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基于生物信息学对耐药结核分枝杆菌潜在药物靶点的挖掘分析

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基于生物信息学对耐药结核分枝杆菌潜在药物靶点的挖掘分析
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-14页
第1章 文献综述第14-30页
  1.1 前言第14-30页
    1.1.1 结核病的防治现状第14-16页
    1.1.2 结核分枝杆菌的耐药情况第16-18页
    1.1.3 基因敲除技术在结核分枝杆菌中的应用第18-22页
    1.1.4 生物信息学在微生物研究中的应用第22-25页
    1.1.5 生物信息学常用的分析方法第25-30页
第2章 基于VNTR分型的结核病分子流行病学调查第30-54页
  2.1 引言第30-32页
    2.1.1 基因分型的种类第30-32页
  2.2 实验方法第32-38页
    2.2.1 实验菌株第32页
    2.2.2 实验仪器和试剂第32-33页
    2.2.3 引物设计第33-34页
    2.2.4 菌种复苏第34页
    2.2.5 Tris法提取结核分枝杆菌DNA第34-35页
    2.2.6 PCR反应体系第35-36页
    2.2.7 琼脂糖凝胶电泳第36页
    2.2.8 VNTR拷贝数的计算第36-37页
    2.2.9 菌株间亲缘关系分析第37-38页
    2.2.10 数据统计第38页
  2.3 实验结果第38-52页
    2.3.1 长春地区多重耐药结核分枝杆菌的流行病调查第38-40页
    2.3.2 VNTR分型电泳结果图第40-47页
    2.3.3 重复序列拷贝数第47-48页
    2.3.4 基因分型结果第48-52页
  2.4 讨论第52-54页
第3章 基于生物信息学挖掘潜在的结核分枝杆菌细胞壁相关基因第54-71页
  3.1 引言第54-59页
    3.1.1 结核细胞壁的研究进展第54-56页
    3.1.2 聚类分析的特点及分类第56-59页
    3.2. 数据处理及方法第59-63页
    3.2.1 数据的收集和整理第59-61页
    3.2.2 基因表达数据的聚类分析第61页
    3.2.3 构建共表达网络和模型第61-62页
    3.2.4 多因素二分类回归分析细胞壁相关基因第62页
    3.2.5 Motif预测分析第62-63页
    3.2.6 统计学分析第63页
  3.3 技术路线第63页
  3.4 结果第63-68页
    3.4.1 结核分枝杆菌中细胞壁相关模体分析第63-65页
    3.4.2 细胞壁相关模块多因素二分类回归分析第65-67页
    3.4.3 细胞壁相关模块的motif分析第67-68页
  3.5 讨论第68-71页
第4章 结合异烟肼对人体的副作用预测结核分枝杆菌中异烟肼的作用靶点第71-88页
  4.1 引言第71-75页
    4.1.1 结核分枝杆菌药物靶点的研究第71-73页
    4.1.2 药物副作用得研究进展第73-75页
  4.2 技术路线第75页
  4.3 材料和方法第75-76页
    4.3.1 数据的获取第75-76页
    4.3.2 构建共表达网络第76页
    4.3.3 统计学分析第76页
  4.4 结果第76-87页
4.4.1.筛选异烟肼影响的基因第76-78页
4.4.2.差异基因的重点分析第78-79页
4.4.3.差异基因表达值的因子分析第79-80页
4.4.4.提取结核分枝杆菌的目的基因片段第80-82页
4.4.5.利用文献富集法提取异烟肼对于人体的副反应第82-83页
4.4.6.结合两个物种分析作为药物靶点的目的片段第83-84页
      4.4.7. motif预测结果第84-85页
      4.4.8. 对于异烟肼敏感株和耐药株结核分枝杆菌酰基转移系统的差异第85-87页
  4.5 讨论第87-88页
第5章 结论第88-90页
第6章 参考文献第90-103页
附录第103-116页
作者简介第116-118页
致谢第118页

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