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解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库的构建和抗菌相关机制研究

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解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库的构建和抗菌相关机制研究
论文目录
 
中文摘要第1-6页
英文摘要第6-14页
1 绪论第14-16页
2 文献综述第16-26页
  2.1 芽孢杆菌的分类地位和生防应用第16-17页
  2.2 芽孢杆菌的生防机理第17-18页
    2.2.1 外分泌抗菌物质第17-18页
    2.2.2 相互竞争作用第18页
    2.2.3 促进生长作用第18页
    2.2.4 诱导植物抗性第18页
  2.3 手性化合物,天然与合成的,历史发现作用第18-26页
    2.3.1 D型氨基酸的细胞内分布和作用第20-21页
    2.3.2 微生物中D型氨基酸的合成途径第21-23页
    2.3.3 微生物细胞壁中的D型氨基酸分布第23-26页
3 解淀粉芽孢杆菌CQBA03基因组文库的构建第26-50页
  3.1 Fosmid库简介、背景和方法第26页
  3.2 研究内容第26-27页
    3.2.1 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组文库的构建第26-27页
    3.2.2 抗菌基因组文库克隆的筛选第27页
    3.2.3 抗菌克隆的测序、信息学分析、大量筛选第27页
    3.2.4 相关基因序列的获得和信息学研究第27页
    3.2.5 相关抗Xcc菌基因功能验证和表达第27页
  3.3 研究技术路线第27-28页
  3.4 试验材料第28-30页
    3.4.1 主要仪器设备第28页
    3.4.2 主要试剂、培养基第28-30页
  3.5 实验步骤第30-41页
    3.5.1 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株和EPI300菌株的兼容性实验第30-31页
    3.5.2 Fosmid文库构建方法第31页
    3.5.3 总DNA提取方法的优化及解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株高质量DNA的获得第31-33页
    3.5.4 高质量基因组DNA的回收第33页
    3.5.5 随机切割插入DNA片段第33-34页
    3.5.6 插入DNA的末端修复第34页
    3.5.7 末端修复DNA大小的选择第34-35页
    3.5.8 回收已分离大小的DNA第35-36页
    3.5.9 Copycontrol Fosmid克隆的包装第36-37页
    3.5.10 Fosmid克隆质粒的提取第37-38页
3.5.11质粒的酶切第38页
3.5.12蛋白酶克隆子的筛选和获得第38-39页
3.5.13含有抗溃疡病基因的文库克隆筛选第39页
3.5.14文库克隆的测序和分析,抗微生物基因相关基因筛选第39-40页
3.5.15抗柑橘溃疡病病菌基因的筛选、克隆、表达第40-41页
  3.6 结果与分析第41-50页
    3.6.1 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株和EPI300菌的混合培养实验第41-42页
    3.6.2 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株总DNA的提取条件的摸索第42-43页
    3.6.3 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组DNA的优化第43-44页
    3.6.4 补平末端和合适大小片段的回收第44页
    3.6.5 文库效价第44-45页
    3.6.6 文库容量第45-46页
    3.6.7 蛋白酶克隆子的筛选第46-47页
    3.6.8 蛋白酶克隆的复筛第47-48页
    3.6.9 抗菌克隆子的获得第48-50页
4 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株基因组Fosmid文库06号克隆分析第50-76页
  4.1 06号文库克隆ORF注释信息第50-52页
  4.2 ORF功能归类第52-53页
  4.3 解淀粉芽孢杆菌菌株CQBA03菌株生理相关基因注释第53-57页
  4.4 解淀粉芽孢杆菌菌株CQBA03菌株抗微生物相关基因注释第57-60页
  4.5 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株未知基因注释第60-63页
  4.6 解淀粉芽孢杆菌株CQBA03昆虫毒性蛋白第63页
  4.7 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株Fosmid文库06号克隆KEGG分析第63-74页
小结第74-76页
5 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株抗菌小肽基因的筛选和表达第76-90页
  5.1 研究内容第76页
    5.1.1 相关基因序列的获得和信息学研究第76页
    5.1.2 相关抗菌基因功能验证和表达第76页
  5.2 研究技术路线第76-77页
  5.3 材料第77-79页
    5.3.1 供试材料及菌株第77页
    5.3.2 主要仪器设备第77-78页
    5.3.3 主要试剂及配方第78-79页
  5.4 实验步骤第79-83页
    5.4.1 抗柑橘溃疡溃疡病菌基因的筛选和克隆第79-80页
    5.4.2 基因生物信息学分析第80页
    5.4.3 抗柑橘溃疡溃疡病菌基因的克隆、表达、纯化和分析第80-83页
    5.4.4 蛋白样品浓度测定第83页
  5.5 结果第83-87页
    5.5.1 抗柑橘溃疡病病菌的可能外分泌基因的筛选和分析第83-85页
    5.5.2 抗柑橘溃疡病病菌的基因的克隆第85-86页
    5.5.3 抗柑橘溃疡病病菌的基因的表达、纯化和活性第86-87页
  5.6 小结第87页
  5.7 讨论第87-90页
6 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株分泌D型氨基酸的抗菌/杀菌机制初步研究第90-124页
  6.1 引言第90页
  6.2 研究内容第90-91页
  6.3 研究技术路线第91-92页
  6.4 材料第92-93页
    6.4.1 供试材料及菌株第92页
    6.4.2 试剂及配方第92页
    6.4.3 仪器设备第92-93页
  6.5 研究方法第93-103页
    6.5.1 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株 1-15d分泌型氨基酸的分析第93-94页
    6.5.2 样本前处理第94页
    6.5.3 实验参数第94-97页
    6.5.4 D型氨基酸和L型氨基酸对Xcc菌体的抑制作用第97页
    6.5.5 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株中D型氨基酸的测定第97-100页
    6.5.6 D-aas和L-aas对Xcc菌体的最小抑制浓度第100页
    6.5.7 D型氨基酸对Xcc菌体形态的改变作用第100-101页
    6.5.8 D-亮氨酸对Xcc致病能力的改变第101页
    6.5.9 Xcc菌体细胞壁肽聚糖中氨基酸的测定第101-102页
    6.5.10 D-leu作用后Xcc细胞活力的改变第102页
    6.5.11实验室条件下, D-leu对对柑橘溃疡病(CBCD)的防治作用第102-103页
  6.6 研究结果第103-121页
    6.6.1 分泌的氨基酸种类第103-104页
    6.6.2 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株 1-15天分泌型氨基酸的含量第104-105页
    6.6.3 解淀粉芽孢杆菌CQBA03菌株培养液游离氨基酸含量变化第105-107页
    6.6.4 DL-亮氨酸的测定结果第107-108页
    6.6.5 D-aas和L-aas对Xcc菌体的最小抑制浓度第108-109页
    6.6.6 D-Leu对Xcc菌体形态的改变作用第109-112页
    6.6.7 低浓度D型亮氨酸酸对Xcc的影响第112-113页
    6.6.8 链状菌体的显微结构第113-114页
    6.6.9 D-Leu处理Xcc菌后,不同时期的菌体活力变化第114-116页
    6.6.10 D-Leu处理后Xcc菌后致病能力的变化第116-117页
    6.6.11实验室条件下, D-leu对对柑橘溃疡病(CBCD)的防治作用第117-118页
    6.6.12 D-leu对Xcc菌侵染能力的影响第118-119页
    6.6.13 D-Leu处理后Xcc菌细胞壁肽聚糖中氨基酸变化第119-121页
  6.7 小结第121-122页
  6.8 讨论第122-124页
7 主要结论与后续工作建议第124-126页
  7.1 主要结果第124页
  7.2 创新点第124页
  7.3 后续工作建议第124-126页
致谢第126-128页
参考文献第128-144页
附录第144页
  A. 攻读博士期间主要个人成果及专利:第144页

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