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基于iTRAO技术的传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的亚细胞蛋白组分析

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基于iTRAO技术的传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的亚细胞蛋白组分析
论文目录
 
论文创新点第11-13页
摘要第13-15页
Abstract第15-17页
研究意义第17-18页
技术路线第18-19页
第一部分 文献综述第19-51页
第一章 鸡传染性法氏囊病病毒的研究进展第19-28页
1 IBDV的基因组结构和编码蛋白第19-23页
  1.1 VP1蛋白第19-20页
  1.2 VP2蛋白第20-21页
  1.3 VP3蛋白第21页
  1.4 VP4蛋白第21-22页
  1.5 VP5蛋白第22-23页
  1.6 5’-NCR和3’-NCR第23页
2 病毒形态结构、复制和繁殖第23-25页
  2.1 病毒的形态和结构第23页
  2.2 IBDV的复制和繁殖第23-25页
3 IBDV的致病性与免疫抑制第25-26页
  3.1 IBDV的致病性第25页
  3.2 IBDV引起的免疫抑制第25-26页
4 IBDV与宿主的相互作用研究第26-28页
第二章 定量蛋白质组学及其在病毒学研究中的应用第28-41页
1 蛋白质组学研究技术第28-34页
  1.1 定量蛋白质组学第28-34页
    1.1.1 荧光差异双向电泳技术--DIGE第29-30页
    1.1.2 细胞培养稳定同位素标记技术--SILAC第30-31页
    1.1.3 同位素亲和标签技术--ICAT第31-32页
    1.1.4 同位素标记相对和绝对定量技术--iTRAQ第32-34页
2 亚细胞蛋白质组学第34-41页
  2.1 细胞核蛋白质组学第35-37页
    2.1.1 核膜蛋白质组学第36页
    2.1.2 核仁蛋白质组学第36-37页
    2.1.3 核孔复合物蛋白质组第37页
  2.2 线粒体蛋白质组学第37-38页
  2.3 细胞骨架蛋白质组学第38页
  2.4 膜蛋白质组学第38-39页
  2.5 其他细胞器蛋白质组学第39-41页
    2.5.1 高尔基体蛋白质组学第39页
    2.5.2 内质网蛋白质组学第39-40页
    2.5.3 过氧化物酶体和溶酶体蛋白质组学第40-41页
第三章 Rho GTPases蛋白研究进展第41-51页
1 Rho GTPases第41-44页
  1.1 Rho GEFs第43页
  1.2 Rho GAPs第43-44页
  1.3 Rho GDIs第44页
2 Rho GTPases的信号途径第44-48页
  2.1 Rho GTPases的上游信号途径第44-45页
  2.2 Rho GTPases的下游信号途径第45-48页
    2.2.1 PAKs(p21-activated kinase)第45-46页
    2.2.2 Rho连接激酶(Rho associated coiled-coiled kinase,ROCK)第46-47页
    2.2.3 IQGApl(IQ motif containing GTPase-activating protein 1)第47-48页
3 Rho GTPases与细胞骨架第48-51页
第二部分 研究内容第51-106页
第一章 基于ITRAQ技术的传染性法氏囊病病毒感染DF-1细胞的亚细胞蛋白组分析第51-89页
摘要第51-53页
1 材料与方法第53-62页
  1.1 实验材料第53-54页
    1.1.1 毒株与细胞第53页
    1.1.2 试剂与药品第53-54页
    1.1.3 抗体第54页
    1.1.4 仪器和软件第54页
  1.2 实验方法第54-62页
    1.2.1 样品制备第54-55页
      1.2.1.1 样品准备第54-55页
      1.2.1.2 流式细胞仪对样品感染率的检测第55页
      1.2.1.3 预实验SDS-PAGE电泳第55页
    1.2.2 酶解和肽段定量第55-56页
    1.2.3 肽段标记第56页
    1.2.4 毛细管高效液相色谱第56页
    1.2.5 质谱鉴定第56-57页
    1.2.6 数据分析第57-58页
      1.2.6.1 原始质谱数据及Maxquant数据库搜索第57-58页
      1.2.6.2 定量分析第58页
    1.2.7 生物信息学分析第58-59页
      1.2.7.1 层次聚类分析第58-59页
      1.2.7.2 差异蛋白的功能分类第59页
      1.2.7.3 构建差异蛋白互作网络分析第59页
    1.2.8 引物设计第59-62页
    1.2.9 Western blot验证第62页
    1.2.10 免疫荧光(IFA)验证第62页
2 结果第62-83页
  2.1 样品制备第62-64页
  2.2 预实验SDS-PAGE电泳第64页
  2.3 酶解肽段浓度测定第64-65页
  2.4 蛋白质鉴定结果第65-75页
  2.5 差异表达蛋白的功能分类第75-76页
  2.6 差异表达蛋白的转录本分析第76-77页
  2.7 差异表达蛋白的IPA分析第77-80页
  2.8 差异表达蛋白的免疫荧光验证第80-82页
  2.9 差异表达蛋白的Western blot鉴定第82-83页
3 讨论第83-89页
  3.1 病毒感染与干扰素诱导效应蛋白第85页
  3.2 病毒感染与RNA加工、凋亡相关蛋白第85-89页
第二章 RhoGDI及其相关信号通路蛋白在鸡传染性法氏囊病病毒感染中的功能分析第89-106页
搞要第89-91页
1 材料与方法第91-95页
  1.1 实验材料第91页
    1.1.1 病毒,细胞、载体和抗体第91页
    1.1.2 试剂、材料和仪器第91页
  1.2 实验方法第91-95页
    1.2.1 感染样品的制备第91-92页
    1.2.2 总RNA抽提第92页
    1.2.3 反转录第92页
    1.2.4 Real-time PCR与数据分析第92-93页
    1.2.5 Western blot验证第93页
    1.2.6 脂质体介导的细胞转染第93-94页
    1.2.7 免疫荧光(IFA)验证第94页
    1.2.8 免疫共沉淀分析第94页
    1.2.9 RhoGDI的过表达第94-95页
    1.2.10 病毒滴度测定第95页
2 结果第95-103页
  2.1 IBDV感染对宿主DF-1细胞RhoGDI及相关信号通路基因转录水平的影响第95-96页
  2.2 IBDV感染对宿主DF-1细胞RhoGDI蛋白水平的检测第96-97页
  2.3 真核过表达RhoGDI对病毒的主要编码基因的转录水平的影响第97-98页
  2.4 真核过表达RhoGDI对病毒的主要编码蛋白表达水平的影响第98-99页
  2.5 真核过表达RhoGDI对IBDV病毒滴度的影响第99-100页
  2.6 真核过表达病毒编码蛋白VP3对RhoGDI转录水平的影响第100-101页
  2.7 真核过表达病毒编码蛋白VP3对RhoGDI的蛋白表达水平的影响第101页
  2.8 IBDV编码蛋白VP3与RhoGDI效应蛋白RhoA的相互作用分析第101-103页
3 讨论第103-106页
总结与展望第106-108页
参考文献第108-121页
第三部分 附录第121-130页
附录A 缩略词第121-123页
附录B 常用缓冲液及培养基配方第123-129页
附录C 攻读博士期间录用或待发表的学术论文第129-130页
致谢第130页

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