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瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)应对低氧胁迫的分子机制研究

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瓦氏黄颡鱼(Pelteobagrus vachelli)应对低氧胁迫的分子机制研究
论文目录
 
摘要第1-6页
Abstract第6-14页
第1章 文献综述第14-36页
  1.1 鱼类应对低氧胁迫的研究进展第14-21页
    1.1.1 水体低氧的产生原因第14页
    1.1.2 水体低氧对鱼类的影响第14-21页
1.鱼类低氧反应基因研究概况第14-19页
2.水体低氧对鱼类生理生化的影响第19页
3.水体低氧对鱼类行为的影响第19页
4.鱼类低氧适应策略第19-21页
  1.2 瓦氏黄颡鱼的生物学特征及研究现状第21-26页
    1.2.1 黄颡鱼属鱼类的种类和生态概要第21-23页
    1.2.2 瓦氏黄颡鱼的研究现状第23-26页
  1.3 第二代测序技术简介第26-31页
    1.3.1 转录组(Transcriptome)第26-27页
    1.3.2 小RNA(MicroRNAs)第27-30页
    1.3.3 蛋白质组学(Proteomics)第30-31页
  1.4 低氧对鱼类氧化应激的影响第31-34页
  1.5 本论文研究的目的和意义第34-35页
  1.6 研究内容第35页
  1.7 技术路线第35-36页
第2章 低氧胁迫下瓦氏黄颡鱼肝脏mRNA-seq和miRNA-seq联合分析第36-77页
  2.1 引言第36页
  2.2 材料与方法第36-52页
    2.2.1 实验材料和低氧胁迫处理第36-37页
    2.2.2 RNA提取、转录组测序和miRNA组测序第37-39页
    2.2.3 转录组测序数据质量预处理和Trinity拼接第39-40页
    2.2.4 转录组Gene功能注释第40-41页
    2.2.5 转录组Gene表达水平分析第41-42页
    2.2.6 miRNA组数据分析流程第42-46页
    2.2.7 mRNA的Quantitative Real-time PCR(qRT-PCR)第46-48页
    2.2.8 miRNA的qRT-PCR第48-52页
  2.3 结果第52-71页
    2.3.1 转录组测序和拼接分析第52-55页
    2.3.2 转录组测序功能注释和分类第55-59页
    2.3.3 差异基因与KEGG pathway富集性分析第59-60页
    2.3.4 miRNA测序质控第60-65页
    2.3.5 差异miRNA第65-67页
    2.3.6 转录组与miRNA组联合分析第67-68页
    2.3.7 qRT-PCR验证第68-71页
  2.4 讨论第71-74页
    2.4.1 代谢第72页
    2.4.2 细胞增殖第72-73页
    2.4.3 信号转导第73-74页
  2.5 小结第74-77页
第3章 低氧胁迫和恢复对瓦氏黄颡鱼氧传感蛋白、呼吸代谢及血液指标的影响第77-92页
  3.1 引言第77页
  3.2 材料与方法第77-81页
    3.2.1 实验材料与低氧胁迫处理第77-78页
    3.2.2 组织表达与低氧胁迫和恢复的基因时序表达检测第78-79页
    3.2.3 酶活性检测第79-80页
    3.2.4 血液指标检测第80页
    3.2.5 蛋白质免疫印迹(Western blot)第80-81页
    3.2.6 数据处理和分析第81页
  3.3 结果第81-89页
    3.3.1 HIF通路中氧气传感蛋白基因mRNA的组织分布第81-82页
    3.3.2 在低氧及恢复条件下氧传感蛋白mRNA的时间表达模式第82-85页
    3.3.3 低氧胁迫和恢复HIF-1α蛋白的时序表达检测第85-86页
    3.3.4 低氧胁迫和恢复呼吸代谢的相关酶活动的变化第86-88页
    3.3.5 低氧胁迫和恢复血液指标变化第88-89页
  3.4 讨论第89-92页
第4章 低氧胁迫下瓦氏黄颡鱼肝脏差异蛋白质组学分析第92-113页
  4.1 引言第92页
  4.2 材料与方法第92-98页
    4.2.1 蛋白质的抽提、定量及质检第92-96页
    4.2.2 iTRAQ定量第96页
    4.2.3 蛋白质鉴定与识别第96-97页
    4.2.4 蛋白质定量和差异蛋白GO、KEGG Pathway富集性分析第97页
    4.2.5 qRT-PCR和Western blot analysis第97-98页
  4.3 结果第98-107页
    4.3.1 蛋白质谱质控第98-101页
    4.3.2 功能注释和分类第101-103页
    4.3.3 iTRAQ quantification和差异蛋白KEGG pathway、GO富集性分析第103-105页
    4.3.4 验证第105-107页
  4.4 讨论第107-113页
    4.4.1 过氧化物酶体第108-109页
    4.4.2 脂类代谢第109-110页
    4.4.3 碳水化合物代谢第110页
    4.4.4 氨基酸代谢第110-113页
第5章 低氧胁迫和恢复对瓦氏黄颡鱼氧化应激损伤和抗氧化系统的影响第113-131页
  5.1 引言第113页
  5.2 材料与方法第113-115页
    5.2.1 实验材料与低氧胁迫处理第113页
    5.2.2 RNA提取与全长克隆第113-114页
    5.2.3 基因序列的生物信息学分析第114页
    5.2.4 SODs组织表达与低氧胁迫和恢复的基因时序表达检测第114-115页
  5.3 结果第115-128页
    5.3.1 SODs基因cDNA全长和氨基酸序列特征第115-117页
    5.3.2 SODs蛋白序列的多重比较分析和系统进化树分析第117-119页
    5.3.3 SODs基因组织表达与低氧胁迫和恢复基因的时序表达检测第119-122页
    5.3.4 低氧胁迫和恢复SODs蛋白的时序表达检测第122页
    5.3.5 低氧胁迫和恢复氧化应激参数CP、LPO、MDA变化第122-125页
    5.3.6 低氧胁迫和恢复SOD、CAT、GPx相对活性的影响第125-127页
    5.3.7 低氧胁迫和恢复GR、GST相对活性的影响第127-128页
  5.4 讨论第128-131页
    5.4.1 瓦氏黄颡鱼的抗氧化应激机制第128-129页
    5.4.2 瓦氏黄颡鱼在低氧胁迫和恢复下的自我适应机制第129-131页
第6章 全文总结第131-133页
1.低氧胁迫下瓦氏黄颡鱼肝脏mRNA-seq和miRNA-seq联合分析(转录水平)第131页
2.低氧胁迫和恢复对瓦氏黄颡鱼氧传感蛋白、呼吸代谢及血液指标的影响第131-132页
3.低氧胁迫下瓦氏黄颡鱼肝脏差异蛋白质组学分析(翻译水平)第132页
4.低氧胁迫和恢复对瓦氏黄颡鱼氧化应激损伤和抗氧化系统的影响第132-133页
本研究的主要创新点及展望第133-134页
创新之处第133页
展望第133-134页
附录第134-143页
参考文献第143-161页
在读期间研究成果目录第161-165页
致谢第165页

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