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“黔阳无核”椪柑无核机理及雄性不育相关基因发掘

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“黔阳无核”椪柑无核机理及雄性不育相关基因发掘
论文目录
 
摘要第1-12页
ABSTRACT第12-17页
缩略词表第17-18页
第一章 前人研究进展第18-40页
1 课题提出第18-19页
2 柑橘无核研究进展第19-23页
  2.1 雄性不育第19-21页
  2.2 囊败育或异常第21-22页
  2.3 胚中途败育第22页
  2.4 自交不亲和第22-23页
  2.5 外界环境因素第23页
3 无核分子机理第23-37页
  3.1 雄性不育分子机理第24-34页
    3.1.1 雄蕊发育的细胞学过程第24-27页
    3.1.2 雄蕊发育分子机理第27-34页
  3.2 胚囊败育机理第34-37页
4 无核芽变相关差异基因的鉴定和克隆第37-39页
  4.1 SSH技术与基因芯片第37-38页
  4.2 高通量测序技术第38-39页
5 本研究的目的和内容第39-40页
第二章 “黔阳无核”椪柑表型分析和分子标记检测第40-55页
1 引言第40页
2 材料和方法第40-48页
  2.1 实验材料第40-41页
  2.2 实验方法第41-48页
    2.2.1 花器官形态分析第41页
    2.2.2 花粉量测定第41页
    2.2.3 花粉活力检测第41页
    2.2.4 花粉体外萌芽率检测第41-42页
    2.2.5 小孢子四分体形态观察第42页
    2.2.6 花粉扫描电镜(SEM)观察第42页
    2.2.7 基因组水平差异分析第42-48页
3 结果与分析第48-54页
  3.1 花器官表型分析第48-52页
  3.2 QS与EG分子标记分析第52-54页
4 讨论第54-55页
第三章 利用SSH-cDNA文库和定制芯片筛选无核相关的基因第55-91页
1 引言第55页
2 材料和方法第55-69页
  2.1 实验材料第55页
  2.2 RNA提取以及mRNA分离第55-56页
  2.3 SSH-cDNA文库的构建第56-66页
    2.3.1 第一链cDNA合成第57页
    2.3.2 第二链cDNA(ds-cDNA)合成第57-58页
    2.3.3 Rsa Ⅰ酶切第58-59页
    2.3.4 接头的连接第59页
    2.3.5 连接效率检测第59-61页
    2.3.6 第一轮杂交第61页
    2.3.7 第二轮杂交第61-62页
    2.3.8 两次PCR扩增第62-63页
    2.3.9 抑制差减杂交效果验证第63-64页
    2.3.10 PCR产物片段回收与纯化第64-65页
    2.3.11 SSH-cDNA初始文库的建立第65-66页
  2.4 SSH-cDNA文库的筛选第66-68页
    2.4.1 SSH-cDNA文库PCR扩增第67页
    2.4.2 PCR产物纯化第67-68页
    2.4.3 芯片探针设计第68页
  2.5 序列生物信息学分析第68-69页
  2.6 候选基因qRT-PCR(quantitative real-time PCR)分析第69页
3 结果与分析第69-86页
  3.1 RNA质量和mRNA分离效果第69-70页
  3.2 ds-cDNA酶切连接效率检测第70-71页
  3.3 文库插入片段检测第71-72页
  3.4 差减效率检测第72-73页
  3.5 文库克隆PCR检测第73页
  3.6 Microarray芯片筛选差异克隆第73-79页
    3.6.1 RNA质量检测第73-74页
    3.6.2 芯片探针制备第74-75页
    3.6.3 芯片杂交与差异探针筛选第75-79页
  3.7 差异基因GO注释和代谢途径分析第79-82页
  3.8 转录因子的筛选第82-83页
  3.9 microarray芯片数据的验证第83-86页
4 讨论第86-91页
  4.1 SSH-cDNA文库的构建和材料的选择第86-87页
  4.2 差异氨基酸代谢途径第87-89页
  4.3 差异表达的转录因子第89-91页
第四章 RNA-seq筛选QS和EG雄蕊发育差异表达的基因第91-123页
1 引言第91页
2 材料和方法第91-97页
  2.1 实验材料第91页
  2.2 实验方法第91-97页
    2.2.1 RNA提取与质检第91-92页
    2.2.2 RNA-seq试验及数据处理第92-93页
    2.2.3 测序数据的评估第93-94页
    2.2.4 差异表达基因鉴定及功能分析第94页
    2.2.5 qRT-PCR对结果验证第94-96页
    2.2.6 内源激素含量的测定第96-97页
3 结果与分析第97-117页
  3.1 RNA-seq测序结果统计与评估第97-100页
  3.2 RNA-seq测序结果的qRT-PCR验证第100-101页
  3.3 基于RNA-seq结果分析MS相关功能基因第101-106页
  3.4 差异DEGs筛选以及功能注释第106-109页
  3.5 代谢通路(pathway)显著性富集分析第109-111页
  3.6 激素代谢相关DEGs筛选和表达分析第111-113页
  3.7 不同组织部位JA等激素的含量第113-117页
4 讨论第117-123页
  4.1 RT-PCR对RNA-seq测序结果的验证第117页
  4.2 QS和EG小花蕾(SF)时期差异基因分析第117-119页
  4.3 QS和EG花药(AN)时期差异基因分析第119-121页
  4.4 激素在QS雄蕊发育过程中的作用第121-122页
  4.5 QS雄蕊败育可能的分子机制第122-123页
第五章 无核相关基因MSLP和AP2-ERF的克隆和表达分析第123-137页
1 引言第123-124页
2 材料和方法第124-126页
  2.1 实验材料第124页
  2.2 实验方法第124-126页
    2.2.1 实时荧光定量PCR(qRT-PCR)分析第124页
    2.2.2 MSLP和AP2-ERF基因cDNA全长克隆第124-125页
    2.2.3 MSLP和AP2-ERF基因生物信息学分析第125-126页
    2.2.4 MSLP和AP2-ERF基因的拷贝数分析第126页
3 结果与分析第126-133页
  3.1 MSLP和AP2-ERF在QS和EG中表达模式分析第126-128页
  3.2 不同柑橘品种中MSLP基因cDNA全长比较第128-130页
  3.3 MSLP基因生物信息学分析第130-132页
  3.4 MSLP基因在QS和EG中拷贝数分析第132-133页
4 讨论第133-137页
  4.1 柑橘MSLP、AP2-ERF基因cDNA序列分析第133-134页
  4.2 柑橘MSLP基因在柑橘中功能预测第134-135页
  4.3 柑橘MSLP、AP2-ERF基因拷贝数与柑橘品种的关系第135-137页
参考文献第137-154页
博士期间发表的论文第154-155页
致谢第155页

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