浙江省地方猪群体遗传结构研究

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浙江省地方猪群体遗传结构研究

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浙江省地方猪群体遗传结构研究

论文目录
摘要	第11-12页
Abstract	第12-14页
文章部分缩略语表	第14-15页
1 绪论	第15-35页
1.1 浙江省地方猪种概况	第16-21页
1.1.1 产地与分布	第16-18页
1.1.2 猪种表型特征	第18-19页
1.1.3 猪种种质特质	第19-20页
1.1.4 保种现状	第20页
1.1.5 地方品种研究现状	第20-21页
1.2 遗传变异检测方法	第21-25页
1.2.1 SNP生物芯片	第22-23页
1.2.2 高通量测序技术	第23-25页
1.3 简化基因组测序技术	第25-33页
1.3.1 简化基因组高通量测序平台	第25-27页
1.3.2 基于限制性内切酶的基因组简化方法	第27-33页
1.4 研究的目的与意义	第33-35页
2 GGRS简化基因组文库的构建	第35-73页
2.1 引言	第35-53页
2.1.1 GGRS平台技术流程	第35-36页
2.1.2 GGRS简化基因组文库构建	第36-42页
2.1.3 高通量测序	第42-47页
2.1.4 测序数据预处理	第47-53页
2.2 实验材料	第53-56页
2.2.1 实验动物以及样品	第53-54页
2.2.2 主要实验试剂及配制	第54-55页
2.2.3 主要实验仪器及设备	第55-56页
2.3 实验方法	第56-63页
2.3.1 限制性内切酶选择	第56-57页
2.3.2 Barcode设计	第57-58页
2.3.3 Adapter-Barcode连接	第58-59页
2.3.4 DNA测序文库构建	第59-62页
2.3.5 基因组测序	第62-63页
2.4 结果与分析	第63-69页
2.4.1 DNA测序文库构建	第63-64页
2.4.2 测序结果数据统计	第64-69页
2.5 讨论	第69-70页
2.5.1 数据质量	第69页
2.5.2 测序数量	第69-70页
2.5.3 测序覆盖度和测序深度	第70页
2.6 小结	第70-73页
3 基因组遗传变异检测	第73-85页
3.1 引言	第73页
3.2 实验方法	第73-77页
3.2.1 测序数据分析	第73-75页
3.2.2 分型条件选择	第75-77页
3.2.3 SNP在基因区间上映射	第77页
3.3 数据处理结果统计	第77-83页
3.3.1 浙江省地方猪SNP检测结果	第77-78页
3.3.2 SNP标记在染色体上的分布	第78-81页
3.3.3 SNP的在群体内的分布	第81-83页
3.3.4 SNP在基因区间上的映射	第83页
3.4 讨论	第83-84页
3.5 小结	第84-85页
4 群体结构及遗传多样性	第85-101页
4.1 引言	第85页
4.2 材料与方法	第85-89页
4.2.1 实验材料和数据	第85页
4.2.2 实验方法	第85-89页
4.3 结果	第89-98页
4.3.1 SNP筛选	第89页
4.3.2 遗传多样性	第89-90页
4.3.3 群体遗传距离	第90-91页
4.3.4 系统进化树	第91-92页
4.3.5 群体结构	第92-94页
4.3.6 群体分化分析	第94-95页
4.3.7 连锁不平衡分析	第95-98页
4.4 讨论	第98-99页
4.4.1 群体内遗传多样性	第98页
4.4.2 群体间遗传多样性	第98-99页
4.4.3 连锁不平衡分析	第99页
4.5 小结	第99-101页
5 总结	第101-103页
5.1 本论文主要作结果	第101页
5.2 主要问题及后续展望	第101-103页
6 参考文献	第103-111页
7 致谢	第111-112页

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