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秦川牛脂肪组织转录组学研究及长链非编码RNA的筛选与鉴定

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秦川牛脂肪组织转录组学研究及长链非编码RNA的筛选与鉴定
论文目录
 
摘要第1-8页
ABSTRACT第8-13页
第一章 文献综述第13-27页
  1.1 牛脂肪生成与脂肪组织发育第13-15页
    1.1.1 脂肪组织和脂肪细胞的发育与分化第13-14页
    1.1.2 脂肪生成的调控机制第14-15页
  1.2 牛脂肪组织转录组学研究现状第15-16页
  1.3 长链非编码RNA研究现状第16-26页
    1.3.1 lncRNA的定义及特点第16-18页
    1.3.2 lncRNA的调控机制第18-21页
    1.3.3 lncRNA在各种生物学过程中发挥作用第21-24页
    1.3.4 lncRNA在牛上的研究进展第24-26页
  1.4 本研究的目的、意义及内容第26-27页
    1.4.1 研究的目的及意义第26页
    1.4.2 研究主要内容第26-27页
第二章 秦川牛不同脂肪组织差异表达基因的筛选和鉴定第27-53页
  2.1 前言第27页
  2.2 材料与方法第27-33页
    2.2.1 试验动物及样本采集第27页
    2.2.2 转录组测序第27-29页
    2.2.3 测序数据的统计与分析第29-31页
    2.2.4 差异表达基因的功能富集分析第31页
    2.2.5 差异表达基因的qRT-PCR定量验证第31-32页
    2.2.6 主要仪器第32-33页
    2.2.7 主要试剂第33页
  2.3 结果与分析第33-49页
    2.3.1 RNA提取质量检测第33页
    2.3.2 测序原始数据质量评估第33-35页
    2.3.3 测序序列与参考基因组的比对第35-36页
    2.3.4 转录本的拼接及表达情况第36-37页
    2.3.5 差异表达基因的筛选和功能富集分析第37-44页
    2.3.6 差异表达基因的鉴定第44-47页
    2.3.7 单核苷酸变异和插入缺失突变的分析第47-49页
  2.4 讨论第49-52页
    2.4.1 链特异性转录组测序技术第49-50页
    2.4.2 成年牛不同部位脂肪组织转录组差异第50-51页
    2.4.3 不同年龄段牛皮下脂肪组织转录组差异第51-52页
    2.4.4 牛脂肪组织单核苷酸变异和插入缺失突变第52页
  2.5 小结第52-53页
第三章 秦川牛不同脂肪组织差异表达长链非编码RNA的筛选和鉴定第53-75页
  3.1 前言第53页
  3.2 材料与方法第53-56页
    3.2.1 试验样本及总RNA提取第53页
    3.2.2 lncRNA筛选第53-55页
    3.2.3 lncRNA序列结构分析第55页
    3.2.4 lncRNA表达量计算及差异表达lncRNA的筛选第55页
    3.2.5 lncRNA邻近基因的筛选和功能富集分析第55-56页
    3.2.6 lncRNA表达的实时定量验证第56页
    3.2.7 主要仪器、试剂第56页
  3.3 结果与分析第56-70页
    3.3.1 牛脂肪组织表达lncRNA的筛选第56-57页
    3.3.2 牛脂肪组织长链非编码RNA序列结构分析第57-60页
    3.3.3 不同脂肪组织差异表达lncRNA的筛选及其邻近基因的功能富集分析第60-67页
    3.3.4 差异表达lncRNA的鉴定第67-70页
  3.4 讨论第70-73页
    3.4.1 牛脂肪组织lncRNA的筛选第70-71页
    3.4.2 牛脂肪组织lncRNA染色体分布第71页
    3.4.3 牛脂肪组织lncRNA序列特征第71-72页
    3.4.4 牛脂肪组织lncRNA表达模式及功能预测第72-73页
  3.5 小结第73-75页
第四章Lnc_625 miRNA结合位点验证第75-84页
  4.1 前言第75页
  4.2 材料与方法第75-79页
    4.2.1 试验材料第75页
    4.2.2 试验方法第75-78页
    4.2.3 主要仪器、试剂第78-79页
  4.3 结果与分析第79-82页
    4.3.1 Lnc_625 在牛皮下脂肪组织特异性表达第79-80页
    4.3.2 Lnc_625 序列miRNA结合位点分析第80页
    4.3.3 测序及序列分析比对第80-81页
    4.3.4 Lnc625 与bta-miR-125b作用验证结果第81-82页
  4.4 讨论第82-83页
    4.4.1 miRNA靶基因的预测第82页
    4.4.2 miRNA靶基因的验证第82-83页
  4.5 小结第83-84页
第五章 牛生长发育性状相关候选基因遗传变异分析第84-96页
  5.1 前言第84页
  5.2 材料与方法第84-86页
    5.2.1 试验材料第84页
    5.2.2 DNA提取和基因遗传变异的扫描第84-85页
    5.2.3 基因分型第85-86页
    5.2.4 数据统计与分析第86页
  5.3 结果与分析第86-94页
    5.3.1 SNP的筛查第86-88页
    5.3.2 遗传变异的基因分型第88-89页
    5.3.3 群体遗传学参数分析第89-90页
    5.3.4 遗传变异与牛生长和胴体性状的关联分析第90-94页
  5.4 讨论第94页
    5.4.1 IGFALS基因遗传变异效应分析第94页
    5.4.2 NCAPG基因遗传变异效应分析第94页
  5.5 小结第94-96页
第六章 结论与创新点第96-98页
  6.1 结论第96-97页
  6.2 创新点第97页
  6.3 进一步研究内容第97-98页
参考文献第98-113页
附录第113-123页
缩略词表第123-124页
致谢第124-125页
个人简介第125页

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