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新的抑癌基因SARDH的确定及其表达缺失参与散发性结直肠癌发展的机制研究

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新的抑癌基因SARDH的确定及其表达缺失参与散发性结直肠癌发展的机制研究
论文目录
 
摘要第1-7页
ABSTRACT第7-10页
缩略语对照表第10-16页
第一章 绪论第16-28页
  1.1 CRC概述第17-25页
    1.1.1 CRC的流行病学第18-19页
    1.1.2 CRC的遗传发病机制第19-21页
    1.1.3 二代测序技术在CRC相关基因筛查研究中的应用第21-23页
    1.1.4 CRC相关信号通路第23-25页
  1.2 SARDH功能及其与癌症的相互关系研究进展第25-28页
第二章 SARDH在sCRC组织及CRC细胞系的表达研究第28-56页
  2.1 材料第28-31页
    2.1.1 sCRC组织标本来源第28页
    2.1.2 细胞系来源第28页
    2.1.3 主要试剂第28-30页
    2.1.4 主要仪器第30-31页
  2.2 主要方法第31-42页
    2.2.1 免疫组织化学检测SARDH在sCRC组织及癌旁组织的表达第31-33页
    2.2.2 实时定量PCR法检测SARDH在sCRC及癌旁组织的表达第33-38页
    2.2.3 结肠癌细胞复苏、传代与冻存第38-40页
    2.2.4 RT-PCR检测SARDH在CRC细胞系的表达第40页
    2.2.5 Western blot检测CRC细胞系SARDH的表达第40-42页
  2.3 SARDH低表达机制的初步探索第42-46页
    2.3.1 sCRC组织样本的SARDH基因的外显子深度测序第42-46页
    2.3.2 利用在线软件预测SARDH基因的甲基化区域第46页
    2.3.3 调控SARDH表达的miRNA的预测第46页
  2.4 实验结果第46-51页
    2.4.1 免疫组化芯片检测结果第47-48页
    2.4.2 SARDH在sCRC组织及癌旁组织的RT-PCR检测结果第48-50页
    2.4.3 SARDH在CRC细胞系的表达检测结果第50页
    2.4.4 SARDH基因在sCRC组织的深度测序结果第50-51页
    2.4.5 SARDH基因启动子区域的甲基化情况预测结果第51页
  2.5 讨论第51-53页
小结第53-56页
第三章 SARDH对CRC细胞系的增殖、迁移及侵袭能力的影响第56-86页
  3.1 材料第56-59页
    3.1.1 细胞系、质粒及菌种来源第56页
    3.1.2 裸鼠第56页
    3.1.3 主要试剂第56-58页
    3.1.4 主要仪器第58-59页
  3.2 实验方法第59-74页
    3.2.1 SARDH过表达载体的构建第59-69页
    3.2.2 SARDH干扰shRNA质粒的确定第69-70页
    3.2.3 SARDH对CRC细胞系增殖能力的影响第70-72页
    3.2.4 SARDH对CRC细胞系迁移及侵袭能力的影响研究第72-73页
    3.2.5 SARDH对裸鼠成瘤能力的影响第73-74页
  3.3 实验结果第74-82页
    3.3.1 SARDH基因表达载体的鉴定结果第74-75页
    3.3.2 转染效率检测结果第75-76页
    3.3.3 SARDH基因沉默的sh-RNA质粒的筛选结果第76-77页
    3.3.4 SARDH抑制结CRC细胞的增殖能力第77-79页
    3.3.5 SARDH抑制CRC细胞的迁移及侵袭能力第79-81页
    3.3.6 SARDH对裸鼠成瘤能力的影响第81-82页
  3.4 讨论第82-83页
小结第83-86页
第四章 SARDH基因3'-UTR区域包含miRNA结合位点第86-101页
  4.1 材料第86页
    4.1.1 细胞系及质粒第86页
    4.1.2 常用的基于mRNA特征预测功能的miRNA靶点的数据库第86页
    4.1.3 主要试剂第86页
    4.1.4 主要仪器第86页
  4.2 方法第86-92页
    4.2.1 生物信息网站预测SARDH基因3'-UTR区域的miRNA结合位点第87-88页
    4.2.2 通过RT-PCR及Western Blot确定对SARDH基因具有负调控作用的miRNA第88-90页
    4.2.3 通过双荧光素酶报告系统验证miRNA与SARDH基因的结合第90-92页
    4.2.4 miR-4651对SW480细胞迁移及侵袭能力的影响第92页
  4.3 实验结果第92-99页
    4.3.1 SARDH基因3'-UTR的miRNA结合位点的生物信息预测结果第92-93页
    4.3.2 miRNA与SARDH基因结合的结构及自由能预测结果第93-94页
    4.3.3 通过RT-PCR及Western Blot确定对SARDH基因具有负调控作用的miRNA第94-96页
    4.3.4 双荧光素酶报告实验结果第96-97页
    4.3.5 miR-4651在CRC组织的表达第97页
    4.3.6 miR-4651及其抑制剂对SW480迁移及侵袭的影响第97-99页
  4.4 讨论第99-101页
第五章 基于转录组测序技术分析SARDH基因与结直肠癌的关系第101-116页
  5.1 主要方法第101-104页
    5.1.1 样本处理第101页
    5.1.2 信使RNA文库构建及测序第101-102页
    5.1.3 质量控制第102页
    5.1.4 Mapping的结果统计第102页
    5.1.5 基因表达量计算第102页
    5.1.6 基因差异表达分析第102页
    5.1.7 GO及KEGG通路分析第102-103页
    5.1.8 基因间相互作用关系第103页
    5.1.9 基因共表达网络分析第103页
    5.1.10 通过qPCR验证RNA-Seq数据第103-104页
    5.1.11 通过UCSC xena数据库分析SARDH基因与差异基因的甲基化状态的相关性第104页
  5.2 实验结果第104-113页
    5.2.1 基因差异表达分析结果第104-105页
    5.2.2 GO分析结果第105-106页
    5.2.3 信号通路分析结果第106页
    5.2.4 信号通路相互作用关系分析(Pathway-Act-Network)结果第106-107页
    5.2.5 基因互作分析结果第107-109页
    5.2.6 共表达网络分析结果第109-110页
    5.2.7 差异表达的基因的RT-PCR验证结果第110页
    5.2.8 在CRC组织中SARDH基因与CXCL1基因的关系第110-112页
    5.2.9 SARDH基因促进趋化因子相关基因的甲基化第112-113页
  5.3 讨论第113-116页
结论第116-118页
参考文献第118-128页
致谢第128-130页
攻读博士学位期间取得的科研成果第130-132页
作者简介第132页

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