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百合不同器官转录组分析及SSR标记开发应用
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百合不同器官转录组分析及SSR标记开发应用
论文目录
 
致谢第1-7页
摘要第7-9页
Abstract第9-11页
目录第11-15页
1 绪论第15-34页
　　1.1 百合概述第15-23页
　　　　1.1.1 百合的分布第15-16页
　　　　1.1.2 百合的分类第16-19页
　　　　　　1.1.2.1 野生种的分类第16-18页
　　　　　　1.1.2.2 品种的分类第18-19页
　　　　1.1.3 浙江省野生百合资源第19-21页
　　　　1.1.4 百合的育种第21-23页
　　1.2 转录组学研究进展及应用第23-26页
　　　　1.2.1 观赏植物转录组学概况第23-24页
　　　　1.2.2 转录组学研究的应用第24-26页
　　　　　　1.2.2.1 标记开发第24页
　　　　　　1.2.2.2 基因表达研究第24-25页
　　　　　　1.2.2.3 功能基因的挖掘第25页
　　　　　　1.2.2.4 基因结构及进化研究第25-26页
　　1.3 分子标记概述第26-32页
　　　　1.3.1 分子标记的类型第26-27页
　　　　1.3.2 分子标记在百合中的研究进展第27-29页
　　　　　　1.3.2.1 系统发育第27-28页
　　　　　　1.3.2.2 遗传图谱的构建第28-29页
　　　　　　1.3.2.3 遗传多样性第29页
　　　　　　1.3.2.4 品种/种和亲子鉴定第29页
　　　　1.3.3 SSR标记的开发途径第29-31页
　　　　　　1.3.3.1 从基因组中开发第29-30页
　　　　　　1.3.3.2 从表达序列标签中开发第30-31页
　　　　　　1.3.3.3 利用近缘属种的SSR标记第31页
　　　　1.3.4 SSR标记的检测方法第31-32页
　　　　　　1.3.4.1 凝胶电泳法第31-32页
　　　　　　1.3.4.2 荧光毛细管电泳法第32页
　　1.4 立题依据与研究内容第32-34页
2 基于ILLUMINA平台的百合器官转录组学研究第34-55页
　　2.1 材料与方法第35-38页
　　　　2.1.1 植物材料第35页
　　　　2.1.2 RNA分离和均一化文库的构建第35-36页
　　　　2.1.3 测序及数据组装第36-37页
　　　　2.1.4 tEST与nEST数据库的联配第37页
　　　　2.1.5 转录本功能注释第37页
　　　　2.1.6 编码区预测第37页
　　　　2.1.7 SSR挖掘第37-38页
　　2.2 结果与讨论第38-53页
　　　　2.2.1 测序与序列组装第38-39页
　　　　2.2.2 转录本的功能注释第39-49页
　　　　2.2.3 转录本的GO注释第49-52页
　　　　2.2.4 编码区预测和蛋白序列翻译第52页
　　　　2.2.5 SSR标记的分布第52-53页
　　2.3 结论第53-55页
3 百合花、叶、鳞茎表达谱构建及特征分析第55-70页
　　3.1 材料与方法第55-57页
　　　　3.1.1 植物材料和RNA提取第55-56页
　　　　3.1.2 表达谱数据库的构建第56页
　　　　3.1.3 器官间显著差异表达基因的筛选第56页
　　　　3.1.4 基因表达模式聚类分析及功能分析第56-57页
　　3.2 结果第57-67页
　　　　3.2.1 表达谱数据概要第57页
　　　　3.2.2 显著差异表达基因的分布第57-58页
　　　　3.2.3 显著差异基因的GO功能分析第58-61页
　　　　3.2.4 显著差异基因表达模式聚类分析第61-62页
　　　　3.2.5 显著差异表达基因的通路分析第62-63页
　　　　3.2.6 花器官特有基因功能富集分析第63-65页
　　　　3.2.7 叶器官特有基因功能富集分析第65-66页
　　　　3.2.8 鳞茎特有基因功能富集分析第66-67页
　　3.3 讨论第67-68页
　　　　3.3.1 器官差异表达基因的特点第67-68页
　　　　3.3.2 表达谱与qPCR验证第68页
　　3.4 结论第68-70页
4 基于百合EST数据库SSR标记的开发第70-88页
　　4.1 材料与方法第70-76页
　　　　4.1.1 植物材料第70-71页
　　　　4.1.2 DNA的提取第71-72页
　　　　4.1.3 引物设计及合成第72-73页
　　　　4.1.4 SSR-PCR反应条件的优化第73-74页
　　　　　　4.1.4.1 DNA和酶量第73页
　　　　　　4.1.4.2 退火温度第73-74页
　　　　　　4.1.4.3 PCR增强剂第74页
　　　　　　4.1.4.4 DNA的量和酶种类第74页
　　　　4.1.5 引物筛选及验证第74-75页
　　　　4.1.6 数据分析第75页
　　　　4.1.7 杂交组装前后转录组数据库的联配第75-76页
　　4.2 结果第76-83页
　　　　4.2.1 SSR-PCR反应条件的优化第76-77页
　　　　　　4.2.1.1 DNA和酶量对SSR-PCR反应的影响第76页
　　　　　　4.2.1.2 退火温度对SSR-PCR反应的影响第76-77页
　　　　　　4.2.1.3 增强剂对SSR-PCR反应的影响第77页
　　　　　　4.2.1.4 两种酶对SSR-PCR反应的影响第77页
　　　　4.2.2 SSR标记的特征第77-82页
　　　　4.2.3 基于百合亲缘关系的SSR标记验证第82-83页
　　4.3 讨论第83-87页
　　　　4.3.1 PCR反应条件的优化第83-84页
　　　　4.3.2 SSR标记的开发数量第84-85页
　　　　4.3.3 SSR基因的功能第85-87页
　　4.4 结论第87-88页
5 SSRS在百合遗传多样性和亲本鉴定中的应用第88-99页
　　5.1 材料与方法第88-91页
　　　　5.1.1 植物材料与DNA的制备第88-90页
　　　　5.1.2 引物来源及PCR扩增第90页
　　　　5.1.3 统计分析第90-91页
　　5.2 结果第91-96页
　　　　5.2.1 遗传多样性第91-93页
　　　　5.2.2 遗传分化第93-95页
　　　　5.2.3 父本分析第95-96页
　　5.3 讨论第96-98页
　　　　5.3.1 SSR的多态性和遗传多样性第96-97页
　　　　5.3.2 亲本分析第97-98页
　　5.4 结论第98-99页
6 结论、创新点与展望第99-101页
参考文献第101-117页
作者简历及在学期间主要的研究成果第117页

本篇论文共117页，点击这进入下载页面。
 
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