寄养金华仔猪肠道微生物的宏基因组研究

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寄养金华仔猪肠道微生物的宏基因组研究

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寄养金华仔猪肠道微生物的宏基因组研究

论文目录
摘要	第1-10页
ABSTRACT	第10-12页
高频词对照表	第12-13页
第一章文献综述	第13-32页
1 引言	第13-14页
2 寄养对仔猪生长性状的影响	第14-15页
3 肠道微生物功能及其影响因素研究进展	第15-28页
3.1 肠道微生物与能量代谢调控及肥胖的关系	第15-18页
3.2 肠道微生物与疾病、免疫的关系	第18-24页
3.3 影响肠道微生物结构的因素	第24-28页
4 猪肠道微生物研究进展	第28-29页
5 微生物宏基因组学研究进展	第29-32页
5.1 微生物学研究方法概述	第29-30页
5.2 宏基因组技术	第30-31页
5.3 微生物基因组计划	第31-32页
第二章寄养对金华仔猪生长性状的影响	第32-43页
1 前言	第32页
2 材料与方法	第32-34页
2.1 实验动物与实验设计	第32-34页
2.2 样本采集	第34页
2.3 性状测定	第34页
3 数据分析	第34页
4 结果与分析	第34-37页
4.1 生长性状	第34-36页
4.2 石蜡切片(H&E染色)	第36页
4.3 各组间肌纤维平均直径比较	第36-37页
5 讨论	第37-42页
5.1 仔猪平均日增重差异及原因	第37-41页
5.2 仔猪肌纤维平均直径的差异及原因	第41-42页
6 小结	第42-43页
第三章仔猪肠道微生物宏基因组文库构建	第43-64页
1 前言	第43页
2 材料与方法	第43-53页
2.1 样品采集	第43-44页
2.2 方法与步骤	第44-53页
3 结果与分析	第53-60页
3.1 Total DNA的质量检测	第53页
3.2 16S rDNA V3区PCR扩增凝胶电泳结果	第53-54页
3.3 高通量测序结果	第54-55页
3.4 数据预处理结果	第55-58页
3.5 OTU信息	第58-59页
3.6 稀释曲线图	第59-60页
4 讨论	第60-63页
4.1 采样部位的选择	第60页
4.2 扩增区域的选择	第60-61页
4.3 OTU挑选的方法学缺陷	第61页
4.4 基于16S rRNA的下一代测序结果的偏差	第61-63页
5 小结	第63-64页
第四章仔猪肠道微生物多样性分析	第64-94页
1 前言	第64页
2 分析策略及方法	第64-66页
2.1 物种注释与菌群结构分析	第64页
2.2 Alpha diversity分析	第64-65页
2.3 Beta diversity分析	第65-66页
2.4 LDA Effect Size(LEfSe)分析	第66页
3 结果与分析	第66-87页
3.1 物种注释结果	第66-67页
3.2 菌群结构组成	第67-71页
3.3 Alpha diversity分析结果	第71-76页
3.4 Beta diversity分析结果	第76-80页
3.5 OTU差异分析结果	第80-87页
4 讨论	第87-93页
4.1 仔猪菌群结构分析	第87-88页
4.2 微生物群落多样性分析	第88页
4.3 品种间仔猪肠道微生物的差异	第88-89页
4.4 寄养后,仔猪肠道微生物结构的变化及其原因	第89-92页
4.5 食物对仔猪肠道微生物的影响	第92-93页
5 小结	第93-94页
第五章结论与展望	第94-97页
1 本文研究总结	第94-95页
2 下一步工作的思路和方向	第95-97页
参考文献	第97-105页
致谢	第105-106页
附录	第106-115页
博士在读期间发表的论文	第115页

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