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棉花SAUR基因家族分析与功能验证

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棉花SAUR基因家族分析与功能验证
论文目录
 
摘要第1-7页
abstract第7-12页
第一章 文献综述第12-20页
  1.1 棉花纤维长度研究现状第12-14页
  1.2 SAUR基因研究现状第14-19页
    1.2.1 SAURs是家族最大的生长素早期响应基因第15-16页
    1.2.2 SAUR在植物生长发育中的作用第16-19页
  1.3 本研究的目的和意义第19-20页
第二章 棉花纤维快速伸长时期转录组分析第20-38页
  2.1 实验材料第20页
    2.1.1 实验材料第20页
    2.1.2 材料处理及取样第20页
  2.2 实验方法第20-26页
    2.2.1 RNA的提取与质量检测第20-22页
    2.2.2 RNA-Seq测序文库构建第22页
    2.2.3 数据过滤与比对到基因组第22页
    2.2.4 差异基因的筛选第22页
    2.2.5 SNP的挖掘与鉴定第22-25页
    2.2.6 差异表达基因与纤维长度QTL共定位分析第25页
    2.2.7 共定位差异表达基因SNP位点与纤维长度的相关性分析第25页
    2.2.8 荧光定量PCR分析第25-26页
  2.3 结果与分析第26-36页
    2.3.1 两个BILs的纤维伸长比较第26-28页
    2.3.2 RNA-Seq测序数据简述第28页
    2.3.3 两材料 10 DPA纤维转录组差异比较分析及SNP鉴定第28-30页
    2.3.4 纤维长度QTL区间内部存在非同义突变SNP的DEG的鉴定第30-34页
    2.3.5 纤维长度QTL区间内共定位的DEGs的分析第34-36页
  2.4 讨论第36-38页
    2.4.1 陆海回交自交系中纤维较长与较短材料的 10 DPA纤维组学分析第36页
    2.4.2 利用转录组测序寻找SNP第36-37页
    2.4.3 纤维长度候选基因的功能预测第37-38页
第三章 棉花SAUR基因家族分析第38-64页
  3.1 实验材料第38-39页
    3.1.1 实验材料第38页
    3.1.2 材料处理及取样第38-39页
  3.2 实验方法第39-41页
    3.2.1 棉花SAUR家族基因的鉴定第39页
    3.2.2 系统发育关系分析第39页
    3.2.3 染色体定位和重复事件分析第39页
    3.2.4 基因结构与保守基序分析第39-40页
    3.2.5 启动子元件分析第40页
    3.2.6 陆地棉SAUR基因表达分析第40页
    3.2.7 荧光定量PCR实验第40-41页
    3.2.8 SAUR基因与纤维长度QTL共定位分析及共定位基因的SNP分析第41页
  3.3 结果与分析第41-62页
    3.3.1 SAUR家族基因的鉴定第41-45页
    3.3.2 SAUR家族基因的系统发育关系分析第45-46页
    3.3.3 SAUR家族基因的染色体定位与重复事件第46-51页
    3.3.4 SAUR家族基因结构与保守基序分析第51-57页
    3.3.5 GhSAUR基因的启动子分析第57页
    3.3.6 外施IAA时SAUR基因的表达模式分析第57-58页
    3.3.7 棉花纤维与胚珠中GhSAURs基因的表达谱分析第58-60页
    3.3.8 GhSAURs基因与纤维长度QTL的共定位分析第60-61页
    3.3.9 共定位GhSAURs基因的SNP分析第61-62页
  3.4 讨论第62-64页
    3.4.1 棉花中的SAUR基因家族第62页
    3.4.2 SAUR基因的结构第62页
    3.4.3 GhSAURs基因的表达模式分析及功能预测第62-64页
第四章 棉花GhSAUR33基因的克隆及功能验证第64-78页
  4.1 实验材料第64页
    4.1.1 实验材料第64页
    4.1.2 材料处理及取样第64页
  4.2 实验方法第64-68页
    4.2.1 GhSAUR33基因的分离第64-66页
    4.2.2 GhSAUR33基因的生物信息学分析第66页
    4.2.3 GhSAUR33表达载体的构建与农杆菌转化第66页
    4.2.4 拟南芥转化第66-67页
    4.2.5 转基因拟南芥的筛选与检测第67页
    4.2.6 亚细胞定位第67页
    4.2.7 VIGS实验第67-68页
  4.3 结果与分析第68-76页
    4.3.1 RNA质量检测第68页
    4.3.2 GhSAUR33基因CDS序列的PCR扩增第68-69页
    4.3.3 重组子的蓝白斑筛选及PCR扩增第69页
    4.3.4 GhSAUR33基因的全长序列的获得及分析第69-71页
    4.3.5 系统进化树分析第71-73页
    4.3.6 GhSAUR33荧光定量结果第73页
    4.3.7 目标基因转化拟南芥及阳性植株的筛选第73页
    4.3.8 转基因拟南芥形态观察第73-75页
    4.3.9 基因干扰VIGS实验第75页
    4.3.10 基因的亚细胞定位第75-76页
  4.4 讨论第76-78页
第五章 全文结论第78-79页
参考文献第79-87页
附件第87-103页
缩略词表第103-104页
致谢第104-105页
作者简介第105页

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