基于代谢网络的产甲烷菌的耐热性研究

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基于代谢网络的产甲烷菌的耐热性研究

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基于代谢网络的产甲烷菌的耐热性研究

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-10页
第一章绪论	第10-27页
· 产甲烷菌	第10-18页
· 产甲烷菌的系统分类	第10-11页
· 产甲烷菌的形态	第11页
· 产甲烷菌的生理学特性	第11-13页
· 产甲烷高温菌的生态	第13-14页
· 产甲烷高温菌的研究	第14页
· 产甲烷菌的甲烷生成途径	第14-16页
· 研究对象	第16-18页
· 微生物耐热性的研究方法	第18-21页
· 基因工程	第18-19页
· 生物信息学	第19-20页
· 分子模拟技术	第20页
· 分子进化	第20-21页
· 蛋白质工程	第21页
· 产甲烷菌代谢网络耐热性研究意义	第21-22页
· 复杂网络理论	第22-26页
· 代谢网络理论	第23-24页
· 代谢网络拓扑结构的研究	第24页
· 代谢网络社团结构的研究	第24-26页
· 本文主要工作及结构安排	第26-27页
第二章产甲烷菌代谢网络的重构	第27-39页
· 引言	第27页
· 代谢网络数据库	第27-33页
· KEGG数据库	第27-29页
· BioCyc数据库	第29-32页
· PUMA2数据库	第32页
· BiGG数据库	第32页
· UM-BBD数据库	第32页
· Pathguide数据库	第32-33页
· 通过KEGG的注释基因功能分析代谢途径	第33页
· 代谢网络的表示	第33-35页
· 产甲烷菌代谢网络的重构	第35-37页
· 本章小结	第37-39页
第三章产甲烷菌代谢网络的拓扑特征与其耐热性关系	第39-56页
· 引言	第39页
· 拓扑参数计算	第39-41页
· 度	第39页
· 度分布	第39-40页
· 度的中心性	第40页
· 聚集系数	第40页
· 平均路径长度	第40页
· 网络直径	第40-41页
· 网络凝聚密度	第41页
· 节点介数	第41页
· 介数中心性	第41页
· 紧密度中心性	第41页
· 结果与讨论	第41-53页
· 以途径为节点的代谢网络的拓扑特征分析	第42-48页
· 以酶为节点的代谢网络的拓扑特征分析	第48-53页
· 本章小结	第53-56页
第四章产甲烷菌代谢网络的高度紧密的子网络	第56-62页
· 引言	第56页
· 方法	第56-57页
· NetDraw软件	第56-57页
· 高度紧密的子网络k-核心网络	第57页
· 结果与分析	第57-61页
· 本章小结	第61-62页
第五章产甲烷菌的代谢网络的模块化算法应用与分析	第62-71页
· 引言	第62页
· 代谢网络模块化识别算法	第62-64页
· Girvan-Newman算法	第63页
· 模拟退火算法	第63-64页
· 实验结果与分析	第64-69页
· 基于Girvan-Newman算法的产甲烷菌代谢网络的模块化	第64-69页
· 基于模拟退火算法的产甲烷菌代谢网络的模块化	第69页
· 本章小结	第69-71页
第六章产甲烷菌的代谢网络的hub模块的比较研究	第71-84页
· 引言	第71页
· 基于Girvan-Newman算法的hub模块分析	第71-75页
· Hub模块之间	第71-74页
· Hub模块与非hub模块之间	第74-75页
· 基于模拟退火算法的hub模块分析	第75-82页
· Hub模块之间的连接分析	第75-81页
· Hub模块之间酶分析	第81-82页
· 本章小结	第82-84页
第七章产甲烷菌的代谢网络的网络比对研究	第84-91页
· 引言	第84-85页
· 方法	第85页
· 结果与讨论	第85-89页
· 网络的全局比对	第85-87页
· Hub模块网络的比对	第87-89页
· 本章小结	第89-91页
结束语	第91-93页
致谢	第93-94页
参考文献	第94-101页
附录1：作者在攻读博士学位期间发表的论文	第101-102页
附录2：产甲烷菌代谢网络的基因功能注释	第102-106页
附录3：常温产甲烷菌M.acetivorans和嗜热产甲烷菌M.kandleri的代谢网络的拓扑特征值	第106-117页
附录4：酶所催化的完整的反应以及KEGG中的所属类别	第117-122 页

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