论文目录 | |
| 第一章 SARS病毒概述及其研究进展 | 第12-42
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| · 引言 | 第12-13
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| · 冠状病毒概述 | 第13-20
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| · 病毒总体组成特征 | 第13-14
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| · SARS冠状病毒基因组结构特征 | 第14-15
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| · SARS冠状病毒基因突变情况 | 第15-17
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| · SARS冠状病毒基因组编码蛋白质的结构与功能 | 第17-20
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| · SARS冠状病毒侵入宿主细胞及复制过程 | 第20-22
页 |
| · SARS冠状病毒引起急性肺损伤的可能机制 | 第22
页 |
| · 干预SARS进程的可能途径 | 第22-24
页 |
| · 抗SARS研究进展 | 第24-34
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| · SARS冠状病毒主蛋白酶结构及其抑制剂的研究进展 | 第24-30
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| · SARS冠状病毒S蛋白研究进展 | 第30-34
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| · 小结 | 第34
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| 参考文献 | 第34-42
页 |
| 第二章 SARS病毒主蛋白酶同源模建及其表面特性研究 | 第42-69
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| · 前言 | 第42-43
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| · 计算方法原理 | 第43-47
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| · 同源模建基本原理和方法 | 第43-45
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| · 同源蛋白结构预测的方法 | 第45
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| · 蛋白静电相互作用计算 | 第45-46
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| · 蛋白疏水相互作用计算 | 第46-47
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| · 模型建立 | 第47-50
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| · SARS冠状病毒主蛋白酶的同源模建 | 第47-49
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| · SARS冠状病毒主蛋白酶的二聚体模型的建立 | 第49-50
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| · 结果与讨论 | 第50-62
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| · SARS冠状病毒主蛋白酶序列分析 | 第50-52
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| · SARS冠状病毒主蛋白酶同源模建结果分析 | 第52-53
页 |
| · SARS冠状病毒主蛋白酶3D模型分析 | 第53-54
页 |
| · SARS冠状病毒主蛋白酶二聚体单体间静电相互作用分析 | 第54-57
页 |
| · SARS冠状病毒主蛋白酶二聚体单体间疏水相互作用分析 | 第57-59
页 |
| · 溶液的pH值对二聚体结构稳定性的影响 | 第59-62
页 |
| · 小结 | 第62-67
页 |
| 参考文献 | 第67-69
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| 第三章 分子动力学研究SARS病毒主蛋白酶活性 | 第69-100
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| · 前言 | 第69-70
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| · 动力学模拟方法简介 | 第70-74
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| · 动力学模拟的理论基础 | 第71-73
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| · 分子动力学模拟的应用 | 第73-74
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| · 计算方法 | 第74-75
页 |
| · 蛋白酶复合物的准备 | 第74
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| · 动力学力学模拟 | 第74-75
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| · 结构分析 | 第75
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| · 结果和讨论 | 第75-94
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| · 催化位点构象的动态变化 | 第78-81
页 |
| · His163和Glu166的构象特征 | 第81-86
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| · 活性口袋的构象变化 | 第86-88
页 |
| · 二聚体中单体间相互作用力的分析 | 第88-89
页 |
| · N端对残基His163构象的稳定 | 第89-92
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| · N端对残基Glu166构象的稳定 | 第92-93
页 |
| · N端及区域Ⅲ对蛋白酶活性口袋构象的影响 | 第93-94
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| · 小结 | 第94-95
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| 参考文献 | 第95-100
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| 第四章 SARS病毒主蛋白酶抑制剂的筛选和设计 | 第100-119
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| · 前言 | 第100
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| · 分子对接的理论基础及方法 | 第100-105
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| · 分子间相互作用的热力学过程 | 第100-101
页 |
| · 分子对接的理论基础 | 第101-102
页 |
| · 配体受体识别过程的相互作用力 | 第102-103
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| · 分子对接方法的分类 | 第103-104
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| · 分子对接方法的应用及步骤 | 第104-105
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| · 虚拟筛选 | 第105-108
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| · 药效团搜索模型 | 第105-106
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| · 受体虚拟筛选模型的建立 | 第106-107
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| · 小分子化合物库的建立 | 第107-108
页 |
| · 虚拟筛选 | 第108
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| · 结果与讨论 | 第108-116
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| · 结构、能量性质分析 | 第109
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| · 抗HIV病毒蛋白酶抑制剂与SARS病毒主蛋白酶结合模式 | 第109-112
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| · 虚拟筛选分子与SARS病毒主蛋白酶结合模式 | 第112-114
页 |
| · 抗HIV病毒蛋白酶抑制剂的修饰 | 第114-116
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| · 小结 | 第116-117
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| 参考文献 | 第117-119
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| 第五章 SARS病毒S蛋白的同源模建及其与功能性受体ACE2蛋白的对接研究 | 第119-140
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| · 前言 | 第119-120
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| · 蛋白与蛋白对接研究涉及的理论与方法 | 第120-125
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| · 蛋白质分子模型 | 第120
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| · 构象搜索 | 第120-121
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| · 双重过滤技术 | 第121-122
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| · 结构优化及打分方案 | 第122-123
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| · 蛋白质分子柔性的处理 | 第123-124
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| · 蛋白质对接方法 | 第124-125
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| · 模型建立 | 第125-128
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| · SARS冠状病毒S蛋白的同源模建 | 第125-128
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| · SARS病毒S蛋白与ACE2蛋白的对接 | 第128
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| · 结果与讨论 | 第128-137
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| · SARS病毒S蛋白模建结果分析 | 第128-130
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| · SARS病毒S蛋白模建结构特征分析 | 第130-132
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| · SARS病毒S蛋白功能性受体ACE2蛋白结构分析 | 第132-134
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| · SARS病毒S蛋白与ACE2蛋白对接模型分析 | 第134-135
页 |
| · SARS病毒S蛋白与ACE2蛋白相互作用分析 | 第135-137
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| · 小结 | 第137
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| 参考文献 | 第137-140
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| 论文总结 | 第140-143
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| 发表文章 | 第143-145
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| 致谢 | 第145-146
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