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大豆疫霉菌阶段发育和毒性变异相关小RNA的鉴定及分析

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大豆疫霉菌阶段发育和毒性变异相关小RNA的鉴定及分析
论文目录
 
摘要第1-7页
ABSTRACT第7-13页
第一章 文献综述第13-38页
  1.1 植物病原卵菌第13-14页
  1.2 重要的疫霉菌及其危害第14-15页
  1.3 疫霉菌的遗传学与生物学第15-20页
    1.3.1 疫霉菌的生活史第15-17页
    1.3.2 疫霉菌的遗传与变异第17-18页
    1.3.3 疫霉菌的遗传操作第18页
    1.3.4 疫霉菌无毒基因的克隆第18-20页
  1.4 疫霉菌的基因组学和转录组学第20-23页
    1.4.1 疫霉菌的基因组学第20-22页
    1.4.2 疫霉菌的转录组学第22-23页
  1.5 疫霉菌-植物互作第23-26页
    1.5.1 疫霉菌的效应蛋白第23-24页
    1.5.2 植物免疫系统第24-26页
  1.6 小RNA与基因沉默第26-35页
    1.6.1 RNAi的发现第26-27页
    1.6.2 siRNA的发现、加工和作用方式第27-29页
    1.6.3 miRNA的发现、加工和作用方式第29-31页
    1.6.4 piRNA的发现、加工和作用方式第31-33页
    1.6.5 tRNA来源小RNA的研究进展第33-35页
    1.6.6 小RNA在植物病原互作过程中的作用第35页
  1.7 疫霉菌小RNA的研究概况第35-36页
  1.8 本研究的目的和意义第36-38页
第二章 卵菌编码具有功能的tRNA来源的小RNA分子第38-72页
  2.1 背景简介第38-39页
  2.2 结果与分析第39-63页
    2.2.1 大豆疫霉菌tsRNA的鉴定第39-44页
    2.2.2 大豆疫霉菌tsRNA的Northern验证及其保守性分析第44-46页
    2.2.3 大豆疫霉菌tsRNA的表达分析第46-50页
    2.2.4 大豆疫霉菌tsRNA靶标基因的确定第50-53页
    2.2.5 tsRNA的累积与靶标基因的表达呈负相关第53-56页
    2.2.6 tsRNA介导靶标基因在结合位点附近的多个位点降解第56-62页
    2.2.7 tsRNA结合位点对抑制靶标基因表达至关重要第62-63页
  2.3 讨论第63-68页
  2.4 材料与方法第68-72页
    2.4.1 大豆疫霉菌菌株、培养以及接菌条件第68-69页
    2.4.2 RNA提取第69页
    2.4.3 深度测序第69页
    2.4.4 小RNA克隆第69页
    2.4.5 Northern杂交分析第69-70页
    2.4.6 RNA定量分析第70页
    2.4.7 RLM RACE分析第70页
    2.4.8 GUS感知器分析第70-71页
    2.4.9 计算分析第71-72页
第三章 tsRFinder的开发及大豆疫霉菌tsRNA的重测序第72-92页
  3.1 背景简介第72-73页
  3.2 结果与分析第73-88页
    3.2.1 tsRFinder的框架及模块第73-75页
    3.2.2 tsRFinder的使用第75-77页
    3.2.3 tsRFinder的应用例子:拟南芥中的tsRNA第77-78页
    3.2.4 大豆疫霉菌小RNA的重测序第78-87页
    3.2.5 降解组辅助的大豆疫霉菌tsRNA靶标分析第87-88页
  3.3 讨论第88-90页
  3.4 材料与方法第90-92页
    3.4.1 tsRFinder的开发与调试第90页
    3.4.2 大豆疫霉菌重测序数据的获得与分析第90-91页
    3.4.3 大豆疫霉菌tsRNA的Northern杂交第91页
    3.4.4 降解组辅助的靶基因的分析第91-92页
第四章 大豆疫霉菌中小RNA介导的RXLR基因沉默第92-110页
  4.1 背景简介第92-93页
  4.2 结果与分析第93-104页
    4.2.1 Avr1b-1-sRNA的发现第93-94页
    4.2.2 Avr1b-1-sRNA引发的基因沉默信号只在毒性菌株中累积第94-96页
    4.2.3 小RNA与大量RXLR效应蛋白基因表达相关第96-98页
    4.2.4 双向转录介导的Avr1b-1-sRNA的产生第98-100页
    4.2.5 启动子的短序列变异与Avr1b-1和Avr1b-1-sRNA的转录相关联第100-102页
    4.2.6 启动子区域短序列插入/缺失变异广泛存在且受自然选择第102-104页
  4.3 讨论第104-108页
  4.4 材料与方法第108-110页
    4.4.1 生物信息学分析第108页
    4.4.2 大豆疫霉菌菌株及其培养第108页
    4.4.3 大豆幼苗的接菌第108-109页
    4.4.4 疫霉菌及植物RNA的提取第109页
    4.4.5 Northern杂交试验第109页
    4.4.6 RT-PCR分析第109-110页
第五章 结论第110-113页
  5.1 结论第110-111页
  5.2 创新点第111-112页
  5.3 展望第112-113页
参考文献第113-145页
附录第145-148页
致谢第148-149页
作者简介第149-150页

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