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猪链球菌2型环二腺苷酸(c-di-AMP)代谢相关基因的生物学功能研究

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猪链球菌2型环二腺苷酸(c-di-AMP)代谢相关基因的生物学功能研究
论文目录
 
摘要第1-11页
Abstract第11-15页
第一章 文献综述第15-30页
  1. 猪链球菌2型研究进展第15-16页
  2. 猪链球菌中的信号转导系统第16-19页
  2.1 密度感应系统(Quorum Sensing,QS)第16-17页
    2.2. 二元信号转导系统(two-component signal transduction system, TCSTS)第17-19页
  3. c-di-AMP的研究进展第19-29页
    3.1. c-di-AMP的合成第20-23页
  3.2 c-di-AMP的分解代谢第23-24页
  3.3 c-di-AMP受体的研究第24-27页
  3.4 c-di-AMP参与的其它细胞进程第27-29页
  4. 本研究的目的及意义第29-30页
第二章 猪链球菌2型c-di-AMP代谢相关基因的预测以及生物信息学分析第30-51页
第一节 链球菌2型c-di-AMP分子的检测第30-37页
1 试剂与材料第31-32页
  1.1 菌株与载体第31页
  1.2 主要试剂与培养基第31页
  1.3 主要仪器设备第31-32页
2 试验方法第32-33页
  2.1 SS2 HA9801的培养第32页
  2.2 SS2 HA9801细胞内核酸类分子的抽提第32页
  2.3 SS2 HA9801上清培养物中核酸类分子的抽提第32页
  2.4 高效液相色谱(HPLC)检测第32-33页
  2.5 c-di-AMP疑似物的纯化以及质谱检测第33页
  2.6 SS2在不同生长阶段c-di-AMP含量的检测第33页
3 结果第33-36页
  3.1 SS2细胞能合成c-di-AMP信号分子且不分泌于细胞外第33-35页
  3.2 SS2在不同生长阶段c-di-AMP含量的检测第35-36页
4 讨论第36-37页
第二节 猪链球菌2型c-di-AMP代谢相关基因的生物信息学分析第37-51页
1 试剂与材料第37-38页
2 试验方法第38-43页
  2.1 高致病力菌株SS2 HA9801基因组DNA的制备第38页
  2.2 SS2 c-di-AMP代谢相关基因的预测及克隆第38-40页
  2.3 SS2 c-di-AMP代谢相关基因的一般特性分析第40页
  2.4 c-di-AMP代谢相关基因的同源性检索、多重序列比对分析以及系统发生树的绘制第40页
  2.5 HA9801总RNA的提取以及RNA的逆转录第40-42页
  2.6 SS2 c-di-AMP代谢相关基因及其比邻基因的共转录分析第42-43页
3 结果第43-48页
  3.1 HA9801 c-di-AMP代谢相关蛋白基因的预测、克隆以及生物信息学分析第43-47页
  3.2 HA9801 c-di-AMP代谢相关蛋白的进化树分析第47页
  3.3 c-di-AMP代谢相关蛋白编码基因及其比邻基因的共转录分析第47-48页
4 讨论第48-51页
第三章 c-di-AMP代谢相关基因的原核表达、纯化以及活性分析第51-70页
1 试剂与材料第51-53页
2 试验方法第53-60页
  2.1 重组蛋白的表达第53-57页
  2.2 重组蛋白的纯化第57-58页
  2.3 重组蛋白的浓度测定第58页
  2.4 重组蛋白体外活性检测第58页
  2.5 pH值对重组蛋白体外活性的影响第58-59页
  2.6 金属离子对重组蛋白体外活性的影响第59页
  2.7 重要氨基酸序列对重组蛋白发挥体外活性的作用第59-60页
3 结果第60-68页
  3.1 融合表达载体的构建和鉴定第60-61页
  3.2 重组蛋白的表达与纯化第61-62页
  3.3 重组蛋白体外活性检测第62-64页
  3.4 pH值对重组蛋白体外活性的影响第64页
  3.5 金属离子对重组蛋白体外活性的影响第64-65页
  3.6 DGA与RHR基序是合成蛋白发挥作用的关键基序第65-68页
4 讨论第68-70页
第四章 c-di-AMP代谢相关基因敲除突变株与功能互补株的构建与鉴定第70-87页
1 试剂与材料第70-72页
2 试验方法第72-78页
  2.1 基因敲除载体的构建第72-74页
  2.2 基因敲除突变株的筛选和鉴定第74-77页
  2.3 gdpP基因功能互补株的构建第77-78页
3 结果第78-84页
  3.1 基因敲除载体的构建第78-80页
  3.2 基因缺失突变株的筛选第80-81页
  3.3 基因缺失突变株的鉴定第81-82页
  3.4 gdpP基因功能互补株的构建第82-84页
4 讨论第84-87页
第五章 c-di-AMP分解蛋白基因gdpP的缺失对SS2 HA9801生物学特性的影响第87-108页
第一节 gdpP的缺失对细菌基本生物学性状的影响第87-102页
1 试剂与材料第87-88页
2 试验方法第88-93页
  2.1 胞内c-di-AMP含量的检测第88页
  2.2 生长曲线的绘制第88-89页
  2.3 显微镜观察细菌形态第89-90页
  2.4 24孔板测定生物被膜形成能力第90页
  2.5 溶血活性测定第90页
  2.6 药物敏感性试验第90-91页
  2.7 耐酸实验第91页
  2.8 Triton X-100诱导的自溶实验第91页
  2.9 细胞感染实验第91-93页
3 结果第93-99页
  3.1 胞内c-di-AMP含量检测第93页
  3.2 gdpP的缺失对生长的影响第93-94页
  3.3 细菌的形态观察第94-95页
  3.4 生物被膜的测定第95-96页
  3.5 溶血活性比较第96-97页
  3.6 抗生素敏感性试验第97页
  3.7 耐酸实验第97页
  3.8 Triton X-100诱导的自溶实验第97-98页
  3.9 细胞黏附实验第98页
  3.10 细胞侵袭实验第98-99页
  3.11 细胞毒性实验第99页
4 讨论第99-102页
第二节 gdpP的缺失对细菌毒力的影响第102-108页
1 试剂与材料第102页
2 试验方法第102-103页
  2.1 半数致死量(LD50)的测定第102页
  2.2 感染实验动物临床症状及存活时间的比较第102-103页
  2.3 感染组织活菌测定第103页
  2.4 组织病理变化观察第103页
3 试验结果第103-106页
  3.1 小鼠LD50的测定第103-104页
  3.2 存活率实验第104-105页
  3.3 细菌在小鼠的体内的分布第105页
  3.4 病理学观察第105-106页
4 讨论第106-108页
第六章 利用转录组测序分析SS2中gdpP的功能第108-128页
1 试剂与材料第109页
2 试验方法第109-114页
  2.1 RNA-Seq样品制备及测序第109-112页
  2.2 荧光定量PCR验证部分基因转录组测序结果第112-114页
3 结果第114-123页
  3.1 RNA的提取与质量检测第114-115页
  3.2 SS2 HA9801野生株和gdpP缺失突变株的基因转录差异第115-122页
  3.3 RNA-seq结果的定量PCR验证第122-123页
4 讨论第123-128页
第七章 SS2中c-di-AMP结合蛋白的初步研究第128-144页
1 试剂与材料第129页
2 试验方法第129-132页
  2.1 枯草芽孢杆菌DisA蛋白BsuDisA的表达与纯化第129-130页
  2.2 亲和层析法筛选SS2 c-di-AMP结合蛋白可行性分析第130页
  2.3 SS2中c-di-AMP结合蛋白的分离第130-131页
  2.4 分离蛋白的质谱分析第131-132页
3 结果第132-141页
  3.1 BsuDisA重组蛋白的表达纯化第132-133页
  3.2 亲和层析法筛选SS2 c-di-AMP结合蛋白可行性分析第133-134页
  3.3 SS2中c-di-AMP结合蛋白的分离第134-135页
  3.4 SS2中c-di-AMP结合蛋白的质谱分析第135-141页
  3.5 SS2中c-di-AMP结合蛋白的功能分析第141页
4 讨论第141-144页
全文总结第144-145页
参考文献第145-158页
攻读博士期间发表的文章第158-159页
致谢第159-162页
附件第162页

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