集合坐标温度加速的蛋白质分子动力学模拟

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集合坐标温度加速的蛋白质分子动力学模拟

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集合坐标温度加速的蛋白质分子动力学模拟

论文目录
摘要	第1-7页
ABSTRACT	第7-11页
第1章绪论	第11-23页
· 引言	第11-12页
· 蛋白质分子模拟	第12-17页
· 分子模拟的能量函数	第12-13页
· 分子模拟的采样问题	第13-17页
· 蛋白质分子动力学模拟加强采样方法	第17-23页
· meta-dynamics加强采样方法	第17-18页
· aMD模拟方法	第18-19页
· ACM方法	第19-23页
第2章温度加速采样通过绝热加权重新估计获得正则分布和系综平均	第23-55页
· 引言	第23-26页
· 理论和方法	第26-34页
· TAMD模拟的基本原理	第26-28页
· TAMD采样分布在绝热近似下重新估计常温下的正则分布	第28-30页
· 从蛋白质的粗粒化的弹性网络模拟获得集合坐标	第30-31页
· 测试体系和模拟细节	第31-34页
· 结果和讨论	第34-51页
· 正丁烷(n-Butane)体系绝热近似下加权重新估计的准确性	第34-36页
· 丙氨酸二肽体系的加速采样	第36-40页
· 丙氨酸二肽构象自由能的区别	第40-44页
· 丙氨酸二肽的系综平均	第44-48页
· ACM-TAMD对显式水溶液中GB1多肽的采样的改善	第48-51页
· 总结	第51-55页
第3章用TAMD研究配体从复合物上解离	第55-77页
· 引言	第55-57页
· 方法	第57-63页
· 用TAMD方法对解离轨迹进行模拟	第57-58页
· 沿着解离轨迹对配体位置进行分类	第58-60页
· 分析蛋白质构象和配体位置的相关性	第60-62页
· 模拟细节	第62-63页
· 结果和讨论	第63-73页
· 解离轨迹	第63-64页
· 对配体位置进行聚类	第64-68页
· 蛋白质构象和配体位置的可能相关性	第68-73页
· 总结	第73-77页
第4章总结与展望	第77-79页
参考文献	第79-87页
附录	第87-91页
致谢	第91-93页
在读期间发表的学术论文	第93页

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