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光对海洋放线菌代谢物合成的影响及关键菌株基因组挖掘

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光对海洋放线菌代谢物合成的影响及关键菌株基因组挖掘
论文目录
 
摘要第1-6页
ABSTRACT第6-7页
缩写词表第19-20页
引言第20-21页
1. 文献综述第21-50页
    1.1 质谱技术及GNPS分子网络第21-25页
        1.1.1 质谱技术第21-22页
        1.1.2 质谱技术的局限性第22页
        1.1.3 分子网络策略第22-23页
        1.1.4 GNPS分析平台第23-24页
        1.1.5 通过GNPS平台建立分子网络图的流程第24页
        1.1.6 GNPS平台的应用第24-25页
    1.2 环境条件对微生物生长及代谢产物的影响第25-28页
    1.3 海洋放线菌基因组挖掘第28-35页
        1.3.1 海洋放线菌及其基因组第28-29页
        1.3.2 基于全基因组序列研究放线菌分类学关系的新方法第29-30页
        1.3.3 基因组挖掘策略第30-32页
        1.3.4 利用基因组挖掘发现未知结构化合物第32-33页
        1.3.5 生物合成基因失活及比较代谢分析方法第33页
        1.3.6 通过调节调节基因和染色质重组来激活沉默未知基因第33-34页
        1.3.7 异源表达及比较代谢分析方法第34页
        1.3.8 培养条件优化及光诱导第34-35页
    1.4 放线菌及其生物活性研究第35-48页
        1.4.1 放线菌生物活性研究第37-39页
        1.4.2 放线菌天然产物研究第39-48页
    1.5 本论文研究意义第48页
    1.6 本论文研究目的、研究内容及技术路线第48-50页
2. 光照对海洋放线菌天然产物合成的影响第50-76页
    2.1 引言第50-51页
    2.2 材料与方法第51-52页
        2.2.1 本章使用的菌株第51页
        2.2.2 本章使用的培养基第51页
        2.2.3 菌种活化及种子液准备第51-52页
        2.2.4 光/暗条件培养第52页
        2.2.5 光/暗条件培养平板萃取样品准备第52页
        2.2.6 高相液相质谱分析条件第52页
    2.3 实验结果与讨论第52-75页
        2.3.1 光/暗条件下海洋放线菌生理生化的区别第52-54页
        2.3.2 光/暗培养的海洋放线菌代谢物质谱构建分子网络第54-57页
        2.3.3 光照对色素类化合物的影响第57-59页
        2.3.4 光照对环肽类化合物的影响第59-68页
        2.3.5 光照对其他环状化合物影响第68-75页
    2.4 本章小结第75-76页
3. 海洋放线菌DUT11、S063及S104基因组挖掘第76-117页
    3.1 引言第76-77页
    3.2 材料与方法第77-83页
        3.2.1 本章使用的微生物菌种第77页
        3.2.2 本章使用的培养基及溶液第77-78页
        3.2.3 本章使用的引物第78-79页
        3.2.4 菌种活化及种子液培养条件第79页
        3.2.5 基因组提取、测序及拼接第79-80页
        3.2.6 基因组分析方法第80页
        3.2.7 菌株发酵条件第80页
        3.2.8 海洋放线菌S063化合物分离纯化第80页
        3.2.9 目的基因的敲除第80-81页
        3.2.10 PCR反应体系及时间第81-82页
        3.2.11 抗补体活性测试方法第82-83页
        3.2.12 烷源戈登氏菌S104光/暗反应色素化合物发酵及分离第83页
    3.3 实验结果第83-116页
        3.3.1 海洋链霉菌Streptomyces sp. DUT11基因组分析第83-94页
        3.3.2 海洋链霉菌Streptomyces sp. S063基因组及其活性研究第94-106页
        3.3.3 烷源戈登氏菌Gordonia alkanivorans S104基因组及代谢物第106-116页
    3.4 本章小结第116-117页
4. 星海链霉菌基因组挖掘及抗补体活性物质合成基因簇确定第117-138页
    4.1 引言第117-118页
    4.2 材料与方法第118-121页
        4.2.1 本章使用的菌株第118页
        4.2.2 本章使用的质粒第118-119页
        4.2.3 本章使用的培养基及溶液第119页
        4.2.4 本章使用的引物第119页
        4.2.5 基因组提取、测序、拼接及分析方法第119页
        4.2.6 菌种活化及种子液培养条件第119页
        4.2.7 星海链霉菌及转化子豆粉培养基大量发酵第119-120页
        4.2.8 基于λ-Red法敲除基因第120页
        4.2.9 验证接合转移第120-121页
    4.3 实验结果与分析第121-137页
        4.3.1 星海链霉菌基因组基本信息第121页
        4.3.2 星海链霉菌基因组比对第121-123页
        4.3.3 星海链霉菌次生代谢产物合成基因簇分析第123-124页
        4.3.4 星海链霉菌complestatin类似物合成基因簇第124-126页
        4.3.5 星海链霉菌抗补体活性研究及培养基发酵时间点实验第126-127页
        4.3.6 星海链霉菌nrps1合成基因簇表达验证及敲除转化子的制备第127-130页
        4.3.7 星海链霉菌nrps1基因簇的产物分离纯化尝试第130页
        4.3.8 星海链霉菌中夏霉素合成基因簇鉴定第130-133页
        4.3.9 星海链霉菌中铁载体合成基因簇第133-134页
        4.3.10 星海链霉菌中新霉素合成基因簇第134-135页
        4.3.11 星海链霉菌中其余NRPS及PKS化合物合成基因簇分析第135-136页
        4.3.12 星海链霉菌中羊毛硫抗生素合成基因簇分析第136页
        4.3.13 星海链霉菌中萜烯合成基因簇分析第136-137页
    4.4 本章小结第137-138页
5. 结论与展望第138-140页
    5.1 结论第138页
    5.2 创新点第138页
    5.3 展望第138-140页
参考文献第140-156页
附录A 关键化合物质谱图第156-169页
附录B 本文研究相关的DNA序列第169-173页
作者简介第173页
攻读博士学位期间科研项目及科研成果第173-176页
致谢第176页

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