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吉富罗非鱼养殖池塘微生物群落研究

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吉富罗非鱼养殖池塘微生物群落研究
论文目录
 
摘要第1-13页
ABSTRACT第13-18页
符号及缩略语的中英文对照第18-19页
第一章 文献综述第19-37页
  ·微生物群落生态学的研究方法概述第19-30页
    · 传统的分离培养法第19页
    · 基于生物标志物的研究方法第19-21页
      · 醌指纹法(Quinones Profiling)第20-21页
      · 磷脂脂肪酸图谱法(PLFA)第21页
    · 基于群落水平生理学指纹的研究方法(CLPP)第21-22页
    · 分子生态学方法第22-30页
      · 核酸探针杂交技术第23页
      · 基于多聚酶链式反应(PCR)的指纹图谱分析技术第23-26页
      · DNA序列分析第26页
      · 实时荧光定量PCR技术第26-27页
      · 高通量测序分析第27-30页
  ·水产养殖系统微生物群落研究进展第30-35页
    · 水产养殖系统中细菌群落研究进展第31-33页
    · 水产养殖系统中古菌、真菌群落研究进展第33-34页
    · 水产养殖系统与氨氮脱除有关的微生物研究进展第34-35页
  ·目的和意义第35-37页
第二章 吉富罗非鱼养殖池塘细菌群落结构研究第37-91页
  1 引言第37-38页
  2 罗非鱼养殖池塘养殖高峰期细菌群落结构的空间分布状况初探第38-49页
    · 材料与方法第38-40页
      · 养殖池塘的选择及样品采集第38页
      · DNA的提取及纯化第38-39页
      · PCR扩增及产物定量和均一化第39页
      · 高通量测序第39页
      · 数据去杂及优化第39-40页
      · 生物信息学分析第40页
    · 结果与分析第40-46页
      · 罗非鱼养殖池塘养殖高峰期的细菌群落结构及多样性、丰富度状况第41-43页
      · 沉积物、末端肠道及不同水层之间的细菌群落关系研究第43-46页
    · 讨论第46-49页
      · 吉富罗非鱼养殖池塘中细菌群落的空间分布状况第46-48页
      · 水、表层沉积物和罗非鱼末端肠道中细菌群落之间的关系第48-49页
  3 水葫芦栽培池塘(精养吉富罗非鱼)浮游细菌群落结构状况初探第49-61页
    · 材料与方法第49-51页
      · 样品采集第49页
      · 水质测定第49-50页
      · 基因组DNA提取及纯化第50页
      · PCR扩增及产物定量和均一化第50页
      · PE(Pair-end)文库构建及高通量测序第50-51页
      · 数据去杂优化第51页
      · 生物信息学分析第51页
    · 结果和分析第51-58页
      · 群落组成第52-56页
      · 敞水区和水葫芦种植区群落分布及多样性、丰富度差别第56-57页
      · 主要环境因子与多样性、丰富度指数之间的关系第57-58页
    · 讨论第58-61页
  4 不同养殖密度的吉富罗非鱼养殖池塘细菌群落的动态变化研究第61-91页
    · 材料与方法第61-65页
      · 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查第61页
      · 吉富罗非鱼生长性状测量及水质、底质的分析方法第61-62页
      · 不同养殖池塘间水质、底质差别及罗非鱼生长性状差别统计分析第62页
      · 微生物样品采集第62-63页
      · DNA抽提及纯化第63页
      · PCR扩增及产物定量和均一化第63页
      · Miseq PE文库构建及高通量测序第63-64页
      · 数据优化第64页
      · 生物信息学分析第64-65页
    · 结果和分析第65-87页
      · 池塘间吉富罗非鱼生长状况结果比较第65-67页
      · 三个养殖池塘间水质、底质差异分析结果第67-69页
      · 高通量测序分析不同养殖密度池塘细菌群落分析结果第69-87页
    · 讨论第87-91页
      · 时间和养殖密度变量对水及表层沉积物中细菌群落的影响第87-88页
      · 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的细菌群落组成第88-91页
第三章 不同密度吉富罗非鱼养殖池塘古菌群落结构研究第91-111页
  1 引言第91页
  2 材料与方法第91-93页
    · 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查第91-92页
    · 样品采集第92页
    · DNA抽提及纯化第92页
    · PCR扩增及产物定量和均一化第92页
    · Miseq PE文库构建及高通量测序第92页
    · 数据优化第92页
    · 生物信息学分析第92-93页
  3 结果和分析第93-109页
    · 高通量测序分析不同养殖密度池塘古菌群落分析结果第93-94页
    · 高通量测序分析不同养殖密度池塘古菌群落分析结果第94-109页
      · 三口不同养殖密度池塘水中古菌群落结构动态分析第94-101页
      · 三口不同养殖密度池塘表层沉积物中古菌群落结构动态分析第101-109页
  4 讨论第109-111页
    · 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的古菌群落组成第109-110页
    · 罗非鱼养殖池塘水和表层沉积物中的古菌群落丰富度、多样性状况第110-111页
第四章 不同密度吉富罗非鱼养殖池塘真菌群落结构研究第111-127页
  1 引言第111页
  2 材料与方法第111-113页
    · 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查第111-112页
    · 样品采集第112页
    · DNA抽提及纯化第112页
    · PCR扩增及产物定量和均一化第112页
    · Miseq PE文库构建及高通量测序第112页
    · 数据优化第112页
    · 生物信息学分析第112-113页
  3 结果和分析第113-125页
    · 水中真菌群落结构分析第114-115页
    · 水中真菌群落丰富度和多样性分析第115-118页
    · 基于真菌群落的水样样本相似性分析第118-120页
    · 表层沉积物中真菌群落结构分析第120-121页
    · 表层沉积物中真菌群落丰富度和多样性分析第121-123页
    · 基于真菌群落的表层沉积物样本相似性分析第123-125页
  4 讨论第125-127页
    · 罗非鱼养殖池塘中水和表层沉积物中的真菌群落的组成第125-126页
    · 罗非鱼养殖池塘中水和表层沉积物中的真菌丰富度和多样性第126-127页
第五章 池塘中氨氧化微生物的动态变化、异养硝化细菌的分离及无机氮利用特性研究第127-147页
  1 引言第127-128页
  2 氨氧化细菌(AOB)和氨氧化古菌(AOA)氨单加氧酶基因的动态变化第128-134页
    · 材料与方法第128-129页
      · 养殖池塘选择及池塘养殖有关情况调查第128页
      · 样品采集第128页
      · DNA抽提及纯化第128页
      · 氨氧化细菌和氨氧化古菌氨单加氧酶基因(amoA)的荧光定量分析第128-129页
      · 数据处理及分析第129页
    · 结果和分析第129-132页
      · 氨氧化细菌氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的动态变化第129-130页
      · 氨氧化古菌氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的动态变化第130-131页
      · AOA和AOB氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数比值的动态变化第131-132页
    · 讨论第132-134页
      · 时间和池塘变量对AOB、AOA氨单加氧酶(amoA)基因拷贝数的影响第132-133页
      · AOA和AOB amoA基因拷贝数比值的变化第133-134页
  3 异养硝化细菌的分离、无机氮利用特性及对养殖用水无机氮的控制研究第134-147页
    · 材料与方法第134-137页
      · 培养基第134页
      · 样品采集、细菌分离及水质指标测定第134-135页
      · 菌株鉴定第135-136页
      · 细菌生长规律及对无机氮、溶解性有机碳(DOC)利用情况试验第136-137页
    · 结果与分析第137-145页
      · 三株细菌的形态学及生理生化特征分析结果第137-138页
      · 三株细菌的系统发育学研究结果第138-139页
      · 三株细菌在不同无机氮源时的生长情况第139-140页
      · 三株菌对无机氮的利用规律及对溶解性有机碳利用第140-144页
      · 三株细菌对水产养殖水无机氮的控制研究结果第144-145页
    · 讨论第145-147页
全文结论第147-148页
本研究的创新点第148-149页
参考文献第149-163页
致谢第163-164页
攻读学位期间发表和待发表的学术论文第164页
攻读学位期间主持的课题第164页

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