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桃种质资源群体遗传分析及果实数字基因表达谱构建

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桃种质资源群体遗传分析及果实数字基因表达谱构建
论文目录
 
致谢第1-9页
摘要第9-12页
Abstract第12-16页
缩略语表第16-18页
目录第18-21页
1 绪论第21-45页
  1.1 基因组学研究第22-32页
    1.1.1 遗传图谱构建第22-23页
    1.1.2 物理图谱构建及应用第23-24页
    1.1.3 全基因组序列测定第24-25页
    1.1.4 重要性状基因的定位第25-27页
    1.1.5 转录组文库构建第27-29页
    1.1.6 分子标记在桃资源评价方面的应用第29-32页
    1.1.7 分子标记辅助选择育种(MAS)第32页
  1.2 全基因组关联分析第32-36页
    1.2.1 连锁不平衡的原理及方法第32-33页
    1.2.2 关联分析的方法及应用第33-35页
    1.2.3 全基因组关联分析在桃树上的应用前景第35-36页
  1.3 桃种质资源概况第36-41页
    1.3.1 我国桃种质资源地理分布及多样性第36-38页
    1.3.2 日本桃种质资源第38-39页
    1.3.3 西班牙桃品种资源第39-40页
    1.3.4 意大利桃育种项目第40-41页
  1.4 SNP分子标记技术的发展及分型方法第41-44页
    1.4.1 单核甘酸多态性SNP的概念第41页
    1.4.2 SNP分型方法第41-42页
    1.4.3 数字基因表达谱第42-44页
立体依据与主要内容第44-45页
2 桃种质资源遗传多样性、群体结构及连锁不平衡分析第45-64页
  2.1 材料和方法第45-48页
    2.1.1 植物材料和模板DNA提取第45-46页
    2.1.2 引物来源第46页
    2.1.3 PCR反应体系和程序第46-48页
  2.2 数据分析第48-49页
    2.2.1 遗传多样性和聚类分析第48页
    2.2.2 群体结构第48-49页
    2.2.3 连锁不平衡分析第49页
  2.3 结果第49-59页
    2.3.1 SSR标记的遗传多样性第49-52页
    2.3.2 聚类分析第52-54页
    2.3.3 群体结构分析第54-56页
    2.3.4 连锁不平衡第56-59页
  2.4 讨论第59-63页
    2.4.1 SSR多态性及种质资源遗传多样性第59-60页
    2.4.2 聚类分析第60-61页
    2.4.3 群体结构第61-62页
    2.4.4 连锁不平衡分析第62-63页
  2.5 小结第63-64页
3 桃品种特异性荧光SSR分子标记数据库建立及应用第64-82页
  3.1 材料与方法第64-66页
    3.1.1 植物材料第64-65页
    3.1.2 DNA提取第65页
    3.1.3 引物选择及PCR扩增第65页
    3.1.4 数据分析第65-66页
  3.2 结果第66-67页
    3.2.1 15个标记的多态信息含量分析第66-67页
    3.2.2 指纹图谱构建第67页
  3.3 荧光分子标记数据库的应用第67-70页
    3.3.1 品种鉴定中的应用第67-69页
    3.3.2 系谱鉴定中的应用第69-70页
  3.4 讨论第70-72页
    3.4.1 数据准确性第70页
    3.4.2 15对SSR标记的遗传多样性及鉴定能力评价第70-72页
  3.5 结论第72-74页
附表第74-82页
4 高密度SNP芯片在桃群体结构及性状关联分析中的应用第82-91页
  4.1 材料与方法第82-85页
    4.1.1 植物材料及性状统计第82-83页
    4.1.2 桃基因组DNA提取第83-84页
    4.1.3 SNP芯片构建第84页
    4.1.4 数据分析第84-85页
  4.2 结果第85-89页
    4.2.1 SNP基因分型结果第85-86页
    4.2.2 聚类分析及群体结构分析第86-88页
    4.2.3 关联分析第88-89页
  4.3 讨论第89-90页
  4.4 小结第90-91页
5 不同成熟期与不同桃品种果实表达谱构建第91-117页
  5.1 植物材料及方法第92-100页
    5.1.1 植物材料第92-93页
    5.1.2 香气成分的测定方法第93-94页
    5.1.3 总RNA提取及cDNA合成第94页
    5.1.4 引物设计及qRT-PCR验证第94-97页
    5.1.5 数字表达谱的构建第97-100页
  5.2 结果第100-113页
    5.2.1 DGE测序数据质量评估及参考基因组比对分析第100-102页
    5.2.2 基因表达水平分析第102-103页
    5.2.3 差异表达基因Gene Ontology及KEGG富集分析第103-104页
    5.2.4 ‘湖景蜜露’不同成熟期DEGs分析第104-106页
    5.2.5 不同桃品种间差异表达基因分析第106-107页
    5.2.6 qRT-PCR验证RNA-seq结果第107-109页
    5.2.7 差异表达基因的聚类分析第109-112页
    5.2.8 桃成熟过程及不同品种桃香气成分的测定第112-113页
  5.3 讨论第113-116页
    5.3.1 基于RNA-seq的数字基因表达谱的构建第113-114页
    5.3.2 与内酯类物质合成相关的差异表达基因第114-115页
    5.3.3 与果实软化相关的差异表达基因第115-116页
  5.4 小结第116-117页
6 小结与展望第117-119页
附表第119-143页
参考文献第143-156页
作者简历及在学期间取得的科研成果第156页

本篇论文共156页,点击这进入下载页面
 
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