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栽培杨梅谱系地理、驯化起源及品种(系)间关系的研究

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栽培杨梅谱系地理、驯化起源及品种(系)间关系的研究
论文目录
 
摘要第1-11页
ABSTRACT第11-19页
第1章 前言第19-44页
  1.1 被子植物分子系统学研究进展第19-25页
  1.2 植物群体遗传及亲缘地理学概述第25-30页
    1.2.1 植物群体遗传学第25-26页
    1.2.2 植物亲缘地理学概述第26-30页
  1.3 栽培植物驯化起源研究第30-33页
    1.3.1 植物驯化起源概述第30-31页
    1.3.2 分子标记在植物驯化起源中的应用第31-33页
  1.4 杨梅的研究概况第33-44页
    1.4.1 物种介绍及其研究现状第33-37页
    1.4.2 杨梅种质遗传及品种间关系研究第37-42页
    1.4.3 存在的问题和研究意义第42-43页
    1.4.4 研究内容和目的第43-44页
第2章 野外调查与采样第44-55页
  2.1 资源调查与采集方法第44页
  2.2 野外调查及采样结果第44-55页
    2.2.1 野外调查及形态学描述第44-49页
    2.2.2 野外采集结果第49-55页
第3章 杨梅属中国种类的系统位置及分化时间研究第55-76页
  3.1 材料和方法第56-64页
    3.1.1 材料第56-58页
    3.1.2 方法第58-64页
      3.1.2.1 分子系统学方法第58-62页
      3.1.2.2 种内种间分化时间估算第62-63页
      3.1.2.3 De novo组装和序列注释第63-64页
  3.2 结果分析第64-72页
    3.2.1 基因组DNA提取及检测第64页
    3.2.2 RAD标签生成及De novo组装第64-65页
    3.2.3 系统发育关系及分化时间估算第65-69页
    3.2.4 序列注释及GO富集分析第69-72页
  3.3 讨论第72-75页
    3.3.1 杨梅及其近缘种亲缘关系及分类第72-74页
    3.3.2 青海-西藏高原(QTP)第三次隆起与杨梅种内分化第74页
    3.3.3 基于RAD-seq对杨梅遗传资源的开发第74-75页
  3.4 小结第75-76页
第4章 杨梅叶绿体基因组测序与组装第76-92页
  4.1 材料第77页
  4.2 方法第77-80页
    4.2.1 基因组总DNA提取第77页
    4.2.2 文库的制备和测序第77-78页
    4.2.3 叶绿体基因组拼接与组装第78-79页
    4.2.4 叶绿体基因组注释第79-80页
    4.2.5 叶绿体基因组SNP及SSR分子标记开发第80页
  4.3 结果第80-90页
    4.3.1 测序结果分析第80-81页
    4.3.2 叶绿体基因组拼接与组装第81-83页
    4.3.3 基因注释结果第83-87页
    4.3.4 SNP及SSR分子标记开发第87-90页
  4.4 讨论第90-92页
    4.1.1 基于Illumina测序平台对杨梅叶绿体基因组的组装第90页
    4.1.2 杨梅叶绿体基因组结构特征第90-92页
第5章 野生杨梅群体遗传及亲缘地理研究第92-120页
  5.1 材料第92-94页
  5.2 方法第94-101页
    5.2.1 基因组DNA提取第94页
    5.2.2 基于RAD-seq对杨梅野生群体亲缘关系的分析第94页
    5.2.3 基于cpDNA序列变异的群体遗传和亲缘地理分析第94-98页
      5.2.3.1 cpDNA引物筛选及群体扩增第94-96页
      5.2.3.2 数据处理及遗传多样性分析第96页
      5.2.3.3 单倍型网络图及系统发育树构建第96-97页
      5.2.3.4 群体遗传结构分析及历史动态分析第97-98页
    5.2.4 基于SSR杨梅群体遗传结构及动态历史分析第98-101页
      5.2.4.1 SSR引物筛选及评价第98-99页
      5.2.4.2 SSR原始数据处理第99-100页
      5.2.4.3 野生杨梅群体遗传多样性和遗传结构分析第100页
      5.2.4.4 野生杨梅群体动态历史分析第100-101页
  5.3 结果分析第101-115页
    5.3.1 基于RAD-seq对杨梅野生群体亲缘关系的研究第101-102页
    5.3.2 cpDNA序列的测序结果第102-103页
    5.3.3 基于cpDNA的单倍型谱系关系分析第103-107页
    5.3.4 SSR引物筛选及评价第107页
    5.3.5 基于cpDNA和SSR的群体遗传多样性第107-111页
    5.3.6 基于SSR的群体遗传结构分析第111-113页
    5.3.7 群体历史动态分析第113-115页
      5.3.7.1 中性检验及失配分布分析第113-114页
      5.3.7.2 地理隔离效应(IBD)检测第114页
      5.3.7.3 群体间基因流(Nm)检测第114-115页
  5.4 讨论第115-119页
    5.4.1 野生杨梅的群体结构、亲缘地理及历史动态第115-117页
    5.4.2 野生杨梅群体的遗传多样性及其种质资源利用与保护第117-119页
  5.5 小结第119-120页
第6章 基于SSR和RAD-seq标记对栽培杨梅驯化起源及品种(系)间关系研究第120-154页
  6.1 材料第121页
  6.2 方法第121-127页
    6.2.1 基因组DNA提取第121页
    6.2.2 基于SSR分子标记对栽培杨梅驯化起源及品种间关系研究第121-125页
      6.2.2.1 SSR群体扩增和测序第121-124页
      6.2.2.2 SSR原始数据处理第124页
      6.2.2.3 群体遗传多样性及遗传结构分析第124-125页
      6.2.2.4 基于SSR标记的栽培杨梅品种(系)间关系的研究第125页
    6.2.3 基于RAD-seq对栽培杨梅驯化起源及品种间关系研究第125-126页
      6.2.3.1 RAD文库的制备和测序第125页
      6.2.3.2 原始数据处理及SNP位点筛选第125-126页
      6.2.3.3 具有亲缘关系的系统树构建第126页
    6.2.4 栽培品种(系)形态和农艺性状分析第126-127页
  6.3 结果第127-147页
    6.3.1 栽培杨梅各品种(系)农艺性状统计第127页
    6.3.2 基于SSR分子标记的栽培杨梅与野生杨梅的群体遗传多样性分析第127-132页
    6.3.3 基于SSR分子标记的群体遗传结构及群体间基因流分析第132-136页
    6.3.4 基于RAD-seq的杨梅群体间亲缘关系分析第136-142页
    6.3.5 不同杨梅栽培品种(系)之间的关系第142-147页
      6.3.5.1 基于SSR标记的栽培品种(系)间的关系第142-144页
      6.3.5.2 基于RAD-seq数据的栽培品种(系)间关系分析第144-147页
  6.4 讨论第147-153页
    6.4.1 驯化对杨梅遗传多样性及群体遗传结构影响第147-148页
    6.4.2 栽培杨梅的驯化起源第148-150页
    6.4.3 不同杨梅品种(系)间的关系第150-153页
  6.5 小结第153-154页
第7章 总结与展望第154-156页
  7.1 总结第154-155页
  7.2 展望第155-156页
参考文献第156-175页
附录第175-178页
在读期间的主要成果第178-180页
致谢第180-181页

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