第52-84页
  · 引言第52-53页
  · 溶液体系中静电作用距离的测试第53-56页
  · 中心单胞的QM部分的能量泛函和静电势第56-58页
  · 程序流程第58-60页
  · MM部分及其周期性镜像的静电势第60-72页
    · 经典点电荷系统总能量的Ewald求和第60-70页
    · Ewald算法计算静电势第70-72页
  · QM部分的周期性镜像的静电势第72-75页
    · QM子体系和它的镜像之间的退耦合第73-74页
    · 点电荷势近似的QM静电势第74-75页
    · 粒子-网格算法第75页
  · 力的计算第75-79页
    · MM原子上的静电力第76-77页
    · QM原子上的力第77-79页
  · 测试结果第79-82页
    · 能量测试第79页
    · MM上的力的测试第79-81页
    · QM原子上的力第81-82页
  · 对于非中性体系的处理第82-84页
第3章 QM/MM方法中的Pauli排斥作用第84-97页
  · 引言第84-85页
  · Pauli相互作用缺失对计算产生的影响第85-92页
    · 计算方案和流程第85-87页
    · Paili排斥的缺失对能量计算的影响第87-88页
    · Paili排斥的缺失对偶极计算的影响第88-89页
    · 钠离子体系计算中的典型误差第89-90页
    · Paili排斥的缺失对电子密度的影响第90-92页
  · Pauli排斥势第92-97页
    · 半经验的Pauli排斥势的形式及其拟合过程第92-93页
    · 拟合中加入色散相互作用第93-94页
    · 测试结果第94-97页
第4章 总结与展望第97-102页
  · 长程静电相互作用对生物化学反应的影响第97-98页
  · 在密度分块相互作用方法中加入Pauli排斥作用第98-102页
附录第102-106页
参考文献第106-116页
致谢第116-117页
在读期间发表的学术论文与取得的研宄成果第117页

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