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健康人群血浆游离DNA突变的生物学背景研究

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健康人群血浆游离DNA突变的生物学背景研究
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6页
英文缩略表第10-11页
第一章 绪论第11-25页
    1.1 液体活检概述第12-13页
    1.2 CTC液体活检第13-17页
        1.2.1 CTC检测技术进展第13-15页
        1.2.2 CTC临床应用进展第15-17页
    1.3 cf DNA液体活检第17-24页
        1.3.1 cf DNA液体活检技术进展第17-19页
        1.3.2 cf DNA液体活检临床应用进展第19-24页
    1.4 本课题研究意义第24页
    1.5 本课题研究内容第24-25页
第二章 研究设计和实验材料准备第25-34页
    2.1 引言第25-26页
    2.2、试剂、材料与设备第26-30页
        2.2.1 主要仪器及设备第26-29页
        2.2.2 主要试剂及配置第29-30页
    2.3 知情和伦理第30-34页
第三章 实验流程和方法第34-48页
    3.1 样本采集和处理第34页
        3.1.1 样本采集第34页
        3.1.2 样本处理第34页
    3.2 DNA提取第34-37页
        3.2.1 血细胞DNA提取第34-35页
        3.2.2 cf DNA提取第35-37页
    3.3 血细胞DNA Covaris S2打断第37-38页
    3.4 血细胞DNA打断产物纯化第38-39页
        3.4.1 Ampure Beads纯化标准流程第38页
        3.4.2 Qiagen Min Elute PCR Purification Kit纯化第38-39页
    3.5 文库构建第39-45页
    3.6 上机测序第45-48页
        3.6.1 Hiseq测序流程第45页
        3.6.2 BGIseq500测序流程第45-48页
第四章 数据质控和分析第48-63页
    4.1 数据质控和基本分析第48-50页
        4.1.1 下机数据报告QC第48页
        4.1.2 下机数据过滤第48页
        4.1.3 比对第48页
        4.1.4 sort & mkdup第48页
        4.1.5 gatk bqsr第48-49页
        4.1.6 gatk realign第49页
        4.1.7 比对结果QC第49页
        4.1.8 SNP/In Del第49页
        4.1.9 肿瘤纯度第49页
        4.1.10 Somatic SNV第49页
        4.1.11 Somatic In Del第49页
        4.1.12 Somatic CNV第49页
        4.1.13 Somatic SV第49-50页
        4.1.14 突变结果QC第50页
        4.1.15 高级分析第50页
    4.2 双链纠错分析和突变检测分析第50-55页
        4.2.1 内源性标签双链一致序列分析第53-54页
        4.2.2 血液游离DNA中体细胞突变分析第54-55页
    4.3 检出突变位点验证第51-63页
        4.3.1 PCR-NGS突变位点超高深度测序验证第55-56页
        4.3.2 PAP-PCR突变位点验证第56-63页
第五章 结果与结论第63-81页
    5.1 样本混合实验评估技术性能第63-64页
    5.2 构建和评价“血液系统过滤器”第64-66页
    5.3 正常人群cf DNA突变检测和验证第66-73页
    5.4 正常人群cf DNA突变图谱和造血系统癌症突变图谱比较第73-75页
    5.5 正常人群和肿瘤患者cf DNA生物学背景分析第75-77页
    5.6 本章小结第77-81页
全文总结第81-82页
本研究的成果和创新点第82-83页
参考文献第83-92页
附录第92-125页
    附表1 V1芯片覆盖基因列表第92-94页
    附表2 V2芯片覆盖基因列表第94-96页
    附表3 样本信息第96-103页
    附表4 混合突变检测结果第103-110页
    附表5 259 个正常样本中检出的突变第110-118页
    附表6 突变验证结果第118-123页
    附表7 16 个肿瘤患者突变检测结果第123-125页
攻读博士学位期间取得的研究成果第125-126页
致谢第126-127页
附件第127页

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