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激活型免疫受体复合物DAP12-NKG2C自组装分子机制研究

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激活型免疫受体复合物DAP12-NKG2C自组装分子机制研究
论文目录
 
摘要第1-8页
Abstract第8-20页
第一章 绪论第20-41页
  1.1 跨膜蛋白简介第20-25页
    1.1.1 α-螺旋跨膜蛋白相互作用机制第20-23页
      1.1.1.1 GXXXG基序第21页
      1.1.1.2 亮氨酸拉链第21-22页
      1.1.1.3 极性残基基序第22-23页
    1.1.2 跨膜蛋白间相互作用的检测手段第23-25页
      1.1.2.1 二硫键交换第23页
      1.1.2.2 荧光能量共振转移第23-24页
      1.1.2.3 TOXCAT系统第24-25页
  1.2 激活型免疫受体复合物DAP12-NKG2C简介第25-29页
    1.2.1 自然杀伤细胞受体第25-26页
    1.2.2 DAP12简介第26-28页
    1.2.3 NKG2家族简介第28-29页
  1.3 脂筏简介第29-35页
    1.3.1 脂筏的结构第29-31页
    1.3.2 脂筏的信号转导功能及其与疾病的关系第31-33页
    1.3.3 自然杀伤细胞中的脂筏结构第33-34页
    1.3.4 PIP2在脂筏结构中的信号调控第34-35页
  1.4 跨膜蛋白的分子动力学模拟第35-39页
    1.4.1 分子动力学模拟第36-37页
    1.4.2 跨膜蛋白在双分子层中的分子动力学模拟第37-39页
  1.5 本论文研究目的与意义第39-40页
  1.6 本论文主要研究内容第40-41页
第二章 DAP12跨膜区二聚自组装研究第41-73页
  2.1 引言第41-42页
  2.2 实验部分第42-59页
    2.2.1 实验药品与材料第42-43页
    2.2.2 实验仪器第43-44页
    2.2.3 DAP12跨膜区嵌合体序列第44-45页
    2.2.4 DAP12嵌合体引物序列第45-46页
    2.2.5 缓冲液及培养基配制第46-48页
    2.2.6 实验方法第48-59页
      2.2.6.1 TOXCAT嵌合体构建第48-51页
      2.2.6.2 CAT活性定量测定二聚相互作用第51-52页
      2.2.6.3 MalE实验第52-53页
      2.2.6.4 Western blot实验第53-54页
      2.2.6.5 Fmoc法固相合成DAP12跨膜区多肽第54-56页
      2.2.6.6 DAP12跨膜区多肽的分析与制备第56-57页
      2.2.6.7 圆二色谱(CD)实验第57-58页
      2.2.6.8 聚丙烯酰胺凝胶电泳(SDS-PAGE)实验第58-59页
  2.3 实验结果及讨论第59-72页
    2.3.1 DAP12跨膜区及其突变体的TOXCAT嵌合体构建第59-62页
    2.3.2 不同长度DAP12跨膜区嵌合体的二聚活性测定第62-64页
    2.3.3 DAP12跨膜区野生型嵌合体的TOXCAT特定位点突变研究第64-66页
    2.3.4 MalE互补实验结果第66-67页
    2.3.5 Western Blot实验结果第67-68页
    2.3.6 DAP12跨膜区野生型多肽的RP-HPLC分析结果第68-69页
    2.3.7 DAP12跨膜区野生型多肽的质谱鉴定结果第69页
    2.3.8 DAP12跨膜区野生型多肽的RP-HPLC制备结果第69-70页
    2.3.9 DAP12跨膜区野生型多肽的CD分析结果第70-71页
    2.3.10 DAP12跨膜区野生型多肽的SDS-PAGE结果第71-72页
  2.4 本章小结第72-73页
第三章 DAP12跨膜区二聚自组装分子动力学模拟研究第73-96页
  3.1 引言第73-74页
  3.2 模拟体系构建以及参数设定第74-84页
    3.2.1 GROMACS模拟软件第74-79页
      3.2.1.1 周期性边界条件第75-76页
      3.2.1.2 组的设置第76-77页
      3.2.1.3 GROMACS常用文件格式第77页
      3.2.1.4 GROMACS模拟跨膜蛋白的一般步骤第77-79页
    3.2.2 Martini粗粒化力场第79-81页
      3.2.2.1 Martini水分子第79-80页
      3.2.2.2 Martini脂分子第80页
      3.2.2.3 Martini蛋白模型第80-81页
    3.2.3 DAP12跨膜区自组装序列第81页
    3.2.4 DAP12跨膜区自组装模拟参数设置第81-84页
      3.2.4.1 粗粒化模拟参数设置第81-82页
      3.2.4.2 粗粒化结构转化全原子结构设置第82-83页
      3.2.4.3 全原子模拟参数设置第83-84页
  3.3 实验结果与讨论第84-95页
    3.3.1 DAP12跨膜区野生型在DPPC膜中二聚自组装粗粒化模拟研究第84-88页
    3.3.2 DAP12-WT跨膜区二聚体全原子模拟研究第88-91页
    3.3.3 DAP12跨膜区突变体二聚相互作用粗粒化模拟研究第91-95页
  3.4 本章小结第95-96页
第四章 DAP12-NKG2C跨膜区自组装机制分子动力学模拟第96-117页
  4.1 引言第96-97页
  4.2 模拟体系的搭建及参数设定第97-100页
    4.2.1 DAP12-NKG2C跨膜区自组装序列选择第97页
    4.2.2 DAP12-NKG2C跨膜区自组装模拟体系第97页
    4.2.3 DAP12-NKG2C跨膜区自组装模拟参数设置第97-100页
      4.2.3.1 粗粒化模拟参数设置第97-98页
      4.2.3.2 粗粒化结构转化全原子结构设置第98页
      4.2.3.3 全原子模拟参数设置第98-100页
  4.3 实验结果与讨论第100-116页
    4.3.1 DAP12-NKG2C跨膜区野生型自组装的粗粒化模拟第100-106页
    4.3.2 DAP12-NKG2C跨膜区自组装的全原子模拟研究第106-109页
    4.3.3 DAP12-NKG2C跨膜区突变体三聚相互作用粗粒化模拟研究第109-112页
    4.3.4 DAP12-NKG2C跨膜区形成四聚体的可能性探讨第112-116页
  4.4 本章小结第116-117页
第五章 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装分子动力学模拟第117-130页
  5.1 引言第117-118页
  5.2 脂筏模拟体系构建及参数设置第118-120页
    5.2.1 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装序列选择第118页
    5.2.2 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装模拟体系第118页
    5.2.3 DAP12-NKG2C在混合膜中自组装模拟参数设置第118-120页
  5.3 实验结果与讨论第120-128页
    5.3.1 脂筏结构的形成及分析第120-123页
    5.3.2 DAP12-NKG2C在脂筏环境中的定位第123-126页
    5.3.3 PIP2对DAP12-NKG2C信号转导的调控作用第126-128页
  5.4 本章小结第128-130页
第六章 总结与展望第130-132页
参考文献第132-142页
致谢第142-143页
研究成果及发表的学术论文第143-144页
作者简介第144-145页
导师简介第145-146页
附件第146-147页

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