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约克夏猪和金华猪甲状腺组织mRNA、lncRNA和miRNA测序及功能分析
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约克夏猪和金华猪甲状腺组织mRNA、lncRNA和miRNA测序及功能分析
论文目录
 
摘要第11-13页
ABSTRACT第13-16页
缩略词表第16-17页
1 文献综述第17-36页
　　1.1 甲状腺第17-22页
　　　　1.1.1 甲状腺激素合成第17-18页
　　　　1.1.2 甲状腺激素的释放和运输第18-19页
　　　　1.1.3 甲状腺激素的调控第19-21页
　　　　1.1.4 甲状腺激素的功能第21-22页
　　1.2 microRNA研究进展第22-28页
　　　　1.2.1 microRNA简介第22-23页
　　　　1.2.2 microRNA的合成第23-24页
　　　　1.2.3 microRNA的特征第24页
　　　　1.2.4 microRNA的作用机制第24页
　　　　1.2.5 新microRNA的检测技术第24-25页
　　　　1.2.6 microRNA的表达检测技术第25-26页
　　　　1.2.7 microRNA与甲状腺第26-28页
　　1.3 lncRNA研究进展第28-33页
　　　　1.3.1 lncRNA简介第28页
　　　　1.3.2 lncRNA的分类第28-29页
　　　　1.3.3 lncRNA的来源第29-30页
　　　　1.3.4 lncRNA的特征第30页
　　　　1.3.5 lncRNA的作用机制第30-33页
　　　　1.3.6 lncRNA与甲状腺疾病第33页
　　1.4 高通量测序第33-35页
　　　　1.4.1 高通量测序的优点第33-34页
　　　　1.4.2 高通量测序平台第34-35页
　　1.5 本研究的目的与意义第35-36页
2 约克夏猪和金华猪甲状腺激素水平检测第36-41页
　　2.1 实验材料第36页
　　　　2.1.1 实验动物第36页
　　　　2.1.2 实验主要仪器第36页
　　　　2.1.3 实验主要试剂第36页
　　2.2 实验方法第36-38页
　　　　2.2.1 血清甲状腺激素水平测定第36页
　　　　2.2.2 制备甲状腺组织石蜡切片第36-37页
　　　　2.2.3 石蜡切片HE染色第37页
　　　　2.2.4 甲状腺球蛋白免疫组化第37-38页
　　2.3 结果与分析第38-39页
　　　　2.3.1 不同品种猪体型指数及血清甲状腺激素水平第38页
　　　　2.3.2 猪甲状腺组织形态学观察第38-39页
　　2.4 讨论第39-41页
　　　　2.4.1 甲状腺结构第39-40页
　　　　2.4.2 瘦肉型猪与脂肪型猪甲状腺激素水平第40-41页
3 基于RNA-seq鉴定分析mRNA和lncRNA第41-69页
　　3.1 实验材料第41页
　　　　3.1.1 实验动物第41页
　　　　3.1.2 实验主要仪器第41页
　　　　3.1.3 实验主要试剂第41页
　　3.2 实验方法第41-47页
　　　　3.2.1 甲状腺组织采取第41-42页
　　　　3.2.2 总RNA提取第42页
　　　　3.2.3 总RNA质量检测第42-43页
　　　　3.2.4 RNA-seq文库构建第43-46页
　　　　3.2.5 文库测序第46页
　　　　3.2.6 荧光定量PCR验证第46-47页
　　3.3 测序数据处理及生物信息学分析第47-51页
　　　　3.3.1 测序数据质量检测第48页
　　　　3.3.2 测序数据过滤第48-49页
　　　　3.3.3 基因组比对第49页
　　　　3.3.4 转录本组装第49页
　　　　3.3.5 已知mRNA的鉴定与分析第49页
　　　　3.3.6 lncRNA的鉴定第49-50页
　　　　3.3.7 新mRNA的鉴定第50页
　　　　3.3.8 可变剪切分析第50页
　　　　3.3.9 mRNA和lncRNA表达水平分析第50-51页
　　　　3.3.10 GO和KEGG分析第51页
　　　　3.3.11 lncRNA的功能预测第51页
　　　　3.3.12 lncRNA的基因组特征分析第51页
　　3.4 RNA-seq结果与分析第51-65页
　　　　3.4.1 总RNA提取及质量检测第51-52页
　　　　3.4.2 测序原始数据质量第52-54页
　　　　3.4.3 基因组比对第54-55页
　　　　3.4.4 lncRNA的鉴定与分析第55-58页
　　　　3.4.5 蛋白编码基因(mRNA)的鉴定与分析第58页
　　　　3.4.6 差异表达分析第58-61页
　　　　3.4.7 功能分析第61-63页
　　　　3.4.8 可变剪切分析第63-64页
　　　　3.4.9 荧光定量PCR验证第64-65页
　　3.5 讨论第65-69页
　　　　3.5.1 测序质量评估第65页
　　　　3.5.2 lncRNA的筛选第65-66页
　　　　3.5.3 猪甲状腺组织lncRNA的特征第66页
　　　　3.5.4 约克夏猪和金华猪差异mRNA第66-67页
　　　　3.5.5 约克夏猪和金华猪差异lncRNA第67-69页
4 基于small RNA-seq鉴定分析miRNA第69-89页
　　4.1 实验材料第69页
　　　　4.1.1 实验动物第69页
　　　　4.1.2 实验主要仪器第69页
　　　　4.1.3 实验主要试剂第69页
　　4.2 实验方法第69-72页
　　　　4.2.1 甲状腺组织采取第69页
　　　　4.2.2 总RNA提取与质量检测第69-70页
　　　　4.2.3 samll RNA文库构建第70-71页
　　　　4.2.4 small RNA文库测序第71页
　　　　4.2.5 荧光定量PCR验证第71-72页
　　4.3 测序数据处理及生物信息学分析第72-74页
　　　　4.3.1 测序数据质量检测第72页
　　　　4.3.2 测序数据过滤第72页
　　　　4.3.3 长度筛选第72-73页
　　　　4.3.4 基因组比对分析第73页
　　　　4.3.5 small RNA分类注释第73页
　　　　4.3.6 miRNA表达及差异分析第73页
　　　　4.3.7 miRNA靶基因预测第73页
　　　　4.3.8 GO和KEGG分析第73-74页
　　4.4 small RNA-seq结果与分析第74-85页
　　　　4.4.1 测序数据质量检测第74-76页
　　　　4.4.2 small RNA基因组定位第76页
　　　　4.4.3 small RNA分类注释第76-77页
　　　　4.4.4 已知miRNA第77-78页
　　　　4.4.5 新miRNA第78页
　　　　4.4.6 miRNA差异表达分析第78-81页
　　　　4.4.7 miRNA靶基因预测及功能分析第81-85页
　　　　4.4.8 荧光定量PCR验证第85页
　　4.5 讨论第85-89页
　　　　4.5.1 猪甲状腺miRNA第85-86页
　　　　4.5.2 猪甲状腺miRNA靶基因预测第86-87页
　　　　4.5.3 猪甲状腺高表达miRNA第87页
　　　　4.5.4 约克夏猪和金华猪差异表达miRNA第87-89页
5 差异表达miRNA-mRNA和miRNA-lncRNA联合分析第89-95页
　　5.1 实验材料第89页
　　5.2 实验方法第89页
　　5.3 联合分析结果第89-92页
　　　　5.3.1 差异基因联合分析第89-90页
　　　　5.3.2 miRNA-mRNA功能分析第90页
　　　　5.3.3 miRNA-靶基因调控网络第90-92页
　　5.4 讨论第92-95页
　　　　5.4.1 RNA-seq和small RNA-seq联合分析第92-93页
　　　　5.4.2 miRNA-mRNA调控网络第93-95页
6 结论、创新点与展望第95-97页
　　6.1 结论第95-96页
　　6.2 创新点第96页
　　6.3 展望第96-97页
参考文献第97-107页
附录第107-125页
作者简历及在学期间所取得的科研成果第125-126页
致谢第126页

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