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稻瘟病菌的组学分析和致病相关基因的挖掘及功能研究

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稻瘟病菌的组学分析和致病相关基因的挖掘及功能研究
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-14页
引言第14-15页
上篇 文献综述第15-46页
第一章 稻瘟病菌基因组研究进展第16-36页
1 稻瘟病及其致病菌研究概况第16-18页
  1.1 稻瘟病及稻瘟病菌的生活史循环第16-18页
  1.2 稻瘟病菌遗传转化体系演变第18页
2 稻瘟病菌的全基因组测序第18-26页
  2.1 稻瘟病菌的基因组结构第18-19页
  2.2 参考菌株70-15全基因组序列第19-21页
  2.3 菌株Ina168全基因组测序第21-22页
  2.4 两个田间菌株P131和Y34的全基因组测序第22-24页
  2.5 两个田间菌株基因组比较分析第24-26页
3 展望第26-27页
参考文献第27-36页
第二章 稻瘟病菌效应分子的研究进展第36-46页
  1.1 效应分子的分泌第36-38页
  1.2 稻瘟病菌无毒基因ACE1第38页
  1.3 无毒效应分子第38-39页
  1.4 稻瘟病菌无毒基因的遗传多样性第39页
  1.5 非无毒基因的效应分子第39-40页
  1.6 效应分子进入植物细胞和移动的机制第40-41页
  1.7 展望第41-42页
参考文献第42-46页
下篇 研究内容第46-162页
第一章 稻瘟病菌株98-06的全基因组序列分析第48-80页
1 材料与方法第50-53页
  1.1 菌株的来源与保存第50页
  1.2 基因组DNA的提取第50-51页
  1.3 基因组测序第51页
  1.4 基因组数据质控与组装第51页
  1.5 基因预测与功能注释第51-52页
  1.6 基因家族分析第52页
  1.7 重复序列分析第52-53页
  1.8 共线性分析第53页
  1.9 外泌蛋白预测与候选效应分子筛选第53页
2 结果分析第53-74页
  2.1 稻瘟病菌98-06在单抗病基因水稻品系上的致病性第53-54页
  2.2 稻瘟病菌98-06全基因组测序数据组装第54-55页
  2.3 基因预测与注释第55-56页
  2.4 98-06与70-15基因组共线性分析第56-64页
  2.5 基因家族分析第64-65页
  2.6 重复序列与转座子第65-69页
  2.7 效应分子(effector)预测分析第69-74页
3 讨论第74-75页
参考文献第75-80页
第二章 稻瘟菌98-06与水稻的互作转录组分析第80-100页
1 材料与方法第82-84页
  1.1 RNA-seq样品的准备第82页
  1.2 测序方法第82-83页
  1.3 信息分析路线第83-84页
  1.4 定量PCR验证基因表达数据第84页
  1.5 基因表达数据分析第84页
2 结果分析第84-96页
  2.1 基因检测情况与差异表达基因第84-86页
  2.2 水稻中SA、JA、ET信号通路在互作阶段的转录分析第86-88页
  2.3 致病相关基因的表达模式第88-89页
  2.4 稻瘟病菌胞内转运基因的表达模式第89-90页
  2.5 基于表达模式的效应分子预测第90-92页
  2.6 候选效应分子的有/无多态性分析第92-96页
3 讨论第96-97页
参考文献第97-100页
第三章 稻瘟菌98-06中候选效应分子的功能研究第100-136页
1 材料与方法第102-109页
  1.1 菌株的来源与保存第102页
  1.2 稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成第102-103页
  1.3 基因拷贝数分析及蛋白序列分析第103页
  1.3 基因载体构建及敲除突变体的获得第103-105页
  1.4 PEX基因敲除突变体表型测定第105页
  1.5 致病性测定第105-106页
  1.6 稻瘟病菌侵入显微观察试验第106页
  1.7 信号肽功能验证第106-107页
  1.8 烟草中效应分子抑制BAX引发的HCD第107-109页
  1.9 实时定量PCR分析第109页
2 结果分析第109-130页
  2.1 稻瘟病菌菌株98-06特有基因第109-111页
  2.2 PEX基因的系统发育树第111-112页
  2.3 PEX基因在不同阶段的转录分析第112-113页
  2.4 PEX基因敲除功能研究第113-119页
  2.5 PEX基因多态性分析第119页
  2.6 PEX6、PEX9、PEX12基因信号肽功能验证第119-120页
  2.7 PEX基因的荧光定位观察第120-123页
  2.8 Pex12在烟草细胞中的定位观察第123-124页
  2.9 Pex6、Pex9、Pex12在烟草中抑制BAX引起的坏死第124-125页
  2.10 PEX6、PEX9、PEX12作为候选无毒基因的功能验证第125-128页
  2.11 Pex12能够抑制水稻中的抗病反应第128-129页
  2.12 PEX12具有有/无的多态性第129-130页
3 讨论第130-132页
参考文献第132-136页
第四章 稻瘟病菌无毒基因AVR-PIT的分子标记定位第136-148页
1 材料与方法第138-140页
  1.1 供试菌株和水稻品种第138页
  1.2 致病性测定第138页
  1.3 CAPS标记第138-139页
  1.4 遗传连锁图谱构建第139页
  1.5 BAC文库构建与筛选第139页
  1.6 Avr-Pit候选基因预测第139-140页
  1.7 候选基因功能验证第140页
2 结果分析第140-145页
  2.1 CAPS标记筛选第140-141页
  2.2 Avr-Pit精细图谱构建第141-142页
  2.3 BAC文库构建与筛选第142-144页
  2.4 候选无毒基因预测与功能验证第144-145页
3 讨论第145-147页
参考文献第147-148页
第五章 稻瘟病菌转录因子MOMYB1的功能分析第148-162页
1 材料与方法第149-151页
  1.1 供试菌株第149页
  1.2 稻瘟病菌DNA、RNA的提取和cDNA的合成第149页
  1.3 酵母互补载体构建和酵母突变体功能互补分析第149页
  1.4 突变体孢子形态观察以及分生孢子梗乳粉棉兰染色第149-150页
  1.5 MoMYB1突变体根部致病性测定第150页
  1.6 MoMyb1亚细胞定位第150页
  1.7 MoMYB1突变体几丁质含量测定第150-151页
  1.8 原生质体释放实验第151页
2 结果分析第151-158页
  2.1 MoMYB1在分生孢子以及侵染后期上调表达第151-152页
  2.2 MoMYB1敲除突变体丧失产孢能力第152页
  2.3 MoMYB1敲除突变体的致病性第152-154页
  2.4 MoMYB1定位于细胞质第154-155页
  2.5 MoMYB1突变体几丁质含量降低第155-157页
  2.6 MoMYB1影响Hog信号转导途径第157页
  2.7 MoMYB1与产孢相关基因的互作第157-158页
3 讨论第158-159页
参考文献第159-162页
附表1 试验所用部分引物第162-166页
附表2 水稻中SA、JA、ET信号通路相关基因表达情况列表第166-170页
附表3 致病相关基因表达模式列表第170-172页
附表4 细胞转运相关基因表达模式列表第172-174页
附表5 试验常用培养基第174-178页
攻读博士学位期间发表的研究论文第178-180页
本论文创新点第180-182页
致谢第182页

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