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猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究

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猪骨骼肌miRNA转录组分析及miR-486功能的初步研究
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-21页
文中缩略词中英文对照第21-27页
第一章 综述第27-57页
1 骨骼肌生长发育的研究进展第27-36页
  1.1 骨骼肌的发生和发育第27-30页
  1.2 骨骼肌发育的相关基因第30-32页
  1.3 骨骼肌生长发育主要信号通路第32-36页
2 MIRNA的研究进展第36-50页
  2.1 miRNA概述第36-37页
  2.2 miRNA的生物学过程第37-40页
  2.3 miRNA调控基因表达的机制第40-42页
  2.4 miRNA在肌肉中的生物学功能第42-46页
  2.5 miRNA的研究方法第46-50页
3 猪骨骼肌MIRNA研究进展第50-55页
  3.1 猪miRNA的发现和鉴定第50-51页
  3.2 猪骨骼肌miRNA表达规律第51-52页
  3.3 比较基因组学在猪miRNA表达中的应用第52页
  3.4 miRNA的SNP与猪骨骼肌发育第52-53页
  3.5 猪骨骼肌miRNA的功能研究进展第53-54页
  3.6 miR-486在骨骼肌中的研究进展第54-55页
4 本研究的目的和意义第55-57页
第二章 猪骨骼肌小RNA文库构建和SOLEXA测序第57-76页
前言第58页
1 试验材料与方法第58-64页
  1.1 试验材料第58-60页
  1.2 试验方法第60-64页
2 试验结果第64-73页
  2.1 总RNA的提取与质量检测第64-65页
  2.2 小RNA测序质量分析第65-67页
  2.3 小RNA测序结果生物信息学分析第67-73页
3 分析与讨论第73-74页
  3.1 样品的选择第73页
  3.2 miRNA的文库构建和质量鉴定第73-74页
  3.3 不同品种猪不同日龄间的小RNA组成差异第74页
4 小结第74-76页
第三章 猪骨骼肌组织发育相关MIRNA的鉴定、表达和功能分析第76-100页
前言第77页
1 试验材料与方法第77-84页
  1.1 试验材料第77-80页
  1.2 试验方法第80-84页
2 试验结果第84-96页
  2.1 猪已知miRNA及候选miRNA的鉴定第84-87页
  2.2 巴马小型猪和长白猪miRNA的差异表达分析第87-91页
  2.3 miRNA聚类分析第91页
  2.4 差异miRNA靶基因预测、GO注释和KEGG通路分析第91-96页
3 分析与讨论第96-99页
  3.1 猪miRNA的鉴定第96-97页
  3.2 不同发育阶段差异miRNA的分析第97页
  3.3 巴马小型猪与长白猪差异miRNA的分析第97-98页
  3.4 差异miRNA的靶基因预测及功能分析第98-99页
4 小结第99-100页
第四章 猪骨骼肌发育相关MIRNA的组织分布和骨骼肌中的发育性变化规律第100-116页
前言第101-102页
1 试验材料与方法第102-103页
  1.1 试验材料第102页
  1.2 试验方法第102-103页
2 试验结果第103-110页
  2.1 miRNA在两个品种猪的组织表达谱分析第103-105页
  2.2 miRNA在两个品种猪背最长肌的发育性变化第105-107页
  2.3 10个高丰度表达且差异显著的miRNA靶基因预测和功能分析第107-110页
3 分析与讨论第110-115页
  3.1 miRNA的选择第110页
  3.2 miRNA表达检测方法的选择第110-111页
  3.3 miRNA的组织表达谱反映它们在猪组织发育中的作用第111-113页
  3.4 miRNA在猪骨骼肌的发育性变化反映它们在肌肉发育中的功能第113-114页
  3.5 10个高丰度差异表达的miRNA靶基因预测和功能分析第114-115页
4 小结第115-116页
第五章 猪MIR-486宿主SANK1基因的克隆及生物信息学分析第116-136页
前言第117页
1 试验材料与方法第117-123页
  1.1 试验材料第117-119页
  1.2 试验方法第119-123页
2 试验结果第123-133页
  2.1 RT-PCR扩增猪sANK1基因部分ORF区第123页
  2.2 5'和3'的cDNA末端快速扩增ANK1基因及序列分析第123-127页
  2.3 猪sANK1基因全长cDNA克隆及序列分析第127-128页
  2.4 miR-486与ANK1的基因定位第128-129页
  2.5 猪sANK1蛋白ORF的预测及可变剪接体模式的构建第129-130页
  2.6 sANK1基因同源性比对和进化树分析第130-132页
  2.7 生物信息学分析第132-133页
3 分析与讨论第133-135页
  3.1 猪sANK1基因序列及可变剪接体分析第133-134页
  3.2 猪sANK1基因的生物信息学分析第134-135页
4 小结第135-136页
第六章 MIR-486与宿主基因SANK1的表达相关性及其启动子功能的研究第136-161页
前言第137-138页
1 试验材料与方法第138-145页
  1.1 试验材料第138-140页
  1.2 试验方法第140-145页
2 试验结果第145-156页
  2.1 猪miR-486与sANK-1表达相关性研究第145-148页
  2.2 猪miR-486/sANK1基因启动子SNP和生物信息学分析第148-153页
  2.3 巴马小型猪和长白猪sANK1基因启动子活性分析第153-156页
3 分析与讨论第156-159页
  3.1 猪miR-486与宿主基因sANK1基因的表达相关性分析第156-157页
  3.2 巴马小型猪和长白猪miR-486/sANK1基因表达差异分析第157-158页
  3.3 猪miR-486/sANK1基因启动子的SNP与生物信息学分析第158-159页
  3.4 猪miR-486/sANK1基因启动子活性分析第159页
4 小结第159-161页
第七章 MIR-486在猪骨骼肌发育中调控IGF-1-PI3K/AKT-MTOR通路的作用第161-187页
前言第162-163页
1 试验材料与方法第163-167页
  1.1 试验材料第163-166页
  1.2 试验方法第166-167页
2 试验结果第167-181页
  2.1 miR-486同源性分析及靶基因预测第167-170页
  2.2 猪p85α基因CDS序列的克隆及生物信息学分析第170-172页
  2.3 IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路相关基因片段的克隆第172-173页
  2.4 IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路相关基因在猪背最长肌中的表达差异第173-174页
  2.5 IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路相关基因在猪背最长肌中的表达规律第174-177页
  2.6 miR-486在IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路中的作用第177-181页
3 分析与讨论第181-186页
  3.1 miR-486调控IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路的选择第181-182页
  3.2 猪p85α基因的生物信息分析第182页
  3.3 IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路基因在猪背最长肌中的表达分析第182-183页
  3.4 猪背最长肌IGF-1-PI3K/AKT-mTOR通路关键基因的发育性变化及品种差异分析第183-185页
  3.5 miR-486对IGF-I-PI3K/AKT-mTOR信号通路的作用第185-186页
4 小结第186-187页
全文总结第187-188页
参考文献第188-205页
附录第205-233页
致谢第233-234页
攻读博士学位期间发表的论文第234页

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