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猪皮下脂肪组织发育过程mRNA转录组鉴定和差异分析

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猪皮下脂肪组织发育过程mRNA转录组鉴定和差异分析
论文目录
 
摘要第1-8页
Abstract第8-16页
第一章 文献综述第16-40页
第一节 脂肪组织第16-26页
  1.1 脂肪组织的结构与功能第16-17页
  1.2 脂肪组织的发育第17-21页
  1.3 影响脂肪组织发育的因素一激素第21-22页
  1.4 脂肪组织发育与脂肪摄入第22-23页
  1.5 皮下与内脏脂肪组织的代谢差异第23-24页
  1.6 皮下脂肪组织在肥胖代谢并发症中的作用第24-26页
第二节 数字基因表达谱(DGE)第26-32页
  2.1 转录组测序第26-28页
  2.2 DGE的定义第28-29页
  2.3 DGE的优点第29-30页
  2.4 DGE实验流程第30-31页
  2.5 DGE实验Tag制备的详细原理和步骤第31-32页
  2.6 DGE生物信息学分析流程第32页
第三节 研究肥胖及代谢综合症的理想模型—猪第32-40页
  3.1 猪肥胖模型的胰岛素抵抗和动脉粥样硬化第33-35页
  3.2 TLR4在猪脂肪细胞中的功能性表达第35页
  3.3 猪脂肪组织的炎症第35-36页
  3.4 猪的脂联素第36-40页
第二章 本研究选题背景与目的意义第40-42页
第一节 选题背景第40-41页
第二节 主要研究内容第41页
第三节 研究的目的意义第41-42页
第三章 材料与方法第42-59页
1 实验动物第42页
2 实验仪器与主要试剂第42-44页
  2.1 主要仪器设备第42-43页
  2.2 主要试剂第43-44页
3 试验方法第44-59页
  3.1 脂肪细胞体积测定第44-45页
  3.2 脂肪组织总RNA提取第45-46页
  3.3 总RNA质检第46-48页
    3.3.1 甲醛变性琼脂糖凝胶电泳第46页
    3.3.2 总RNA浓度的测定第46-47页
    3.3.3 总RNA毛细管电泳检测第47-48页
  3.4 测序文库构建第48-49页
  3.5 DGE数据分析方法第49-54页
    3.5.1 数据来源第49页
    3.5.2 参考数据库第49-50页
    3.5.3 原始序列数据第50页
    3.5.4 去除杂质数据第50-51页
    3.5.5 基因组定位第51页
    3.5.6 转录本定量第51页
    3.5.7 差异基因筛选第51-52页
    3.5.8 反义链转录分析第52页
    3.5.9 新转录本检测第52页
    3.5.10 差异基因层级聚类分析第52页
    3.5.11 差异基因功能富集分析第52-53页
    3.5.12 Pathway显著性富集分析第53页
    3.5.13 STEM分析第53-54页
  3.6 脂肪组织总DNA提取第54页
  3.7 线粒体DNA拷贝数的测定第54-56页
    3.7.1 荧光定量反应条件第55页
    3.7.2 结果统计第55-56页
  3.8 DGE数据可靠性验证第56-58页
    3.8.1 DGE数据来源第56页
    3.8.2 Q-PCR分析第56-57页
    3.8.3 cDNA的合成第57页
    3.8.4 荧光定量反应条件第57页
    3.8.5 结果统计第57-58页
  3.9 数据分析第58-59页
第四章 结果与分析第59-108页
1 不同发育阶段表型分析结果第59-62页
  1.1 不同发育阶段猪体重测定结果第59页
  1.2 不同发育阶段脂肪细胞体积测定结果第59-60页
  1.3 不同发育阶段脂肪代谢指标的测定第60-62页
2 脂肪组织总RNA提取结果第62-63页
  2.1 总RNA甲醛变性琼脂糖凝胶检测结果第62页
  2.2 总RNA毛细管电泳检测结果第62-63页
3 不同发育阶段脂肪组织转录组特征分析第63-76页
  3.1 DGE数据统计第63-68页
  3.2 DGE测序质量评估第68-69页
  3.3 DGE测序饱和度分析第69-70页
  3.4 Clean tags拷贝数分布统计第70-71页
  3.5 Clean tag比对统计第71-72页
  3.6 反义链转录分析第72页
  3.7 新转录本分析第72-74页
  3.8 DGE标签与基因的关系第74-75页
  3.9 实验重复性分析第75-76页
4 不同发育阶段脂肪组织转录组差异分析第76-107页
  4.1 差异表达基因的鉴定第76-77页
  4.2 差异表达基因层级聚类和主成分分析第77-78页
  4.3 差异表达基因功能富集分析第78-100页
  4.4 差异表达基因染色体分布第100页
  4.5 差异基因短时间序列表达分析(STEM)第100-103页
  4.6 年龄相关的差异基因第103-105页
  4.7 线粒体相关基因分析第105-107页
5 测序结果的可靠性验证第107-108页
第五章 讨论第108-115页
1 DGE在转录组分析中的应用第108-109页
2 脂肪发育过程中高表达的基因第109-110页
3 线粒体在脂肪发育过程中的作用第110-111页
4 差异基因富集的生物学过程第111-112页
5 皮下脂肪组织发育过程中细胞体积差异与功能的关系第112-113页
6 影响猪脂肪组织发育的因素第113-114页
7 DGE结果的可靠性第114-115页
第六章 结论与创新点第115-117页
1 结论第115页
2 本研究创新点第115-116页
3 下一步工作第116-117页
参考文献第117-134页
致谢第134-136页
博士在读期间发表的论文第136-137页
附录第137-153页

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