论文目录 | |
摘要 | 第1-6页 |
ABSTRACT | 第6-7页 |
缩写词表 | 第19-20页 |
引言 | 第20-21页 |
1. 文献综述 | 第21-50页 |
1.1 质谱技术及GNPS分子网络 | 第21-25页 |
1.1.1 质谱技术 | 第21-22页 |
1.1.2 质谱技术的局限性 | 第22页 |
1.1.3 分子网络策略 | 第22-23页 |
1.1.4 GNPS分析平台 | 第23-24页 |
1.1.5 通过GNPS平台建立分子网络图的流程 | 第24页 |
1.1.6 GNPS平台的应用 | 第24-25页 |
1.2 环境条件对微生物生长及代谢产物的影响 | 第25-28页 |
1.3 海洋放线菌基因组挖掘 | 第28-35页 |
1.3.1 海洋放线菌及其基因组 | 第28-29页 |
1.3.2 基于全基因组序列研究放线菌分类学关系的新方法 | 第29-30页 |
1.3.3 基因组挖掘策略 | 第30-32页 |
1.3.4 利用基因组挖掘发现未知结构化合物 | 第32-33页 |
1.3.5 生物合成基因失活及比较代谢分析方法 | 第33页 |
1.3.6 通过调节调节基因和染色质重组来激活沉默未知基因 | 第33-34页 |
1.3.7 异源表达及比较代谢分析方法 | 第34页 |
1.3.8 培养条件优化及光诱导 | 第34-35页 |
1.4 放线菌及其生物活性研究 | 第35-48页 |
1.4.1 放线菌生物活性研究 | 第37-39页 |
1.4.2 放线菌天然产物研究 | 第39-48页 |
1.5 本论文研究意义 | 第48页 |
1.6 本论文研究目的、研究内容及技术路线 | 第48-50页 |
2. 光照对海洋放线菌天然产物合成的影响 | 第50-76页 |
2.1 引言 | 第50-51页 |
2.2 材料与方法 | 第51-52页 |
2.2.1 本章使用的菌株 | 第51页 |
2.2.2 本章使用的培养基 | 第51页 |
2.2.3 菌种活化及种子液准备 | 第51-52页 |
2.2.4 光/暗条件培养 | 第52页 |
2.2.5 光/暗条件培养平板萃取样品准备 | 第52页 |
2.2.6 高相液相质谱分析条件 | 第52页 |
2.3 实验结果与讨论 | 第52-75页 |
2.3.1 光/暗条件下海洋放线菌生理生化的区别 | 第52-54页 |
2.3.2 光/暗培养的海洋放线菌代谢物质谱构建分子网络 | 第54-57页 |
2.3.3 光照对色素类化合物的影响 | 第57-59页 |
2.3.4 光照对环肽类化合物的影响 | 第59-68页 |
2.3.5 光照对其他环状化合物影响 | 第68-75页 |
2.4 本章小结 | 第75-76页 |
3. 海洋放线菌DUT11、S063及S104基因组挖掘 | 第76-117页 |
3.1 引言 | 第76-77页 |
3.2 材料与方法 | 第77-83页 |
3.2.1 本章使用的微生物菌种 | 第77页 |
3.2.2 本章使用的培养基及溶液 | 第77-78页 |
3.2.3 本章使用的引物 | 第78-79页 |
3.2.4 菌种活化及种子液培养条件 | 第79页 |
3.2.5 基因组提取、测序及拼接 | 第79-80页 |
3.2.6 基因组分析方法 | 第80页 |
3.2.7 菌株发酵条件 | 第80页 |
3.2.8 海洋放线菌S063化合物分离纯化 | 第80页 |
3.2.9 目的基因的敲除 | 第80-81页 |
3.2.10 PCR反应体系及时间 | 第81-82页 |
3.2.11 抗补体活性测试方法 | 第82-83页 |
3.2.12 烷源戈登氏菌S104光/暗反应色素化合物发酵及分离 | 第83页 |
3.3 实验结果 | 第83-116页 |
3.3.1 海洋链霉菌Streptomyces sp. DUT11基因组分析 | 第83-94页 |
3.3.2 海洋链霉菌Streptomyces sp. S063基因组及其活性研究 | 第94-106页 |
3.3.3 烷源戈登氏菌Gordonia alkanivorans S104基因组及代谢物 | 第106-116页 |
3.4 本章小结 | 第116-117页 |
4. 星海链霉菌基因组挖掘及抗补体活性物质合成基因簇确定 | 第117-138页 |
4.1 引言 | 第117-118页 |
4.2 材料与方法 | 第118-121页 |
4.2.1 本章使用的菌株 | 第118页 |
4.2.2 本章使用的质粒 | 第118-119页 |
4.2.3 本章使用的培养基及溶液 | 第119页 |
4.2.4 本章使用的引物 | 第119页 |
4.2.5 基因组提取、测序、拼接及分析方法 | 第119页 |
4.2.6 菌种活化及种子液培养条件 | 第119页 |
4.2.7 星海链霉菌及转化子豆粉培养基大量发酵 | 第119-120页 |
4.2.8 基于λ-Red法敲除基因 | 第120页 |
4.2.9 验证接合转移 | 第120-121页 |
4.3 实验结果与分析 | 第121-137页 |
4.3.1 星海链霉菌基因组基本信息 | 第121页 |
4.3.2 星海链霉菌基因组比对 | 第121-123页 |
4.3.3 星海链霉菌次生代谢产物合成基因簇分析 | 第123-124页 |
4.3.4 星海链霉菌complestatin类似物合成基因簇 | 第124-126页 |
4.3.5 星海链霉菌抗补体活性研究及培养基发酵时间点实验 | 第126-127页 |
4.3.6 星海链霉菌nrps1合成基因簇表达验证及敲除转化子的制备 | 第127-130页 |
4.3.7 星海链霉菌nrps1基因簇的产物分离纯化尝试 | 第130页 |
4.3.8 星海链霉菌中夏霉素合成基因簇鉴定 | 第130-133页 |
4.3.9 星海链霉菌中铁载体合成基因簇 | 第133-134页 |
4.3.10 星海链霉菌中新霉素合成基因簇 | 第134-135页 |
4.3.11 星海链霉菌中其余NRPS及PKS化合物合成基因簇分析 | 第135-136页 |
4.3.12 星海链霉菌中羊毛硫抗生素合成基因簇分析 | 第136页 |
4.3.13 星海链霉菌中萜烯合成基因簇分析 | 第136-137页 |
4.4 本章小结 | 第137-138页 |
5. 结论与展望 | 第138-140页 |
5.1 结论 | 第138页 |
5.2 创新点 | 第138页 |
5.3 展望 | 第138-140页 |
参考文献 | 第140-156页 |
附录A 关键化合物质谱图 | 第156-169页 |
附录B 本文研究相关的DNA序列 | 第169-173页 |
作者简介 | 第173页 |
攻读博士学位期间科研项目及科研成果 | 第173-176页 |
致谢 | 第176页 |