棉花功能基因组学平台构建和非编码转录组学数据挖掘

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棉花功能基因组学平台构建和非编码转录组学数据挖掘

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棉花功能基因组学平台构建和非编码转录组学数据挖掘

论文目录
摘要	第1-5页
Abstract	第5-7页
缩略词	第7-11页
第一章文献综述	第11-25页
· 棉花基因组学和生物信息学研究进展	第11-16页
· 棉花基因组学研究进展	第11-13页
· 棉花生物数据平台的现状	第13-15页
· 功能基因组学研究进展	第15-16页
· 植物miRNA、siRNA的合成与功能	第16-20页
· 植物miRNA的产生及功能	第16-19页
· 植物siRNA的产生及作用机制	第19-20页
· 根组织对水分胁迫响应的研究方法	第20-24页
· 非生物胁迫简要介绍	第20-21页
· 根对盐胁迫响应的调控过程	第21-22页
· 茉莉酸信号途径及其对水分胁迫的响应	第22-24页
· 研究的目的和意义	第24-25页
第二章雷蒙德氏棉功能基因组学平台搭建	第25-42页
· 背景介绍	第25页
· 相关数据的收集及预处理	第25-27页
· 不同版本雷蒙德氏棉基因组的共线性分析	第27-29页
· 信号传导和转录调控相关的基因家族分类	第29-30页
· 蛋白互作网络的预测	第30-34页
· miRNA及其靶基因的校对与整合	第34页
· 顺式作用元件整理及分析	第34-35页
· GraP平台各功能模块的实现及整合	第35-38页
· GraP平台更新	第38页
· GraP平台应用实例分析	第38-40页
· 讨论	第40-42页
第三章亚洲棉根应答盐胁迫miRNA-mRNA双色网络的功能分析	第42-64页
· 背景介绍	第42页
· 实验材料与方法	第42-50页
· 棉花的培养和处理	第42-43页
· 材料的收取及总RNA提取	第43-44页
· 小RNA测序及数据处理	第44-47页
· 降解组测序及数据处理	第47-50页
· 结果与分析	第50-62页
· 小RNA测序数据的初步处理	第50-51页
· 已知miRNA和新miRNA的鉴定	第51-52页
· miRNA差异表达分析及qRT-PCR验证	第52-56页
· 利用降解组测序数据寻找miRNA靶基因	第56-59页
· 盐胁迫响应miRNA功能分析	第59-60页
· 双色网络的构建与microRNA的系统生物学功能探索	第60-62页
· 讨论	第62-64页
第四章亚洲棉siRNA应答水分胁迫的初步探索	第64-74页
· 背景介绍	第64页
· 实验材料与方法	第64-67页
· 棉花的培养和处理	第64页
· 材料的收取及总RNA提取	第64页
· 小RNA测序及数据处理	第64-66页
· 亚洲棉重复序列的鉴定和相关基因的筛选	第66页
· RNA-seq测序及数据处理	第66-67页
· 研究结果与分析	第67-73页
· 亚洲棉重复序列位点鉴定	第67页
· 胁迫相关的siRNA位点鉴定	第67-69页
· 水分胁迫相关siRNA位点的功能分析	第69-73页
· 讨论	第73-74页
第五章其他参与工作：盐胁迫条件下GhJAZ6根发育调控功能的初步探索	第74-86页
· 背景介绍	第74页
· 实验方法	第74-77页
· GhJAZ6过表达拟南芥株系的构建	第74页
· 材料的处理及总RNA提取	第74-75页
· GhJAZ6过表达株系的基因型鉴定	第75-76页
· RNA测序及数据处理	第76-77页
· 结果与分析	第77-84页
· GhJAZ6过表达株系的构建与基因型鉴定	第77-80页
· 盐胁迫条件下GhJAZ6过表达株系的根表型实验分析	第80页
· RNA-seq数据及基因的差异表达分析	第80-83页
· 差异表达基因的功能富集分析	第83-84页
· 讨论	第84-86页
第六章结论与展望	第86-89页
· 结论	第86-87页
· 展望	第87-89页
参考文献	第89-103页
附录	第103-141页
致谢	第141-143页
个人简历	第143页

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